pitagora-network.github.io

ピタゴラのVMとの接続が確認できたあとに、RNAseq-Sailfish WF の動作環境を構築するためにやったこと

１）yum update

２）galaxyのadminになる

３）Fastqmcf、FastQCがあるか確認し、なければToolShedからLatestをインストール

注意：g++が無いとFastqmcfがインストールに失敗します

４）sailfishのインストール ※Galaxy環境のターミナルで行う

・http://www.cs.cmu.edu/~ckingsf/software/sailfish/downloads.htmlから、バイナリ版をDL

・PATHとlibを環境変数に通す

   >LD_LIBRARY_PATH=`/Sailfish-0.6.3-Linux_x86-64/lib `

   >PATH=$PATH:`/Sailfish-0.6.3-Linux_x86-64/bin `

５）sailfish indexを実行する

▶ mouse mm10 Transcriptome の場合・・・

   ・http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/ とかからfastaを任意のDirにD

   ・sailfish index --force -t ＜任意のpath＞/refMrna.fa -o ＜任意のpath＞ --kmerSize 20

   ・locファイルを作成 →sailfish_indexes.loc

   ・locファイルの場所をtool_data_table_conf.xmlに追加する

６）sailfishツールを配置

   ・toolsの配下にディレクトリを作成し、xmlを配置

       https://github.com/myoshimura080822/galaxy-mytools_sailfish.gitからclone

   ・tool_data_table_conf.xmlでセットしたidと、上記xmlで記述されている名前が一致するよう修正する

   ・tool_conf.xmlにsailfishツールとして追加する

７）WFをインポートする

   ・ツールの名前を変えたりすると無効になるので、必ずedit画面で確認する。

８）adapter/primer 配列、fastq配列をヒストリーにimportして、Run

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

注意！！fastqmcfやsailfishで設定している実行時引数のパラメーターは、BiTでの値になっています。

追記 2015/03/04（山中）

• sailfish ツールの Dependency 作りたいですね。（配布OK？）–> Test Tool Shed に既に dependency (iuc) が置いてある。これが使えるか確認（山中）
• sailfish_indexes.loc と tool_data_table_conf.xml の該当箇所いただけますか？ –> 共有（芳村） –> メールにて共有（芳村）
• ツールは Git > ToolShed にコピーしてOKですか？ –> OK、そうする（山中）
• ワークフローファイルもいただけますか？ –> 共有（芳村） –> Githubにあります （芳村）
• テスト実行用の adapter/primer 配列、fastq配列もいただけますか？ –> 確認後に共有（芳村）–> FTPにアップしました（芳村）
• Index ファイルは上記の手順を参考に作る（山中）–> mm10のみ先にFTPにアップしました（芳村）

追記 2015/03/27（山中）

Tool

• “sailfish_linux” という名前で Test Tool Shed にリポジトリを作成しました。
  • https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu/view/pitagora/sailfish_linux/32a9ed1edef6
• ライセンス
  • このコード自体にライセンスを付与していません
  • 芳村さんのコードの改変であることをコード上およびリポジトリのREADMEで明記しています。
• ピタゴラ 0.2.2 のツールリストに FastqMCF と共に加えました。
  • https://docs.google.com/spreadsheets/d/114eKhwlDCUYVAHAMoz_QfaNJZHw2nCp-D5AoqOoAJXw/edit?usp=sharing

Tool Dependency

• バイナリ展開するだけ Dependency Package を作成しました。
  • https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu/view/pitagora/package_sailfish_linux_0_6_3/2c66da813a79

• Wrapper XML に以下の修正を加えます。

    <requirements>
        <requirement type="package" version="0.6.3">sailfish_linux</requirement>      <-- この行を修正
    </requirements>

• 同じディレクトリに tool_dependency.xml を作成します。

<?xml version="1.0"?>
<tool_dependency>
  <package name="sailfish_linux" version="0.6.3">
        <repository changeset_revision="2c66da813a79" name="package_sailfish_linux_0_6_3" owner="pitagora" prior_installation_required="False" toolshed="http://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
  </package>
  </package>
</tool_dependency>

Index

• tool_data_table_conf.xml

<table name="sailfish_custom_indexes" comment_char="#">
    <columns>value, dbkey, name, path</columns>
    <file path="tool-data/sailfish_index.loc" />
</table>

• sailfish_index.loc
  • 他と揃えた表現にしたくて “mm10_refMrna” を “mm10” に変更しました。問題ないでしょうか。

mm10    mm10    mouse/UCSC Dec.2011 (mm10)    /disk/reference/sailfish_index/mm10

• Download Reference ツール
  • .tar.gz で固め直して、ここに置きました。
    • http://download.pitagora-galaxy.org/data/reference/hg10_sailfish.tar.gz hg19はまだです。共有頂けると嬉しいです（今は FTP 落としています）
    • http://download.pitagora-galaxy.org/data/reference/mm10_sailfish.tar.gz
  • Download Reference ツールに “Sailfish Index UCSC hg19/mm10” を登録しました。
  • /disk/reference/sailfish_index/mm10_refMrna に展開されます。

Workflow

• GitHub にある Galaxy-Workflow-SailfishWF_quant_exec.ga を Galaxy-Workflow-RNA-seq_02_v001.ga という名前で次のピタゴラに含めました。（名前が無機質ですみません。。。）
  • https://github.com/pitagora-galaxy/install-0.2.2/blob/master/workflows/Galaxy-Workflow-RNA-seq_02_v001.ga

テストデータ

• まだ公開していません。公開OKになったら教えて下さい
  • SRR….fastq 8個 および test_adapter.fa