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概要

このRNA-seqワークフローは、「FastqMcf」を用いてRNA-seqの結果で得られたfastqをトリミングしたあと、「Sailfish」を使用した発現定量を行います。

• FastqMcf
  • HP:https://code.google.com/p/ea-utils/wiki/FastqMcf
  • 特徴：fastqデータから任意のアダプター/プライマー配列、低クオリティなリードなどを取り除き、発現定量の精度を高めます。
  • 入力ファイル :
    • adapter/primer File: 取り除きたいアダプター、プライマー配列（fastaファイル）
    • FASTQ File: 塩基配列とクオリティスコアのテキストファイル（fastqsangerファイル）
      • サンプル1（フォワード側 / リバース側）
      • サンプル2（フォワード側 / リバース側）
  • 出力ファイル : logファイル、reads（トリミング済みフォワード側リード）、 meats（トリミング済みリバース側リード）

• FastQC
  • HP:https://code.google.com/p/ea-utils/wiki/FastqMcf
  • 特徴：fastqデータから任意のアダプター/プライマー配列、低クオリティなリードなどを取り除き、発現定量の精度を高めます。
  • 入力ファイル : FastqMcfでトリミングしたreads、meats（ワークフローで自動的に選択されます）
  • 出力ファイル : RawDataファイル、Webpage（クオリティチェックの結果レポート、html）

• Sailfish
  • HP：http://www.cs.cmu.edu/~ckingsf/software/sailfish/
  • 文献：Rob Patro, Stephen M. Mount, and Carl Kingsford (2014) Sailfish enables alignment-free isoform quantification from RNA-seq reads using lightweight algorithms. Nature Biotechnology
  • 特徴：RNA-seqのデータから既知RNA-isoformの定量を行うツールです。ハッシュを利用したアルゴリズムを採用し、正確さを失わず既存の定量ツールと比較して大変高速な定量を行うことができます。
  • 入力ファイル :
    • FastqMcfでトリミングしたreads、meats（ワークフローで自動的に選択されます）
    • Sailfish インデックスファイル（シーケンスを行った生物種を手動で指定。現在はヒトhg19 or マウスmm10が選択可能）
  • 出力ファイル : すべて.txt形式で以下の4つ
    • log
    • reads_count_info
    • quant（発現定量結果）
    • quant_bias_corrected.sf（上記quantにバイアス補正を行ったもの）

フロー図

テスト方法

• Download References ツールで Sailfish Index UCSC mm10 を入手します。
• トリミングしたい配列（adapter/primer）をヒストリーに読み込みます。(.fa形式)

http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/RNA-seq_02/test_adapter.fa

• FASTQファイルをヒストリーに読み込みます。ファイルフォーマットを確認し、fastqsangar でなければ手動で変更します。

http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/RNA-seq_02/SRR616850_div100_1.fastq http://download.pitagora-galaxy.org/data/workflows/RNA-seq_02/SRR616850_div100_2.fastq

• [Workflow] > [RNA-seq 02] > [run] をクリックします。
• 手順１で読み込んだ配列と手順２で読み込んだFASTQファイルを、FastqMcfのインプットに指定します。
• ワークフローを実行します。