pitagora-network.github.io

インストール手順

これら3つのツールを使用する

• Trinity (version 0.0.1)
  • http://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/biomonika/trinityrnaseq

• RSEM prepare reference (version 1.1.17)
  • http://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/jjohnson/rsem

• RSEM calculate expression (version 1.1.17)
  • http://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/jjohnson/rsem

インストールするレポジトリは2つ

既にツールのリストに記載： ここ

trinityrnaseq

• biomonica さんの trinityrnaseq： ここ
  • bowtie（bowtie2 ではない）が必要だが、dependency に定義されていない。

そこで

• anmoljh さんの trinityrnaseq： ここ
  • trinity のバージョンが新しい？ (r20140717)
  • bowtie と samtools も dependency に含まれている
  • しかし、こいつはこいつで package_trinityrnaseq_r20140717 のインストールでエラー

'latin-1' codec can't encode character u'\u2018' in position 30: ordinal not in range(256)

rsem

• jjohnson さんの rsem
  • rsem ではこのツールが最新の模様。
  • package_rsem_1_1_17 のインストールでエラー。NCURSES が必要。
  • 先の trinityrnaseq で使われていた、anmoljh さんの package_ncurses_5_9 を含めればよいか。

bam_tview.c:5:20: error: curses.h: No such file or directory
bam_tview.c:7:2: warning: #warning "_CURSES_LIB=1 but NCURSES_VERSION not defined; tview is NOT compiled"
bam_tview.c:434:2: warning: #warning "No curses library is available; tview is disabled."
make[1]: *** [bam_tview.o] Error 1
make: *** [build-sam] Error 2

テストデータ