タイトル
Galaxy Community VM によるNGSデータ解析 (Galaxy Community VM for NGS data analysis)
要旨
次世代シーケンサーの普及により、ゲノム変異や遺伝子発現などのデータを網羅的に計測することが可能になった一方で、シーケンスコストの低下や1細胞単位での計測技術の発達により、データ量の増大、それに伴うデータ解析の人的・計算機的コストの増大が顕著なものとなっている。Galaxyはこのような課題を解決する、大量データの効率よい解析を実現するデータ解析プラットフォームである。Galaxyでは解析ソフトウェアを組み合わせて構築したワークフローの実行、管理、共有、再実行が可能であり、特にNGSデータ解析において広く世界中で利用されている。これを用いて、コンピューターの専門知識を持たない生命科学研究者でも容易にデータ解析ができるようになることが期待されるが、ワークフローの構築や運用には未だ課題が多い。そこで、Galaxy Community Japanでは、これらの課題を解決するため、仮想環境技術を利用したGalaxy Community VMの構築、配布を行っている。本発表では、Community VMの概要と、その利用方法について紹介する。
口頭発表
- 一般口頭発表
- セッション名： 4T21L-03 「バイオテクノロジー、新領域、進化 5」
- 12月4日 12:05-12:15
- 会場：第21会場（神戸国際会議場 5F 504＋505会議室）
ポスター発表
- ポスター番号: 3P0812
- 発表日: 12月3日
- セッション時間：17：45-18：45
- 会場: ポスター会場（神戸国際展示場 2号館1F）
発表のアウトライン
- Galaxy について
- 長所
- データ解析の 実行/履歴管理/共有/再実行 をサポートする
- GUI
- インターネットを通じて結果を共有できる
- 課題
- Galaxy 自体の運用管理が困難
- Galaxy本体のアップデート
- Tool/workflowのアップデート
- 新規Galaxyの構築
- 既存Galaxy環境の再現
- Galaxyに蓄積された知識が公開されない
- 各ラボで作成したツールやワークフロー
- 運用ノウハウ
- Community VMについて
- 目的
- Galaxy環境をよりポータブルで管理しやすい形にする
- Galaxy環境自体の再現性を高める
- ラボ間での技術/情報共有
- 手法
- 今後に向けての課題
- ワークフローを充実させる
- Galaxy実行用クラウド環境の整備
- meetup参加呼びかけ
発表資料
- 口頭発表スライド v0.0.1
- 口頭発表スライド v0.0.2
- ポスター
コメント
- ここで作成した図表があれば、ウェブサイトの About ページも同期させたいです。
- 既存の図表をそのまま使っているので新規のfigなどはないですね…。
- Workshop のことも話す？（2015 やりました。2016 やるかも。）