pitagora-network.github.io

• TopHatはRNA-seqで得られたリード・データ用の高速なスプライス・ジャンクション・マッパーです。超ハイスループットなショート・リード・アライナーであるBowtieを使ってRNA-seqのリードを哺乳類サイズのゲノムにマップした後、エクソンの間のスプライス・ジャンクションを見つけるためにマッピング結果を解析します。
• TopHatのウェブサイト

入力ファイル

• シングルエンドの場合：FASTQ File
• ペアエンドの場合：FASTQ File（フォワード側）、FASTQ File（リバース側）

出力ファイル

• マッピング情報（txt, bed）
• マップ済みリード（bam）