pitagora-network.github.io

ダウンロード方法

right

準備

VirtualBox をインストールしてください。

仮想マシンの入手

以下から仮想マシンを入手します。

起動手順

1. 上記のリンクからOVAイメージをダウンロードします。
2. VirtualBox マネージャーで、ファイル > 仮想アプライアンスのインポート、を開きます。
3. ダウンロードしたOVAイメージを選択し、設定を変更せずにインポートします。
4. VirtualBox マネージャーで、インポートされたVMを右クリックし「起動」します。
5. VMの起動後、ブラウザで http://192.168.56.10/galaxy/ にアクセスします。

再起動方法

VirtualBox マネージャーで「閉じる」>「ACPIシャットダウン」で終了した後、再度「起動」します。

トラブルシューティング

• 上記手順の5でGalaxyにアクセスできない場合、VMを再起動してみてください。
• それでも、アクセスできない場合、ネットワーク設定の問題が考えられますので、詳しい方に訊くことをオススメします。VirtuaBoxマネージャーで、VirtuaBox > 環境設定 > ネットワーク > ホストオンリーアダプター >「+」 アイコンをクリックし、 新しいホストオンリーネットワークを追加します。このネットワークのアドレスを「192.168.56.1 / 255.255.255.0」として、ピタゴラギャラクシーのアダプター2に設定します。

作成中の仮想マシン

• Version 0.3.5
  • OS: Ubuntu 16.04.3
  • OS ユーザー: galaxy/galaxy
  • Python: 2.7.11
  • Galaxy: release_17.05
  • Tools: Tool List 0.3.2
  • URL: http://192.168.56.10/galaxy/

最新の仮想マシン

はじめて仮想マシンをインストールする方はこちらのガイドを参照してください。

• はじめよう Galaxy 仮想マシン

仮想マシンのイメージをこちらからダウンロードして下さい。

• Version 0.3.4 (download)
  • OS: Ubuntu 14.04.4
  • OS ユーザー: ubuntu/ubuntu
  • Python: 2.7.11
  • Galaxy: release_17.05
  • Tools: Tool List 0.3.2
  • URL: http://192.168.56.10/galaxy/
  • Galaxy へのログイン: admin@pitagora-galaxy.org / galaxy

過去の仮想マシン

Version 0.3.x

• Version 0.3.3 (download)
  • OS: Ubuntu 14.04.4
  • OS ユーザー: ubuntu/ubuntu
  • Python: 2.7.11
  • Galaxy: release_16.10
  • Tools: Tool List 0.3.2
  • URL: http://192.168.56.10/galaxy/

• Version 0.3.2 (download)
  • OS: Ubuntu 14.04.4
  • OS ユーザー: ubuntu/ubuntu
  • Python: 2.7.11
  • Galaxy: release_16.07
  • Tools: Tool List 0.3.2
  • URL: http://192.168.56.10/galaxy/

Version 0.2.x

• Version 0.2.4 (mac / win)
  • OS: CentOS 6.6
  • Galaxy changeset: 17050:6395e7035143
  • Galaxy database version: 125
  • Tools: Tool List 0.2.4
  • Apache によるプロキシは未設定のため、http://192.168.56.10:8080/ にアクセスしてください
  • ワークフローの追加: Variant Calling 02

• Version 0.2.3 (mac / win)
  • OS: CentOS 6.6
  • Galaxy changeset: 17050:6395e7035143
  • Galaxy database version: 125
  • Tools: Tool List 0.2.3
  • Apache によるプロキシは未設定のため、http://192.168.56.10:8080/ にアクセスしてください
  • ワークフローの追加: BS-seq 01, ChIP-seq 03, ChIP-seq 04

• Version 0.2.2 (download)
  • OS: CentOS 6.6
  • Galaxy changeset: 16115:02ddea42faad
  • Galaxy database version: 125
  • Tools: Tool List 0.2.2
  • Apache によるプロキシは未設定のため、http://192.168.56.10:8080/ にアクセスしてください
  • ワークフローの追加: RNA-seq 02

• Version 0.2.1 (download)
  • OS: CentOS 6.6
  • Galaxy changeset: 16115:02ddea42faad
  • Galaxy database version: 125
  • Tools: Tool List 0.2.1
  • Apache によるプロキシは未設定のため、http://192.168.56.10:8080/ にアクセスしてください

Version 0.1.x

• Version 0.1.7 (download)
  • database version: 120
  • ツール更新 (bowtie2, tophat2, filebrowser, macs14)

• Version 0.1.6 (download)
  • database version: 120
  • ツール追加 (bowtie2, download_ref, imp_exp, filebrowser, sql_tools, sam_to_bam, bam_to_sam, macs14)

• Version 0.1.5 (download)
  • database version: 120
  • データ用ストレージの追加
  • ユーザーがデータをパージできるように変更
  • ツール追加 (awk, sed, macs)

• Version 0.1.4 (download)
  • database version: 120
  • トップ画面のリンクからインデックス・ファイルをダウンロード可能
  • データ・ファイル (~/galaxy-dist/database) は本体と別のストレージに格納されるように変更
  • URL を http://192.168.56.10:8080/ から http://192.168.56.10/galaxy/ に変更
  • Galaxy をサービス登録し、OS の起動時に Galaxy が自動起動されるように変更
  • ツール追加 (macs, bwa, sam_to_bam, bam_to_sam, export_to_sam)

• Version 0.1.3 (download)
  • RNA-Seqのワークフローでtophat2が並行して動作するよう変更
  • メモリを2GBから4GBに変更
  • GalaxyのデータベースをSQLiteからMySQLに変更
  • AWSのインスタンスをt2.Microからt2.Mediumで動作検証
  • RNA-Seqのサンプルデータをアップロード

• Version 0.1.2
  • Galaxy本体のストレージサイズを128GBに変更
  • VMをAWSにインポートし、公開テスト用サイトを公開

• Version 0.1.1
  • Galaxy本体のストレージサイズを2TBから1TBに変更
  • ツール追加（cuffmerge, cuffdiff）
  • ワークフロー追加（RNA-Seq）
  • インデックス・ファイル用の空のストレージをマウント

• Version 0.1.0
  • GalaxyのVMイメージを作成
  • ツール追加（fastqc, tophat2, cufflinks）