pitagora-network.github.io

2016.4.22現在、-remote をつけるblastが動かない

那須野さんから、Galaxyでdockerを呼ぶ時にオプション –net none がつくことを教えていただき （通常のdockerコマンドのデフォルトは –net bridge）、 これをbridgeに変更すべくjob_conf.xmlに<param id=”docker_net”>bridge</param>をつけたところ、 blastが-remoteで実行できるようになりました

概要

MiGAPを用いて微生物ゲノムのアノテーションを行う

1. TestToolShed： 「migap（Owner:emihat）」をインストール
2. テストデータ： 適当な微生物ゲノムのFastaを「GetData」（例：NC_009925）
3. アノテーションデータ： 以下のCOGデータを「GetData」
   • ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/COG/myva
   • ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/COG/whog
   • ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/COG/myva=gb
   • myvaはfasta、myva=gbとwhogはtabular。フォーマットAuto detectだとmyva=gbがgg（genomegraph?）、whogがJSONと判定されるので適宜直しておく（※ggはそのままでも動いた）。
4. ワークフロー実行： 以下のデータを指定して実行
   • Step1のInput dataset：　2のFastaを指定
   • Step2のInput dataset：　3のCOG myvaを指定
   • Step3のInput dataset：　3のCOG whogを指定
   • Step4のInput dataset：　3のCOG myva=gbを指定

注意

1. RefSeq search(-remoteでNCBIに対してblastp)で以下のエラーが出た。NCBIサーバの問題？再試行中

Error: Error: internal_error: (Severe Error) Blast search error: Details: search failed. # Informational Message: [blastsrv4.REAL]: Error: CPU usage limit was exceeded, resulting in SIGXCPU (24).  

Biostartで似た報告あり→https://www.biostars.org/p/106819/

1. COG search(手元に用意したCOG myva(fasta)に対してblastp)がNC_009925をクエリとして実行すると12時間程度経ったのちKillされる（2回実行して2回とも）。小さいクエリだと正常終了する。原因不明。makedbしておかないと不安定なのか？

入力ファイル

微生物ゲノムのFasta

出力ファイル

Genbank, Emblフォーマットなどでアノテーション結果が出る

フロー図

[](/File:MiGAP_WF.png "wikilink")

テスト方法