pitagora-network.github.io

インスタンスの詳細

Galaxyのインストール

ホスト名の設定

コンソールに表示されるホスト名をkaga01に変更します

$ su - $ hostname kaga01

OSユーザーの作成

ec2-userユーザーからrootユーザーにスイッチし、rootユーザーのパスワードを設定する

$ sudo su - $ passwd

galaxyユーザーを作成する

$ su - # useradd galaxy # passwd galaxy # exit

この後の作業はgalaxyユーザーを使用する

$ su - galaxy

Pythonのインストール

Galaxyは起動時にPythonのバージョンを見て対応するEggをダウンロードする

既存のPythonの確認

まずバンドルされているPythonのバージョンを確認する

$ python -version Python 2.6.8

※上記のようにAWSのAmazonLinuxではPython2.6がバンドルされているためGalaxyがインストールできるが、Galaxyで使用するツールがPythonにライブラリを追加する事があるため、Galaxyで使うPythonをバンドルされているものとは別に作成しておく。

必要なパッケージのインストール

sudo yum install gcc zlib-devel bzip2-devel openssl-devel sqlite-devel

Python-2.7.5をソースからコンパイル

cd mkdir galaxy-python cd galaxy-python wget http://www.python.org/ftp/python/2.7.5/Python-2.7.5.tgz tar xvzf Python-2.7.5.tgz mv Python-2.7.5 Python-2.7.5_src mkdir Python-2.7.5 cd Python-2.7.5_src ./configure --prefix=/home/galaxy/galaxy-python/Python-2.7.5 make make install

PATH環境変数の設定と確認

$ cd $ vi .bash_profile PATH=$HOME/galaxy-python/Python-2.7.5/bin:$PATH $ . .bash_profile $ which python

~/galaxy-python/Python-2.7.5/bin/python

$ python --version Python 2.7.5

Mercurial

$ su - # yum -y install mercurial $ exit

Galaxyのインストール

インストールし試しに起動(起動したときにuniverse_wsgi.iniが作成される)

$ hg clone https://bitbucket.org/galaxy/galaxy-dist/ $ cd galaxy-dist $ ./run.sh --daemon

　ログを確認(正常に起動されているか)

$ tail -f paster.log    .    . serving on 0.0.0.0:8080 view at http://127.0.0.1:8080

Galaxyを最新版にバージョンアップ

$ hg update stable

どのIPからでもアクセスできるようにする

$ vi universe_wsgi.ini host = 0.0.0.0

再起動用スクリプトの作成

$ cd ~/galaxy-dist $ vi restart.sh ./run.sh --stop ./run.sh --daemon tail -f paster.log | grep -v “DEBUG” $ chmod +x restart.sh

接続確認

ブラウザを開き、「192.168.8.○○:8080」で接続する。

Toolのインストール

Tool sheds 事前準備

$ cd /home/galaxy/ $ mkdir shed_tools tool_dependency tool_data

$ cd galaxy-dist $ vi universe_wsgi.ini tool_config_file = tool_conf.xml,shed_tool_conf.xml tool_dependency_dir = ../tool_dependency $ vi shed_tool_conf.xml

`$ vi migrated_tools_conf.xml` `$ vi tool_sheds_conf.xml` ### tool shedsからのツールインストール方法 1. 画面上部のメニュー「Admin」を選択 2. 左タブ\[Tool sheds\]の「Search and browse tool sheds」を選択 3. 「Galaxy main tool shed」を選択　※1 4. インストールしたいツールを検索/選択します 5. ツールのプルダウン「Preview and install」を選択 6. インストール内容を確認し、「Install to Galaxy」を選択 7. ツールのsectionを設定し、「Install」を選択　※2 8. Statusに緑色の“Installed”が表示されると完了　※3 　※1 インストールするツールによって選択先を変更してください。 　※2 ツールによって「Handle tool dependencies」項目がsection項目の上に出てきます。その場合チェックを入れ「Install」を選択してください。 　　　 事前設定が出来ていない場合、「Handle tool dependencies」項目にチェックを入れることが出来ません。再度、事前設定を確認してください。 　※3 手順2の左タブ「Server」の「Manage installed tool shed repositories」からインストールされたツールの確認が出来ます。 ### UNIX Tools (unix_tools) - Tool shedを用いて『unix tools』をインストールする。 　　上記手順3で、「RCAST tool shed」を選択し、新規section「UNIX Tools」に『unix_tools』をインストールします。 - ファイル編集(sed_wrapper.sh 34行目) tool shedからunix toolsインストール後は、以下のフォルダに格納される。 　/home/galaxy/shed_tools/54.238.52.160/repos/yamanaka/unix_tools/3373c698f092/unix_tools `$ vi sed_wrapper.sh` `#$GALAXY_TOOLS/sed/sed-4.2.1/sed -r --sandbox `“`$@`”` `“`$PROG`”` `“`$INPUT`”` > `“`$OUTPUT`” `sed -r `“`$@`”` `“`$PROG`”` `“`$INPUT`”` > `“`$OUTPUT`” ※ sed_wrapper.sh の“--sandbox”オプションを削除しないと、sedのジョブがエラーになる※ - sedのダウンロード `$ cd galaxy-tools/` `$ mkdir sed ` `$ cd sed` `$ wget `[`ftp://anonymous@ftp.gnu.org/gnu/sed/sed-4.2.1.tar.gz`](ftp://anonymous@ftp.gnu.org/gnu/sed/sed-4.2.1.tar.gz) `$ tar zxvf sed-4.2.1.tar.gz` `$ cd sed-4.2.1` `$ ./configure --prefix=/home/galaxy/galaxy-tools/sed/sed-4.2.1` `$ make` `$ make install ` - ファイル編集(.bash_profile) `$ cd /home/galaxy` `$ vi .bash_profile` `export PATH` `# Galaxy Tools (on Solexa512G)` `export GALAXY_TOOLS=/home/galaxy/galaxy-tools` `export PATH=$GALAXY_TOOLS/sed/sed-4.2.1/bin:$PATH` `$ . .bash_profile` `$ which sed` ### BWA (bwa_wrappers) - パッケージのインストール gccとzlib-develをインストールしていないと、bwaの実行ファイルが作成されない `$ sudo yum install gcc47 zlib-devel` - Tool shed “Galaxy main tool shed” > カテゴリー “NGS: Mapping” > レポジトリ “bwa_wrappers” - bwa_indexの作成(hg19) ダウンロードURL:<http://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.html#human> `# su - galaxy` `$ cd /home/galaxy/tool_data` `$ mkdir -p hg19/raw/chromFa` `$ cd hg19/raw/chromFa` `$ wget `[`http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz`](http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz) `$ tar zxvf chromFa.tar.gz` `$ cat chr[1-9].fa > chr_cat1.fa` `$ cat chr1?.fa > chr_cat2.fa` `$ cat chr2?.fa > chr_cat3.fa` `$ cat chrX.fa chrY.fa chrM.fa > chr_cat4.fa` `$ cat chr_cat?.fa > hg19.fa` `$ mv hg19.fa ./..` ※bwaとsamtoolsインストール後、追加手順あり。 - ファイル編集(bwa_index.loc) `$cd /home/galaxy/galaxy-dist/tool-data` `$vi bwa_index.loc ` `hg19    hg19    hg19    /home/galaxy/tool_data/hg19/raw/hg19.fa` ※スペース区切りでなくタブ区切り！※ ### Interaction PETs (chiapet) - Tool shedを用いて『chiapet』をインストールする。 　　手順3には、「RCAST tool shed」を選択し、新規section「Others」に『chiapet』をインストールします。 - Java Runtime Environment(JRE)インストール `$ mkdir -p /home/galaxy/galaxy-tools/java` `$ cd /home/galaxy/galaxy-tools/java` <http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jre7-downloads-1880261.html> より、 JRE「jre-7u45-linux-x64.tar」をローカルにダウンロードし、上記ディレクトリに転送、展開する。 `$ tar zxvf jre-7u45-linux-x64.tar` - java のバージョンを確認 `$ cd /home/galaxy/galaxy-tools/java/jre1.7.0_45/bin` `$ ./java -version` - ファイル編集(.bash_profile) `$ cd /home/galaxy` `$ vi .bash_profile` `export PATH=$GALAXY_TOOLS/java/jre1.7.0_45/bin:$PATH` `$ . .bash_profile` `$ which java` ### Count Reads (count_reads) - Tool shedを用いて『count_reads』をインストールする。 　　手順3には、「RCAST tool shed」を選択し、section「NGS: SAM Tools」に『count_reads』をインストールします。 - samtoolsをインストール `$ su ` `# yum install ncurses-devel` `# exit` `$ cd ~/galaxy-tools/` `$ mkdir samtools` `$ cd samtools` `$ wget `[`http://downloads.sourceforge.net/project/samtools/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2`](http://downloads.sourceforge.net/project/samtools/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2) `$ tar lxvf samtools-0.1.19.tar.bz2` `$ cd samtools-0.1.19` `$ make` - ファイル編集(.bash_profile) `$ cd /home/galaxy` `$ vi .bash_profile` `export PATH=$GALAXY_TOOLS/samtools/samtools-0.1.19:$PATH` `$ . .bash_profile` `$ which samtools` ### Export to SAM (count_reads) - Tool shedを用いて『export2sam』をインストールする。 　　手順3には、「RCAST tool shed」を選択し、section「Others」に『export2sam』をインストールします。 - export_to_sam.sh 実行ファイル：illumina_export2sam_gz.pl、illumina_export2sam.plの格納先をフルパスで指定する。 `$ vi export_to_sam.sh` `if [ $FLG_G ] ; then` `  CMD1=`“`/home/galaxy/shed_tools/54.238.209.66/repos/hashimoto/export2sam/109ab8482dcd/export2sam/illumina_export2sam_gz.pl`` ``$ARGS`” `else` `  CMD1="/home/galaxy/shed_tools/54.238.209.66/repos/hashimoto/export2sam/109ab8482dcd/export2sam/illumina_export2sam.pl $ARGS` ### Cistrome (cistrome) - Tool shedを用いて『cistorome』をインストールする。 　　手順3には、「RCAST tool shed」を選択し、section「Cistrome」に『cistorome』をインストールします。 Cistome-Apps のインストール `cd galaxy-tools` `hg clone `[`https://username@bitbucket.org/cistrome/cistrome-applications-harvard`](https://username@bitbucket.org/cistrome/cistrome-applications-harvard)` cistrome-apps` 各ツールをPythonにインストール `cd galaxy-tools/cistrome-apps/cistrome-extra-apps` `python setup.py install` `cd galaxy-tools/cistrome-apps/published-packages/CEAS` `python setup.py install` `cd galaxy-tools/cistrome-apps/published-packages/MACS` `python setup.py install` ### SQL Tools (sql_tools) - Tool shedを用いて『sql_tools』をインストールする。 　　Galaxy main tool shed を選択し、新規section「SQL Tools」に『sql_tools』をインストールする。 - Python コンパイル時に sqlite-devel が必要 ` $ yum install sqlite-devel` ### Bowtie Galaxy main tool shed > レポジトリ: bowtie_wrappers (tool dependency を使用する) bowtieコマンドはtophatから呼ばれるためPATHに追加しておく。 `$ vi .bash_profile` `PATH=/home/galaxy/tool_dependency/bowtie/0.12.7/devteam/bowtie_wrappers/e1c59c194b7b/bin:$PATH;` `$ . .bash_profile` `$ cd galaxy-dist` `$ ./restart.sh` ### Tophat2 このツールはGalaxyのディストリビューションに含まれている - binary `cd ~/galaxy-tools` `wget `[`http://tophat.cbcb.umd.edu/downloads/tophat-2.0.8b.Linux_x86_64.tar.gz`](http://tophat.cbcb.umd.edu/downloads/tophat-2.0.8b.Linux_x86_64.tar.gz) `tar xvzf tophat-2.0.8b.Linux_x86_64.tar.gz` `rm tophat-2.0.8b.Linux_x86_64.tar.gz` 新しいバージョンは `wget `[`http://tophat.cbcb.umd.edu/downloads/tophat-2.0.10.Linux_x86_64.tar.gz`](http://tophat.cbcb.umd.edu/downloads/tophat-2.0.10.Linux_x86_64.tar.gz) `tar xvzf tophat-2.0.10.Linux_x86_64.tar.gz` `rm tophat-2.0.10.Linux_x86_64.tar.gz` - .bashrc `export PATH=$GALAXY_TOOLS/tophat-2.0.8b.Linux_x86_64:$PATH` ### Tophat for Illumina このツールはGalaxyのディストリビューションに含まれている Tophat2を実行している？これはPATHの問題？ - binary `cd ~/galaxy-tools` `wget `[`http://tophat.cbcb.umd.edu/downloads/tophat-1.4.1.Linux_x86_64.tar.gz`](http://tophat.cbcb.umd.edu/downloads/tophat-1.4.1.Linux_x86_64.tar.gz) `tar xvzf tophat-1.4.1.Linux_x86_64.tar.gz` `rm tophat-1.4.1.Linux_x86_64.tar.gz` - .bashrc `export PATH=$GALAXY_TOOLS/tophat-1.4.1.Linux_x86_64:$PATH` - bowtie_indices.loc `$cd /home/galaxy/galaxy-dist/tool-data` `$vi bowtie_indices.loc` `hg19   hg19    hg19    /media/indexes/igenome/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/BowtieIndex/genome` - bowtie2_indices.loc `$cd /home/galaxy/galaxy-dist/tool-data` `$vi bowtie2_indices.loc` `hg19   hg19           hg19        /media/indexes/igenome/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome` ※スペース区切りでなくタブ区切り！※ ### Cufflinks (cufflinks) Galaxy main tool shed > レポジトリ: cufflinks (tool dependency を使用する) ### Cuffmerge (cufflmerge) Galaxy main tool shed > レポジトリ: cuffmerge (tool dependency を使用する) ### Cuffdiff (cuffdiff) Galaxy main tool shed > レポジトリ: cuffdiff (tool dependency を使用する) ### FastQC このツールはGalaxyのディストリビューションに含まれている `cd /home/galaxy/galaxy-dist_vm23/tool-data/shared/jars/` `wget `[`http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.10.1.zip`](http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.10.1.zip) `unzip fastqc_v0.10.1.zip` `rm fastqc_v0.10.1.zip` `cd FastQC` `chmod 755 fastqc` ### SAM-to-BAM Galaxy main tool shed > レポジトリ: sam_to_bam - Revision 0:30fdbaccb96b (tool dependency を使用する) - tool_data_table_conf.xml ``` text value, dbkey, name, path
``` - fasta_indexes.loc `hg19    hg19    hg19    /diskarray_3/galaxy/tool-data/igenome/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa` Revision “1:93f2e3337a33” は以下の修正が必要 - sam_to_bam.py (51L) `#fai_index_file_base = seq_path` ### Sonoda-Fusion - easy_install `mkdir galaxy-python/work` `cd galaxy-python/work` `wget `[`http://peak.telecommunity.com/dist/ez_setup.py`](http://peak.telecommunity.com/dist/ez_setup.py) `python ez_setup.py` `which easy_install` - site-packages `mkdir ~/galaxy-python/Python-2.7.5/site-packages` `vi .bash_profile` `PYTHONPATH=$HOME/galaxy-python/Python-2.7.5/site-packages` `export PYTHONPATH` - cython `easy_install --install-dir ~/galaxy-python/Python-2.7.5/site-packages -U cython` - bedtools `su -` `ln -s /usr/libexec/gcc/x86_64-amazon-linux/4.6.3/cc1plus /usr/bin/cc1plus` `exit` `easy_install --install-dir ~/galaxy-python/Python-2.7.5/site-packages -f `[`http://pythonhosted.org/pybedtools/`](http://pythonhosted.org/pybedtools/)` pybedtools` - biopython `easy_install --install-dir ~/galaxy-python/Python-2.7.5/site-packages -f `[`http://biopython.org/DIST/`](http://biopython.org/DIST/)` biopython` - pysam `cd galaxy-python/work` `wget `[`http://code.google.com/p/pysam/`](http://code.google.com/p/pysam/)` (0.6系の最新版)` `python setup.py build` `python setup.py install` ワークフローのインストール -------------------------- - 移行の方法 テスト用Galaxyに接続し、『\[Verification\]MiSeq shRNA』をインポート (1)192.168.8.23にインターネットブラウザで接続する (2)新規Galaxyにて『ワークフロー』⇒『Upload or import workflow』を選択する。 (3)新規Galaxyにてローカルにダウンロードした、“Mi-seq shRNA”を選択しインポートする。 ### Mi-seq shRNA - 必要なツール: UNIX Tools,Gunzip, - 移行するワークフロー: \[Verification\]Fujimoto:MiSeq shRNA - 入力データ - (1) shRNALibrary - テスト用Galaxy『\[Verification\] Fujimoto: Mi-Seq shRNA』の『shRNALibrary』をサーバーにコピー（Importツールを使う） - (2) 実験データ - テスト用Galaxy『\[Verification\] Fujimoto: Mi-Seq shRNA』の『Import』をサーバーにコピー（Importツールを使う） - ワークフローの実行 - ワークフロー: Fujimoto:Mi-seq ### Okabe:Sonication - 必要なツール: bwa, Interaction PET - 必要なパッケージ：zlib-devel - 移行するワークフロー:\[Verification\]Okabe:Sonication - 入力データ - (1) 実験データ - テスト用Galaxy『\[Verification\] Okabe:Sonication』の『L-ChIA-2-22_S3_L001_R1_001.fastq』をサーバーにコピー（Importツールを使う） - テスト用Galaxy『\[Verification\] Okabe:Sonication』の『L-ChIA-2-22_S3_L001_R1_002.fastq』をサーバーにコピー（Importツールを使う） - ワークフローの実行 - ワークフローOkabe:Sonication ### Count Reads - 必要なツール: Export to SAM,SAM-to-BAM,Count Reads,Sort - 必要なパッケージ:ncurses-lib,bzip2-devel,libxmlo2-devel - 移行するワークフロー:\[Verification\]Count Reads - 入力データ - (1) refGene_hg19_v02_modified_tss - テスト用Galaxy『Count Reads』の『refGene_hg19_v02_modified_tss』 - (2)実験データ - テスト用Galaxy『Count Reads』の『Galaxy1-MKN7_WT_K4me3: s_1_sorted.txt.gz』をサーバーにコピー(Importツールを使う） - ワークフローの実行 - ワークフロー: Count Reads ※データタイプ“eland_export”は初期設定されていないため、以下の記載を追加し設定する。(!-- 真ん中以外はコメントアウト --!) `$ vi ~/galaxy-dist/datatype_conf.xml` `<-- RCAST-Lab Datatypes -->　` `<-- End RCAST-Lab Datatypes-->` ### Cistrome - 必要なツール: Export to SAM,SAM-to-BAM,Cistrome - 必要なパッケージ: - 移行するワークフロー:\[Verification\]Cistrome - 入力データ - (1) - テスト用Galaxy『Cistrome』の『refGene_hg19_v02_modified_tss』 - (2)実験データ - テスト用Galaxy『Cistrome』の『』をサーバーにコピー(Importツールを使う） - ワークフローの実行 - ワークフロー: Cistrome ### RNA-seq Tutorial - 必要なツール: Tophat for illumina,Cufflinks,Cuffmerge,Cuffdiff,FastQC - 必要なパッケージ: - 移行するワークフロー:\[Verification\] RNA-seq Tutorial3 - 入力データ - (1)iGenomes_UCSC_hg19,_chr19_gene_annotation - テスト用Galaxy『RNA-seq Tutorial 3』の『iGenomes_UCSC_hg19,_chr19_gene_annotation』をサーバーにコピー(Importツールを使う） - (2)実験データ - テスト用Galaxy『RNA-seq Tutorial 3』の『adrenal_1.fastq 』をサーバーにコピー(Importツールを使う） - テスト用Galaxy『RNA-seq Tutorial 3』の『adrenal_2.fastq』をサーバーにコピー(Importツールを使う） - テスト用Galaxy『RNA-seq Tutorial 3』の『brain_1.fastq 』をサーバーにコピー(Importツールを使う） - テスト用Galaxy『RNA-seq Tutorial 3』の『brain_2.fastq』をサーバーにコピー(Importツールを使う） - ワークフローの実行 - ワークフロー: RNA-seq Tutorial Zabbixの設定 ------------ ### Zabbixクライアント 1)対象サーバでrootユーザで以下のコマンドを実行する `groupadd zabbix` `useradd -g zabbix zabbix` 2)teraterm で zabbix_agent.tar.gz を転送 3)ファイルを展開する `cd /` `tar xvzf /home/ec2-user/zabbix_agent.tar.gz` 4)ログディレクトリの作成 `mkdir /var/log/zabbix` `chown zabbix:zabbix /var/log/zabbix` 5)プロセスID保存ディレクトリの作成 `mkdir /var/run/zabbix` `chown zabbix:zabbix /var/run/zabbix` 6)agent実行に必要な、ディレクトリの作成 `mkdir /etc/zabbix/zabbix_agentd.d` 7)コンフィグレーションファイルの修正 `cd /etc/zabbix` `vi zabbix_agentd.conf` 末行のHostnameを変更する↓ ///////////////////////////////////////////////////////// ☆zabbix_agent.conf の内容（抜粋) PidFile=/var/run/zabbix/zabbix_agentd.pid LogFile=/var/log/zabbix/zabbix_agentd.log LogFileSize=10 DebugLevel=2 EnableRemoteCommands=1　　←1になっていることを確認 LogRemoteCommands=1 Server=tmonit01.cloud-koubou.jp ListenPort=10050 ListenIP=0.0.0.0 Hostname=route-03 ///////////////////////////////////////////////////////// 8)自動起動の設定 `chkconfig zabbix-agent on` `chkconfig zabbix-agent --list` 起動 `/etc/init.d/zabbix-agent start` 9)visudo の設定　　※忘れやすいので注意 `visudo` `Defaults:zabbix   !requiretty` `zabbix ALL=(ALL) NOPASSWD: /sbin/shutdown -h now, /sbin/reboot, /etc/init.d/httpd restart` 10)セキュリティグループの解放(クライアント側) 10050 を開ける ### Zabbixホスト 1)セキュリティグループの解放(サーバ側) 10051 を開ける 10050 を開ける 2）Zabbix管理コンソールにログイン <https://zabbix04.cloud-koubou.jp/zabbix/> 3）「設定タブ/ホスト」→「ホストの作成」 4）ホストの設定 - ホスト名：kaga01 - 表示名：kaga01 - グループ：Linux servers - IPアドレス：192.169.0.111 →まだアプリケーションやアイテムは０ 5）登録マクロでクライントをホストに登録 「Linuxホストの設定シート」 - ホスト名：kaga01 - fqdn：https://kaga01.cloud-koubou.jp/ping.html - アカウント：aws-1120040-01 ※３２ビットのExcelでないと実行できません※ →zabbixのホスト管理ページ「kaga01」のアプリケーション、アイテムなどの値が変化する。 6）クラウド工房の監視対象に登録 •ssh接続 - ホスト：「zabbix03.cloud-koubou.jp/ckbweb」 - 鍵：ckb_sample.pem `ec2-user mysql -u ckbconsole -p` `mysql> use ckbconsole` `mysql> insert into ckbinstance(account,tag_name,zabbix_id,public_ip,dns_name)values(` `           'aws-1120040-01'    ←対象のクラウド工房` `           ,'Kaga002'      ←追加する子インスタンス` `           ,'zabbix04'     ←親のZabbixサーバ` `           ,null` `           ,null` 7)Zabbixのアカウントを追加 以下、コマンドをサーバ側にて実施します。対象は、任意に変更してください。 insert into ckbzabbixapi(id,url,user,password)values( `        'zabbix04'                      　　　　   ←サーバに登録するID` `        ,'`[`https://zabbix04.cloud-koubou.jp`](https://zabbix04.cloud-koubou.jp)`'            ←アクセス時のURL` `        ,'admin'                                               ←アクセス時のユーザー名` `        ,'c1283530ab8a77dfe9c1b7e7a646c23e'    ←アクセス時のパスワード` `        ) ;` 8)サーバ /etc/hosts の編集 以下を参考に、IPアドレス、アクセス時のURL、サーバに登録したIDを記載します。 `[root@zabbix04 tomcat6]# cat /etc/hosts` `127.0.0.1   localhost localhost.localdomain` `192.169.0.70 zabbix04.cloud-koubou.jp zabbix04` その他 ------ ### FTPサーバー起動 - AWSコンソールから security group で 21, 50000-50010 ポートを開放 - /etc/vsftpd/vsftpd.conf 編集 `$ su -` `$ yum install vsftpd` `$ vi /etc/vsftpd/vsftpd.conf` `(追記)` `pasv_enable=YES` `pasv_min_port=50000` `pasv_max_port=50010` `pasv_address=54.238.249.174　<-- ここにグローバルIPを記載` `$ service vxftpd start` ### ファイル転送 - ftp client インストール `#su -` `#yum install ftp` `#exit` ### Databaseシンボリックリンク作成 database - galaxy停止 `$ cd ~/galaxy-dist ` `$ ./run.sh --stop ` - シンボリックリンク作成 `$ mkdir /media/data/database ` `$ chown galaxy:galaxy /media/data/database ` `$ cp -r database/* /media/data/database/ ` `$ mv database database_bak ` `$ ln -s /media/data/database database ` `$ ./run.sh --daemon ` - 起動、設定を確認後、バックアップを削除 `$ ls -l` `$ rm database_bak ` `(追記)` `rwxrwxrwx  1 galaxy galaxy      21 Nov 19 01:03 database -> /media/data/database/` ### EBSストレージマウント AWSインスタンス作成時に設定した、EBSストレージをマウントする。 - fstab `# vi /etc/fstab` `LABEL=/     /           ext4    defaults,noatime  1   1` `tmpfs       /dev/shm    tmpfs   defaults        0   0` `devpts      /dev/pts    devpts  gid=5,mode=620  0   0` `sysfs       /sys        sysfs   defaults        0   0` `proc        /proc       proc    defaults        0   0` `/dev/sdb        /media/ephemeral0       auto    defaults,comment=cloudconfig    0       2` `/dev/sdc        /media/ephemeral1       auto    defaults,comment=cloudconfig    0       2` `/dev/sdd        /media/data             ext4    defaults,comment=cloudconfig    0       2` - マウント 指定したデバイスにファイル・システムを構築しマウントする。 `# mkdir /media/ephemeral1` `# mkdir /media/data` `# mkfs.ext4 /dev/xvdd` `# mount -a` - 設定後に確認 `# df -h` `Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on` `/dev/xvda1            7.9G  3.5G  4.4G  45% /` `tmpfs                 3.7G     0  3.7G   0% /dev/shm` `/dev/xvdb             414G   13G  381G   4% /media/ephemeral0` `/dev/xvdc             414G  199M  393G   1% /media/ephemeral1` `/dev/xvdd              50G  180M   47G   1% /media/data` ### ツールパネルの修正 - 参考 <http://wiki.galaxyproject.org/GalaxyToolPanel> tool_conf.xmlにラベル追加 `$ vi tool_conf.xml`