概要
- Bowtie2
- HP：http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
- 文献：Langmead B, Salzberg S. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods. 2012, 9:357-359
- 特徴：Burrows-Wheeler Alignmentアルゴリズムを応用し、参照ゲノムに対して一致率の高いシーケンスシードを高速でマッピングプログラム
- 入力：fastqファイル (DNA配列が決定済みで、マッピング位置のわかっていないシーケンスリードの集合データ)
- 出力：bamファイル (マッピング位置の特定されたシーケンスシード集合のbinaryデータ)