pitagora-network.github.io

概要

DNApod: DNA Polymorphism annOtation Database

DNApod は、DDBJが運営する新型シーケンサ出力配列のアーカイブデータベースDDBJ Seuence Read Archive (DDBJ SRA) から、統一された解析手法でDNA多型を抽出し、既知の遺伝子注釈をつけたデータベースと、Webベースで同様の解析ができる解析ワークフローです。現在、植物に対応しています。

オリジナルのDNApodサイトはこちらです。

DNApod ワークフローは、DDBJ Read Annotation Pipeline 基礎処理部 + Pitagora-Galaxy Virtual Machine Image から構成されます。 ワークフローの詳細は、こちら を参照してください。

入力ファイル

• VCF File: samtools mpileup にて作成されたVCFファイル

出力ファイル

• SNP データ (VCF)
• Insertion/Deletion データ (VCF）
• DNA 多型 (SNP + InDel) データ (VCF)
• ゲノム上の DNA 多型の分布の描画ファイル (html)
• DNA 多型の既知遺伝子注釈情報ファイル (html, VCF)

フロー図

[](/File:Flowchart.001.png "wikilink")

テスト方法

テスト方法、テストデータはこちら をご参照ください。