- 立ち上げ方は２通り
- $HOME/GalaxyCommunityVM/Pitagora-Galaxy-0.2.3.ova をダブルクリック
- $HOME/Application/VirtualBox.appをダブルクリック
- 起動したらブラウザで http://192.168.56.10:8080/
- adminとしてログイン（しないとヒストリーが見れない）
- admin@pitagora-galaxy.org
- galaxy
ターミナルから触る
- ssh -l galaxy 192.168.56.10
- galaxy
ログを見る
- tail -f /home/galaxy/galaxy-dist/paster.log
再起動
- sudo service galaxy restart
- 終わったかどうかは tail -f ~/galaxy-dist/paster.log で確認
- vi .bash_profile
- export PATH=$HOME/tool_dependency/bowtie/1.0.0/iuc/package_bowtie_1_0_0/9fcaaedbbfd6/bin:$PATH
- export PATH=$HOME/tool_dependency/samtools/0.1.19/devteam/package_samtools_0_1_19/95d2c4aefb5f/bin/:$PATH
- . .bash_profile
- which bowtie
- bowtie –version
- sudo service galaxy restart
- 終わったかどうかは tail -f ~/galaxy-dist/paster.log で確認
- 終わったら http://192.168.56.10:8080/ をリロード
新しいツールを入れる
- admin をクリックして Search and browse tool sheds
ヒストリーからワークフローを作る
- まず、失敗した計算など、不要なヒストリーを削る。
- http://192.168.56.10:8080 画面右上の「ヒストリー」の歯車をクリック
- プルダウンメニューから「Extract Workflow」を選択
- 出て来た画面の「Create Workflow」をクリック
- 「Workflow “Workflow constructed from history ‘Unnamed history’” created from current history. You can edit or run the workflow.」というメッセージ中の「edit」をクリック。
- 要らないノードを消しつつAuto Re-layoutしたりして整える。→ Save → Close
- Rename で名前をつける
- Download or export
既存のワークフローをインポートする
Dockerがらみのコマンド（未整理）
sudo docker build
sudo docker images
sudo docker run
sudo docker login
sudo docker push
sudo docker images
[galaxy@localhost ~]$ sudo docker run -it maskot1977/bridger:0.1.0 bash
[galaxy@localhost test]$ sudo docker run -v `pwd`:/data -w /data maskot1977/bridger:0.1.0 /src/Bridger_r2014-12-01/Bridger.pl –seqType fq –right /src/Bridger_r2014-12-01/sample_test/reads.right.fq.gz –left /src/Bridger_r2014-12-01/sample_test/reads.left.fq.gz –CPU 8
[galaxy@localhost test]$ sudo docker push maskot1977/bridger:0.1.0
[galaxy@localhost test]$ sudo docker tag a8d2ce8c481a maskot/bridger:0.1.0
[galaxy@localhost test]$ sudo docker push maskot/bridger:0.1.0