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概要

ヒトhg19のサンプル（FASTQファイル）にbowtie2でマッピングし、macsでピークを検出した後、

ヒト遺伝子のTSS前後1,000bpとオーバーラップするピークを出力します。

使用する主なツール：

• bowtie2
• macs
• awk
• join

入力ファイル

• BAM File: マップ済みリード（bamファイル）
• Gene List File: 遺伝子リスト（bedファイル）
• Gene ID x Name Table: UCSCの遺伝子IDと遺伝子名のクロスリファレンス表

出力ファイル

• リード済みリード（bamファイル）
• macsのレポート（html）
• macsのピーク（wigファイル）
• 検出されたピークと対応する遺伝子（csvファイル）

フロー図

テスト方法

• Download References ツールを使って Fasta UCSC hg19 および Bowtie2 Index UCSC hg19 をダウンロードします。（初回実行時のみ）
  • 索引作成の元となる Fasta ファイルも必要であることに注意してください。
• ツールパネルのダウンロードボタンからURLテキストボックスに以下のURLを入力して各ファイルをダウンロードします。

http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_02/test.fastq.gz http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_02/knownGene.bed http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_02/kgXref.tabular

• FASTQファイルのファイルフォーマットを fastqsangar に変更します。
• ワークフローを実行します。 [Workflow] > [ChIp-seq 02] > bowtie2 で hg19 を選択 > [run] をクリックします。
• もっと大きな FASTQ ファイル（展開して 2.7 GB）を使う場合はこちら。上の test.fastq.gz （展開して 99.8 MB）はこのファイルの一部です。

http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_02/SRR020051.fastq.gz