pitagora-network.github.io

VirAmpは、ウイルス ゲノム アセンブリと変動発見のためのGalaxyサーバー。

Introduction

パイプラインの概要

http://docs.viramp.com/en/latest/_images/pipeline_overview.png

データ

http://viramp.com/library Data library name のHSV_sample_datasetsをクリック。 Name の下記項目に✔️を付ける。

250000reads_1.fastq 250000reads_2.fastq HSV-reference.fasta    

画面下部の“For selected datasets:”のプルダウンメニューで[Import to current history]を選び、[Go]ボタンを押す。

Usage

One-click pipeline

ワンクリックで、ペアエンド・データとシングルエンド・データを解析するパイプラインを提供。 画面左側の“Tools”における[Entire Pipeline]内の[Paired-end pipeline]か[Single-end pipeline]をクリック

http://docs.viramp.com/en/latest/_images/paired_end_pipeline.png

Quality Control

まず、入力FASTQファイルのクオリティの低い塩基をトリミングする。 画面左側の“Tools”における[VirAmp]内のQUALITY CONTROL下の[Trim Sequence by Quality]か[Trim Sequence by Bases]をクリック

http://docs.viramp.com/en/latest/_images/trim_qual.png

Diginorm

次に、Digital normalizationを使用して、サンプルのバイアスと変動を低減する。 画面左側の“Tools”における[VirAmp]内のDIGINORM下の[Reduce the coverage]をクリック

http://docs.viramp.com/en/latest/_images/diginorm.png

de novo Contig assembly

短いリード配列を長いコンティグにアセンブルする。 画面左側の“Tools”における[VirAmp]内の“DE NOVO CONTIG ASSEMBLING”下のツール（[Velvet]か[SPAdes]か[VICUNA]）をクリック

http://docs.viramp.com/en/latest/_images/de-novo.png

Reference-based scaffolding

コンティグをアセンブルしてスーパー・コンティグにする（AMOScmp）。 画面左側の“Tools”における[VirAmp]内の“SCAFFOLDING”下の[Reference-guided Scaffolding]をクリック

http://docs.viramp.com/en/latest/_images/amoscmp.png

Reference-independent scaffolding

スーパー・コンティグを拡張し、SSPACEを使用して接続。 画面左側の“Tools”における[VirAmp]内の“SCAFFOLDING”下の[Scaffolding pre-assembled contigs using paired-read data]をクリック

http://docs.viramp.com/en/latest/_images/sspace.png

Gap closing

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参考文献

http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/VirAmp_Workflows