pitagora-network.github.io

ピタゴラのVMとの接続が確認できたあとに、RNAseq-Sailfish WF の動作環境を構築するためにやったこと

1)yum update

2)galaxyのadminになる

3)Fastqmcf、FastQCがあるか確認し、なければToolShedからLatestをインストール

注意:g++が無いとFastqmcfがインストールに失敗します

4)sailfishのインストール ※Galaxy環境のターミナルで行う

・http://www.cs.cmu.edu/~ckingsf/software/sailfish/downloads.htmlから、バイナリ版をDL

・PATHとlibを環境変数に通す

   >LD_LIBRARY_PATH=`/Sailfish-0.6.3-Linux_x86-64/lib `

   >PATH=$PATH:`/Sailfish-0.6.3-Linux_x86-64/bin `

5)sailfish indexを実行する

▶ mouse mm10 Transcriptome の場合・・・

   ・http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/ とかからfastaを任意のDirにD

   ・sailfish index --force -t <任意のpath>/refMrna.fa -o <任意のpath> --kmerSize 20

   ・locファイルを作成 →sailfish_indexes.loc

   ・locファイルの場所をtool_data_table_conf.xmlに追加する

6)sailfishツールを配置

   ・toolsの配下にディレクトリを作成し、xmlを配置

       https://github.com/myoshimura080822/galaxy-mytools_sailfish.gitからclone

   ・tool_data_table_conf.xmlでセットしたidと、上記xmlで記述されている名前が一致するよう修正する

   ・tool_conf.xmlにsailfishツールとして追加する

7)WFをインポートする

   ・ツールの名前を変えたりすると無効になるので、必ずedit画面で確認する。

8)adapter/primer 配列、fastq配列をヒストリーにimportして、Run

***************

注意!!fastqmcfやsailfishで設定している実行時引数のパラメーターは、BiTでの値になっています。

追記 2015/03/04(山中)

追記 2015/03/27(山中)

Tool

Tool Dependency

    <requirements>
        <requirement type="package" version="0.6.3">sailfish_linux</requirement>      <-- この行を修正
    </requirements>
<?xml version="1.0"?>
<tool_dependency>
  <package name="sailfish_linux" version="0.6.3">
        <repository changeset_revision="2c66da813a79" name="package_sailfish_linux_0_6_3" owner="pitagora" prior_installation_required="False" toolshed="http://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
  </package>
  </package>
</tool_dependency>

Index

<table name="sailfish_custom_indexes" comment_char="#">
    <columns>value, dbkey, name, path</columns>
    <file path="tool-data/sailfish_index.loc" />
</table>

mm10    mm10    mouse/UCSC Dec.2011 (mm10)    /disk/reference/sailfish_index/mm10

Workflow

テストデータ