pitagora-network.github.io

Reference genome hg19 で動作させるためには下記の作業が必要です。1,2,3,の 順序は可換

  1. pitagora tools でhg19のリファレンスをダウンロード

  2. 本ツールのGATK resource bundle downloader でhg19のリソースバンドルを ダウンロード

  3. GATK 3.3 を Broad Institute からダウンロード

VMのホストとなっているマシンのコマンドライン上で、 次のコマンドを実行して、ダウンロードしたファイルをuu encode。 (下記は一行で記述)

python -c 'import uu;uu.encode(“GenomeAnalysisTK-3.3-0.tar.bz2”,“gatk.uu”)'

3-1. Get data -> Upload File from your computer で、gatk.uuを Pitagora Galaxy に登録

3-2 GATK binary loader で　GATK.uu を選択して実行（この作業によりPitagora　galaxy上でGATKが動作するようになります）

  1. GATK variant callerにbam と bedファイルを与えて実行