pitagora-network.github.io

概要

ヒトhg19にマップ済みのリード（BAMファイル）からmacsでピークを検出した後、

ヒト遺伝子のTSS前後1,000bpとオーバーラップするピークを出力します。

使用する主なツール：

• macs
• awk
• join

入力ファイル

• BAM File: マップ済みリード（bamファイル）
• Gene List File: 遺伝子リスト（bedファイル）
• Gene ID x Name Table: UCSCの遺伝子IDと遺伝子名のクロスリファレンス表

出力ファイル

• macsのレポート（html）
• macsのピーク（wigファイル）
• 検出されたピークと対応する遺伝子（csvファイル）

テスト方法

• ファイルをヒストリーにダウンロードするためには、左ペインのツールの右横にあるアイコン [Download from URL or upload files from disk] > [Paste/Fetch data]を選択し、URLテキストボックスに以下のURLを入力して [start] をクリックします。

http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_01/test.bam http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_01/knownGene.bed http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_01/kgXref.tabular

• ワークフローを実行します。
  • [Workflow] > [ChIP-seq 01] > [run] をクリックします。