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概要

ワークフロー「ChIP-seq 03」のマッピングを Bowtie2 から BWA に変更したものです。

フロー図

テスト方法

• Download References ツールを使って BWA Index UCSC hg19 をダウンロードします。（初回実行時のみ）
• ツールパネルのダウンロードボタンからURLテキストボックスに以下のURLを入力してダウンロードします。
  • ファイルフォーマットとして fastqsangar を選択します。

http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_02/test.fastq.gz

• FASTQファイルのファイルフォーマットを fastqsangar にするのを忘れた場合はそのように変更します。
• ワークフローを実行します。 [Workflow] > [ChIp-seq 04] > BWA で hg19 を選択 > [run] をクリックします。
• もっと大きな FASTQ ファイル（展開して 2.7 GB）を使う場合はこちら。上の test.fastq.gz （展開して 99.8 MB）はこのファイルの一部です。

http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/ChIP-seq_02/SRR020051.fastq.gz