pitagora-network.github.io

Pitagora 0.1.7

macs2

参考：https://github.com/taoliu/MACS/blob/master/INSTALL.rst

NumPyをインストールする

# su -
# yum install atlas-sse3-devel gcc-gfortran python-devel
# su - galaxy
$ easy_install nose numpy

Rをインストールする

$ su -
# yum -y install make libX11-devel.* libICE-devel.* libSM-devel.* libdmx-devel.* libx*  libFS* libX* readline-devel gcc-gfortran gcc-c++ texinfo tetex
# exit
$ mkdir ~/galaxy-tools/R
$ cd ~/galaxy-tools/R
$ wget http://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.0.3.tar.gz
$ tar xvzf R-3.0.3.tar.gz
$ mv R-3.0.3 R-3.0.3_src
$ mkdir R-3.0.3
$ cd R-3.0.3_src
$ ./configure prefix=/home/galaxy/galaxy-tools/R/R-3.0.3
$ make
$ make install
$ cd
$ vi .basu_profile
export PATH=$PATH:$GALAXY_TOOLS/R/R-3.0.3/bin
$ . .bash_profile

MACS2をインストールする

$ mkdir ~/galaxy-tools/macs2
$ cd ~/galaxy-tools/macs2
$ wget https://github.com/taoliu/MACS/archive/master.zip
$ unzip master.zip
$ rm master.zip
$ cd MACS-master
$ python setup.py install --prefix=~/galaxy-tools/macs2
$ cd
$ vi .bash_profile
export PATH=$PATH:$GALAXY_TOOLS/macs2/bin
$ . .bash_profile

Pitagora 0.1.6

bowtie2

• Admin > Search and browse tool sheds > Galaxy main tool shed から「bowtie2」を検索し「NGS: Mapping」セクションにインストールします。

download_ref

• Admin > Search and browse tool sheds > Galaxy test tool shed から「download_ref」を検索し「Pitagora Tools」セクションにインストールします。

imp_exp

• Admin > Search and browse tool sheds > Galaxy test tool shed から「imp_exp」を検索し「Pitagora Tools」セクションにインストールします。

filebrowser

1. filebrowser本体のインストール

   $ cd /var/www/html $ git clone https://github.com/pitagora-galaxy/filebrowser $ cd filebrowser $ mysql -u root -pgalaxy mysql> source sql/setup.sql mysql> source sql/sample.sql mysql> exit

2. 確認 http://192.168.56.10/filebrowser/main.html

3. filebrowser ツールのGalaxyへのインストール

• Admin > Search and browse tool sheds > Galaxy test tool shed から「filebrowser」を検索し「Pitagora Tools」セクションにインストールします。
• IPを192.168.56.10から変更している場合、tool_shed/…/filebrowser.xmlの該当部分を変更します。（今後、ツール修正でこれに対応したい）

sql_tools

1. パス上のpythonにsqliteが含まれているので、sqliteのインストールは不要です。
2. Admin > Search and browse tool sheds から「sql_tools」を検索し「SQL Tools」セクションにインストールします。

sam_to_bam

1. Admin > Search and browse tool sheds から「sam_to_bam」を検索し「NGS: SAM Tools」セクションにインストールします。
2. Tool Dependency で samtools がインストールされます。
3. インデックスファイルの場所を設定します。

$ vi tool-data/fasta_indexes.loc
hg19        hg19        hg19        /disk/reference/igenome/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa
hg18        hg18        hg18        /disk/reference/igenome/Homo_sapiens/UCSC/hg18/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa
mm10    mm10    mm10    /disk/reference/igenome/Mus_musculus/UCSC/mm10/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa
mm9     mm9     mm9     /disk/reference/igenome/Mus_musculus/UCSC/mm9/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa
dm3     dm3     dm3     /disk/reference/igenome/Drosophila_melanogaster/UCSC/dm3/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa

bam_to_sam

1. Admin > Search and browse tool sheds から「sam_to_bam」を検索し「NGS: SAM Tools」セクションにインストールします。
2. Tool Dependency で samtools がインストールされます。

macs14

1. ツール本体をインストールします。

• MACS14 - http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/Download.html

$ su - galaxy
$ mkdir galaxy-tools/macs14
$ cd galaxy-tools/macs14
$ tar xvzf MACS-1.4.2-1.tar.gz
$ cd MACS-1.4.2
$ mkdir install (インストール先ディレクトリ)
$ cd $HOME/galaxy-tools/macs14/MACS-1.4.2
$ python setup.py install --prefix /home/galaxy/galaxy-tools/macs14/MACS-1.4.2_install/
$ cd
$ vi .bash_profile
export PATH=$GALAXY_TOOLS/macs14/MACS-1.4.2_install/bin:$PATH
export PYTHONPATH=$GALAXY_TOOLS/macs14/MACS-1.4.2_install/lib/python2.7/site-packages/:$PYTHONPATH
$ cd galaxy-dist
$ ./restart.sh

1. Admin > Search and browse tool sheds から「macs14」を検索し「NGS: Peak Calling」にインストールします。

• 備考 : 以前はパッチ（これがないと標準エラー出力でGalaxyジョブが失敗になる）が必要だったが修正された - http://ashishagarwal.org/2011/03/26/macs14-patch/

$ cd lib/IO/ $ wget http://ashishagarwal.org/wp-content/uploads/2011/03/macs14_Parser.patch.txt $ patch < macs14_Parser.patch.txt patching file Parser.py

Pitagora 0.1.5

awk

1. OS標準のawkを使うためawkのインストールは不要です。
2. Admin > Search and browse tool sheds から検索しインストールします。

sed

1. OS標準のsedを使うためsedのインストールは不要です。
2. Admin > Search and browse tool sheds から検索しインストールします。

macs

1. Admin > Search and browse tool sheds から検索しインストールします。
2. macs 本体は Tool Dependency でインストールされます。

Pitagora 0.1.4

unix_tools

bwa_wrappers

join

subtract

Pitagora 0.1.1

cuffmerge

1. Admin > Search and browse tool sheds から検索しインストールします。

2. Tool Dependency で cufflinks 内の cuffmerge がインストールされます。

cuffdiff

1. Admin > Search and browse tool sheds から検索しインストールします。

2. Tool Dependency で cufflinks 内の cuffdiff がインストールされます。

Pitagora 0.1.0

fastqc

1. Admin > Search and browse tool sheds から検索しインストールします。

2. Tool Dependency で fastqc がインストールされます。

tophat2

1. Admin > Search and browse tool sheds から「tophat2」を検索し「NGS: Mapping」セクションにインストールします。

2. Tool Dependency で tophat2、samtools、bowtie2 がインストールされます。

3. インデックスファイルの場所を設定します。（.locファイルは タブ区切り で記載します）

   $ cd ~/galaxy-dist/tool-data $ vi bowtie2_indices.loc hg19 hg19 hg19 /media/igenome/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome

4. 格納先ファイルを登録します。

   $ cd ~/galaxy-dist $ vi tool_data_table_conf.xml <table name="tophat2_indexes" comment_char="#"> value, dbkey, name, path </table>

• 備考：RNA-seqのワークフローにおいて、複数コアでtophatの動作を考慮する場合は、インストール前に2コア以上に設定後、tophat2をインストールしてください。

cufflinks

1. Admin > Search and browse tool sheds から検索しインストールします。

2. Tool Dependency で cufflinks がインストールされます。