管理に必要な設定を記載します。 参考：https://wiki.galaxyproject.org/Admin/Config/Performance/ProductionServer
Galaxy上の管理者ユーザーを設定します。 これらのユーザーがログインした際にはメニューバーに「Admin」メニューが表示されます。
$ vi universe_wsgi.ini
admin_users = admin01@kagalaxy.com, admin02@kagalaxy.com
Galaxyを再起動する際の手間を省くため、再起動スクリプトを作成します。
$ cd ~/galaxy-dist
$ vi restart.sh
./run.sh --stop
./run.sh --daemon
tail -f paster.log | grep -v "DEBUG"
$ chmod +x restart.sh
GalaxyをOSの起動後に自動起動するため、起動スクリプトを作成します。
# vi /etc/init.d/galaxy-init
#!/bin/sh
# chkconfig: 2345 99 99
# description: autorun galaxy
user=galaxy
galaxy_run=/home/galaxy/galaxy-dist/run.sh
do_start(){
su - $user -c "$galaxy_run --daemon"
return 0
}
do_stop(){
su - $user -c "$galaxy_run --stop"
return 0
}
case "$1" in
start)
do_start
;;
stop)
do_stop
;;
restart)
do_stop
do_start
;;
*)
echo "Usage: $0 {start|stop|restart}"
RETVAL=1
esac
exit $RETVAL
ユーザー・グループをgalaxyに設定し、実行権限を付与します。
$ chown galaxy:galaxy /etc/init.d/galaxy-init
$ chmod +x /etc/init.d/galaxy-init
スクリプトをサービスに追加し、自動起動の設定をします。
# chkconfig --add galaxy-init
# chkconfig galaxy-init on
参考：http://wiki.g2.bx.psu.edu/Admin/Config/Apache%20Proxy
最初のrewriteルールは、/galaxy、/galaxy/どちらにアクセスしてもいいようにするためのものです。 続くルールによって静的コンテンツ（CSS、Javascript、画像ファイルなど）へのリクエストをApacheでさばくようにして、最後のルールでそれ以外のリクエストをGalaxyに向けるようにしています。 ここではgalaxy-dist/static以下にある静的コンテンツファイルを/data/users/galaxy/galaxy-dist/staticにコピーしています。
$ su -
# vi /etc/httpd/conf/httpd.conf
RewriteEngine on
RewriteRule ^/galaxy$ /galaxy/ [R]
RewriteRule ^/galaxy/static/style/(.*) /data/users/galaxy/galaxy-dist/static/june_2007_style/blue/$1 [L]
RewriteRule ^/galaxy/static/scripts/(.*) /data/users/galaxy/galaxy-dist/static/scripts/packed/$1 [L]
RewriteRule ^/galaxy/static/(.*) /data/users/galaxy/galaxy-dist/static/$1 [L]
RewriteRule ^/galaxy/favicon.ico /data/users/galaxy/galaxy-dist/static/favicon.ico [L]
RewriteRule ^/galaxy/robots.txt /data/users/galaxy/galaxy-dist/static/robots.txt [L]
RewriteRule ^/galaxy(.*) http://localhost:8080$1 [P]
~/galaxy-dist/universe_wsgi.iniに記載されている以下の３つの内容を編集します。
$ vi ~/galaxy-dist/universe_wsgi.ini
XSendFile を使用することでファイルのダウンロード速度を向上させることができます。 サイズの大きいデータ・ファイルのダウンロード時にレスポンスが非常に遅くなることを確認しています。
XsendFileのインストールに必要な以下のパッケージをインストールします。
$ yum install httpd-devel
URL(https://tn123.org/mod_xsendfile/)のリンク先より「mod_xsendfile.c 」をダウンロードし、 以下のコマンドを実行します。
$ wget https://tn123.org/mod_xsendfile/mod_xsendfile.c#hash(sha256:8e8c21ef39bbe86464d3831fd30cc4c51633f6e2e0022
04509e55fc7c8df9cf9)
$ /usr/sbin/apxs -cia mod_xsendfile.c
XsendFileの設定を有効にするため、httpd.comf、universal_wsgi.iniに以下を追記します。
$ vi httpd.conf
<Location "/galaxy">
XSendFile on
XSendFilePath /
</Location>
$ vi ~/galaxy-dist/universal_wsgi.ini
apache_xsendfile = True
以下の手順により、使用するデータベースをMySQLに変更します。
MySQL,phpMyAdminをインストールするために、以下の４つをインストールします。
yum -y install php php-mbstring mysql-server php-mysql
以下のコマンドよりファイアーの無効化、ApacheとMySQLを起動及び自動起動を設定します。
# service iptables stop
# service httpd start
# chkconfig httpd on
# service mysqld start
# chkconfig mysqld on
MySQLで使用するrootユーザーのパスワードを設定します。
# mysql
mysql> SET PASSWORD FOR root@localhost=PASSWORD('xxxxx');
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
mysql> exit
パスワードが設定されているかのチェックを行います。
# mysql
ERROR 1045 (28000): Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: NO)
パスワードを入力し、ログインします。
# mysql -u root -p
Enter password:
...
Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the current input statement.
mysql>
先ほどインストールしたPHPを最新のphpMyAdminが対応しているバージョンにアップデートします。
$ cd /etc/yum.repos.d
$ wget http://dev.centos.org/centos/6/testing/CentOS-Testing.repo
...`CentOS-Testing.repo' へ保存完了...
$ ls
CentOS-Base.repo CentOS-Media.repo CentOS-Vault.repo epel.repo
CentOS-Debuginfo.repo CentOS-Testing.repo epel-testing.repo
$ yum --enablerepo=c6-testing update php php-mcrypt
URL(http://www.phpmyadmin.net/home_page/downloads.php)のリンク先より、 「phpMyAdmin-3.4.9-all-languages.tar.gz 」のアドレスを取得してきます。
$ cd /var/www/html/
$ wget http://...
$ tar xvzf phpMyAdmin-4.0.5-all-languages.tar.gz
$ mv phpMyAdmin-3.4.9-all-languages phpmyadmin
$ chown -R root:apache phpmyadmin
$ mkdir phpmyadmin/config
$ chmod 777 phpmyadmin/config
ブラウザを開き、http://
$ mv phpmyadmin/config/config.inc.php phpmyadmin/config.inc.php
http://
作成したデータベース「galaxy」にgalaxyユーザーでログインを確認します。
$ mysql -u galaxy -p -D galaxy
Galaxyで使用するデータベースを新しく作成したMySQLに変更するための設定をします。
$cd /home/galaxy/galaxy-dist
$vi universe_wsgi.ini
#database_connection = sqlite:///./database/universe.sqlite?isolation_level=IMMEDIATE
database_connection = mysql://galaxy:galaxy@localhost:3306/galaxy?unix_socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
</pre> MySQLでは、Galaxyにアクセスがないなど、一定時間接続がないと接続が切断され、 「MySQL server has gone away」というエラーが発生します。 これを回避するために一定時間で再接続するよう設定しています。 この時、MySQLのwait_timeoutよりも短い時間を設定する必要があります。
#database_engine_option_pool_recycle = -1
database_engine_option_pool_recycle = 7200
Galaxyの再起動を行うと、MySQLに変更したgalaxyデータベースにテーブルがCreate Tableされます。
$ ./restart.sh
$ cp favicon.ico ~/galaxy-dist/static/
$ cp galaxyIcon_noText.png ~/galaxy-dist/static/images/