パッケージ「gcc」と「zlib-devel」をインストールしていないと、bwaの実行ファイルが作成されないので、
各パッケージをインストールします。
$ sudo yum list gcc zlib-devel
$ sudo yum install gcc zlib-devel
下記の場所にツールを格納します。
ピタゴラギャラクシーのトップページ（192.168.56.10/galaxy）にある [hg19_bwa_0.5.x] をクリックします。
インデックス・ファイルの場所を設定します。（.locファイルは タブ区切り で記載します）
$ vi /home/galaxy/galaxy-dist/tool-data/bwa_index.loc
hg19 hg19 hg19 /media/igenome/hg19_bwa_0.5.x/genome.fa
入力のFASTQファイルのデータ形式は「fastqillumina」にする必要があります。
以下のリンク先より 「chromFa.tar.gz」を取ってきます。
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.html#human
# su - galaxy
$ cd /home/galaxy/tool_data
$ mkdir -p hg19/raw/chromFa
$ cd hg19/raw/chromFa
$ wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz
$ tar zxvf chromFa.tar.gz
$ cat chr[1-9].fa > chr_cat1.fa
$ cat chr1?.fa > chr_cat2.fa
$ cat chr2?.fa > chr_cat3.fa
$ cat chrX.fa chrY.fa chrM.fa > chr_cat4.fa
$ cat chr_cat?.fa > hg19.fa
$ mv hg19.fa ./..