pitagora-network.github.io

Pitagora 0.1.7

全てのツールのアップデート

FileBrowser の更新等

SATA > SCSI 変更

VMWare は SATA に対応していない場合がある（Fusion 5.05 で確認。Player 無償版も非対応？）ため、SCSI に変更する。

Rはインストールしておく？

いいえ、現時点では、R も Tool dependency を使ってインストールすることにしましょう

g++は欲しい

sudo yum install -y gcc-c++

リダイレクト

http://hoge/ を http://hoge/galaxy/ にリダイレクト

$ cd /var/www/html
$ vi index.html
<html>
<head>
<meta charset='utf-8'>
<meta http-equiv="refresh" content="5;URL=./galaxy/">
</head>
<body>
<p>This page will redirect to ./galaxy/ in 5 seconds ..</p>
</body>
</html>

Pitagora 0.1.6

その他の細かいこと

cd rm -rf test rm -rf script

ディスクのマウントポイントの変更

sudo umount /media/igenome
sudo umount /media/database

sudo vi /etc/fstab
/dev/sdb /disk/reference ext4 defaults 0 0
/dev/sdc /disk/database  ext4 defaults 0 0

sudo mkdir -p /disk/reference
sudo mkdir -p /disk/database

sudo chown galaxy:galaxy /disk/reference
sudo chown galaxy:galaxy /disk/database

sudo mount -a

cd ~/galaxy-dist
rm database
ln -s /disk/database

sudo rm -rf /media

リファレンスのパス変更

bowtie2_indices.loc

hg19        hg19        hg19        /disk/reference/igenome/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome
hg18        hg18        hg18        /disk/reference/igenome/Homo_sapiens/UCSC/hg18/Sequence/Bowtie2Index/genome
mm10    mm10    mm10    /disk/reference/igenome/Mus_musculus/UCSC/mm10/Sequence/Bowtie2Index/genome
mm9     mm9     mm9     /disk/reference/igenome/Mus_musculus/UCSC/mm9/Sequence/Bowtie2Index/genome
dm3     dm3     dm3     /disk/reference/igenome/Drosophila_melanogaster/UCSC/dm3/Sequence/Bowtie2Index/genome

bwa_index.loc

hg19        hg19        hg19        /disk/reference/igenome/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/BWAIndex/version0.5.x/genome.fa
hg18        hg18        hg18        /disk/reference/igenome/Homo_sapiens/UCSC/hg18/Sequence/BWAIndex/version0.5.x/genome.fa
mm10    mm10    mm10    /disk/reference/igenome/Mus_musculus/UCSC/mm10/Sequence/BWAIndex/version0.5.x/genome.fa
mm9     mm9     mm9     /disk/reference/igenome/Mus_musculus/UCSC/mm9/Sequence/BWAIndex/version0.5.x/genome.fa
dm3     dm3     dm3     /disk/reference/igenome/Drosophila_melanogaster/UCSC/dm3/Sequence/BWAIndex/version0.5.x/genome.fa

無効なツールの除去

Galaxyの起動時にエラーが出力されていたため

$ vi galaxy-dist/tool_conf.xml
    <!--
    <tool file="mutation/visualize.xml" />
    -->

データベースの文字コード変更

文字コードをlatin1からutf8に変更

phpMyAdminでデータベースの名称変更
データベースの内容をSQLでエクスポート
エクスポートされたSQLファイルを開いて「latin1」を「utf8」に置換
新しくデータベースを「utf8_general_ci」で作成
SQLファイルをインポート

OSの言語変更

$ vi /etc/sysconfig/i18n LANG=“en_US.UTF-8” $ vi .bash_profile export LANG=“en_US.UTF-8”

Git追加

ツールfilebrowserなど、Gitで追加するため

$ sudo yum install -y git

Pitagora 0.1.5

データ用ストレージの追加

~/galaxy-dist/database は既に /media/database へのシンボリック・リンクになっているため、この手順を忘れるとGalaxyは起動できない。

$ sudo mkfs -t ext4 /dev/sdc
$ sudo mkdir /media/database
$ sudo vi /etc/fstab
/dev/sdc  /media/database  ext4  defaults  0  0
$ sudo mount -a
$ sudo chown galaxy:galaxy /media/database
$ cd ~/galaxy-dist
$ mv database database_bak
$ ln -s /media/database
$ cp -r ~/galaxy-dist/database_bak/* /media/database/

ユーザーのデータパージ設定

ユーザーが「Purge Deleted Datasets」によりデータをパージした際に、データ・ファイルがファイル・システムから削除されるようにする。

# Allow users to remove their datasets from disk immediately (otherwise,
# datasets will be removed after a time period specified by an administrator in
# the cleanup scripts run via cron)
#allow_user_dataset_purge = False
allow_user_dataset_purge = True

phpMyAdmin追加設定

この記述はphpMyAdminのインストール手順にマージする予定

php-mcryptのインストール

$ sudo yum install epel-release
$ sudo vi /etc/yum.repos.d/epel.repo
[epel]
enabled=1
$ sudo yum install php-mcrypt --enablerepo=epel
$ sudo service httpd restart

インストール時のconfigディレクトリの削除

sudo rm -rf /var/www/html/phpmyadmin/config

Pitagora 0.1.4

SELinux無効化

$ su -
# vi /etc/selinux/config
SELINUX=disabled
# reboot
$ getenforce
Disabled

sudo設定

SELinuxを無効化しておく

$ su -
$ chmod +w /etc/sudoers
$ vi /etc/sudoers
# %wheel ... (comment out)
$ chmod -w /etc/sudoers
$ usermod -G wheel galaxy

NAT接続用NICの再起動設定

$ sudo vi /etc/rc.d/rc.local
echo > /etc/resolv.conf
ifdown eth0
ifup eth0

アイコンの変更

$ cp favicon.ico ~/galaxy-dist/static/
$ cp galaxyIcon_noText.png ~/galaxy-dist/static/images/

Pitagora 0.1.3

インデックス用ストレージの追加

$ mkfs -t ext4 /dev/sdb
$ mkdir /media/igenome
$ vi /etc/fstab
/dev/sdb  /media/igenome  ext4  defaults  0  0
$ mount -a
$ chown apache:apache /media/igenome

Galaxyのサービス登録と自動起動

$ vi /etc/init.d/galaxy-init

#!/bin/sh
# chkconfig: 2345 99 99
# description: autorun galaxy

user=galaxy
galaxy_run=/home/galaxy/galaxy-dist/run.sh

do_start(){
  su - $user -c "$galaxy_run --daemon"
  return 0
}

do_stop(){
  su - $user -c "$galaxy_run --stop"
  return 0
}

case "$1" in
  start)
    do_start
    ;;
  stop)
    do_stop
    ;;
  restart)
    do_stop
    do_start
    ;;
  *)
    echo "Usage: $0 {start|stop|restart}"
    RETVAL=1
esac

exit $RETVAL

$ sudo chmod 755 /etc/init.d/galaxy-init $ sudo chkconfig galaxy-init on $ sudo chkconfig --list galaxy-init galaxy-init 0:off 1:off 2:on 3:on 4:on 5:on 6:off