pitagora-network.github.io

Pitagora 0.2.5 (作業中)

Http サーバーによるプロキシ設定

こちらを参照： https://wiki.galaxyproject.org/Admin/Config/ApacheProxy

まず、サーバー名を設定しておく。これが誤っているとうまくRewriteされない。

$ sudo vi /etc/httpd/conf/http.conf ServerName 192.168.56.10:80

Rewrite により /galaxy/ で参照できるようにする

$ sudo vi /etc/httpd/conf/http.conf RewriteEngine on RewriteRule ^/galaxy$ /galaxy/ [R] RewriteRule ^/galaxy(.*) http://localhost:8080$1 [P]

静的コンテンツを Http サーバーで扱うようにすることができるが、今回、権限エラー（You don’t have permission to access）が出たので設定していない。未調査。

$ sudo vi /etc/httpd/conf/http.conf RewriteRule ^/galaxy/static/style/(.*) /home/nate/galaxy-dist/static/june_2007_style/blue/$1 [L] RewriteRule ^/galaxy/static/scripts/(.*) /home/nate/galaxy-dist/static/scripts/packed/$1 [L] RewriteRule ^/galaxy/static/(.*) /home/nate/galaxy-dist/static/$1 [L] RewriteRule ^/galaxy/favicon.ico /home/nate/galaxy-dist/static/favicon.ico [L] RewriteRule ^/galaxy/robots.txt /home/nate/galaxy-dist/static/robots.txt [L]

Galaxy 側の設定

$ vi ~/galaxy-dist/config/galaxy.ini

[filter:proxy-prefix] use = egg:PasteDeploy#prefix prefix = /galaxy [app:main] filter-with = proxy-prefix cookie_path = /galaxy

それぞれ再起動

$ sudo service httpd restart $ sudo service galaxy restart

Pitagora 0.2.4

ツールの追加

python ~/galaxy-dist/scripts/api/install_tool_shed_repositories.py -a 126a89c98a5d1a2c234edf2651024a03 -l http://localhost:8080 -u https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu/ -n tool_shed_test_1 -o pitagora-mak -r 3bbc8d428ef1 --panel-section-name “Variant Call” --repository-deps --tool-deps

samtools をパスに追加

Galaxy に BAM ファイルをアップロードすると、自動的に BAM インデックスを作成する。この際、samtools コマンドが実行されるため、パスに samtools を追加しておく必要がある。ここでは、Tool Shed 経由でインストールされている samtools を参照させているが、Galaxy 必須のコマンドと考えて Galaxy のインストール手順に含めるのがよいかもしれない。

$ vi .bash_profile export PATH=$HOME/tool_dependency/samtools/0.1.19/devteam/package_samtools_0_1_19/95d2c4aefb5f/bin:$PATH $ . .bash_profile

トップ画面にログイン情報を表示

$ vi ~/galaxy-dist/static/welcome.html
        <br/>
        <p><b>ピタゴラ・ギャラクシーへようこそ！</b></p>
        <p>上のメニューから User > Login と進み、次のどちらかのユーザーでログインしてください。</p>
        <ul>
            <li>・管理用ユーザー： admin@pitagora-galaxy.org (password: galaxy) </li>
            <li>・通常のユーザー： test@pitagora-galaxy.org (password: galaxy)</li>
        </ul>
        <br/>

FTP 設定（VSFTPDを使う方法〜採用）

sudo wget http://ftp-srv2.kddilabs.jp/Linux/distributions/fedora/epel/6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm sudo rpm -ivh epel-release-6-8.noarch.rpm sudo yum -y install pam_mysql

$ sudo vi /etc/vsftpd/vsftpd.conf guest_enable=YES guest_username=galaxy local_root=/home/galaxy/galaxy-dist/database/ftp/$USER user_sub_token=$USER virtual_use_local_privs=YES     # galaxyユーザーとしての書き込み権限 chroot_local_user=YES            # ルートディレクトリをユーザーのホームに設定

sudo /etc/init.d/vsftpd restart sudo chkconfig vsftpd on sudo chkconfig --list vsftpd

#%PAM-1.0 auth required pam_mysql.so user=galaxy passwd=galaxy host=localhost db=galaxy table=galaxy_user usercolumn=email passwdcolumn=password crypt=4 account required pam_mysql.so user=galaxy passwd=galaxy host=localhost db=galaxy table=galaxy_user usercolumn=email passwdcolumn=password crypt=4

ftp_upload_dir = /home/galaxy/galaxy-dist/database/ftp ftp_upload_site = 192.168.56.10

[app:main] use_pbkdf2 = False

これを設定した後に作成されたユーザーのパスワードに適用される

cd ~/galaxy-dist rm database mkdir database sudo mount --bind /disk/database /home/galaxy/galaxy-dist/database

sudo vi /etc/fstab /disk/database /home/galaxy/galaxy-dist/database none bind 0 0

sudo -u galaxy mkdir -p /home/galaxy/galaxy-dist/database/ftp/

FTP 設定（ProFTPDを使う方法〜不採用）

sudo wget http://ftp-srv2.kddilabs.jp/Linux/distributions/fedora/epel/6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm
sudo rpm -ivh epel-release-6-8.noarch.rpm
sudo yum --enablerepo=epel -y install proftpd proftpd-mysql
sudo yum -y install mysql-devel

ftp_upload_dir = /home/galaxy/galaxy-dist/database/ftp ftp_upload_site = 192.168.56.10

[app:main] use_pbkdf2 = False

これを設定した後に作成されたユーザーのパスワードに適用される

rm database mount --bind /disk/database /home/galaxy/galaxy-dist/database

# Common SQL authentication options
SQLEngine                       on
SQLPasswordEngine               on
SQLBackend                      mysql
SQLConnectInfo                  galaxy@localhost:3306 galaxy galaxy
SQLAuthenticate                 users

# Set up mod_sql/mod_sql_password - Galaxy passwords are stored as hex-encoded SHA1
SQLAuthTypes                    SHA1
SQLPasswordEncoding             hex

# An empty directory in case chroot fails
SQLDefaultHomedir               /var/opt/local/proftpd

# Define a custom query for lookup that returns a passwd-like entry. Replace 512s with the UID and GID of the user running the Galaxy server
SQLUserInfo                     custom:/LookupGalaxyUser
SQLNamedQuery                   LookupGalaxyUser SELECT "email,password,500,500,'/home/galaxy/galaxy-dist/database/ftp/%U','/bin/bash' FROM galaxy_user WHERE email='%U'"

sudo service proftpd restart

起動は問題なしだが、接続できなかった！

Command:   USER test2@pitagora-galaxy.org Response:      331 Password required for test2@pitagora-galaxy.org Command:   PASS ****** Response:      530 Login incorrect. Error:             Critical error: Could not connect to server

Pitagora 0.2.3

Galaxy のアップデート

$ cd ~/galaxy-dist $ ./run.sh --stop $ rm database $ mv database_bak database

$ hg pull $ hg update --clean $ hg update latest_2015.01.13 $ ./run.sh

$ rm -rf /disk/database/* $ cp -r database/* /disk/database $ mv database database_bak $ ln -s /disk/database

$ ./run.sh --daemon

Git レポジトリ install-0.2.3 をクローン

$ git clone https://github.com/pitagora-galaxy/install-0.2.3.git

Tool Shed レポジトリのインストール

$ sh ~/install-0.2.3/scripts/install-tools.sh

Tool Shed レポジトリの手動インストール

リファレンス・データのパスを設定

$ cp ~/install-0.2.3/config/tool_data_table_conf.xml ~/galaxy-dist/config/ $ cp ~/install-0.2.3/tool-data/*.loc ~/galaxy-dist/tool-data/

ワークフローの追加

Pitagora 0.2.2

ACPI のインストール

ACPI シャットダウンを可能にする

$ sudo yum install acpid $ sudo service acpid start $ sudo chkconfig acpid on

Tool Shed レポジトリのインストール

$ sh ~/install-0.2.2/scripts/install-tools.sh

リファレンス・データのパスを設定

$ cp ~/install-0.2.2/config/tool_data_table_conf.xml ~/galaxy-dist/config/ $ cp ~/install-0.2.2/tool-data/*.loc ~/galaxy-dist/tool-data/

ワークフローの追加

Pitagora 0.2.1

OS インストール

# set | grep LANG
LANG=ja_JP.UTF-8
# vi /etc/profile
export LANG=en_US.UTF-8
# source /etc/profile
# set | grep LANG
LANG=en_US.UTF-8

ネットワーク設定

DEVICE=eth1
TYPE=Ethernet
ONBOOT=yes
NM_CONTROLLED=no
BOOTPROTO=dhcp

DEVICE=eth0
TYPE=Ethernet
ONBOOT=yes
NM_CONTROLLED=no
BOOTPROTO=none
IPADDR=192.168.56.10
NETMASK=255.255.255.0
GATEWAY=192.168.56.1

# vi /etc/rc.d/rc.local echo > /etc/resolv.conf ifdown eth0 ifup eth0

galaxy ユーザー作成

# useradd galaxy # passwd galaxy (galaxy)

$ su -
# visudo
%wheel  ALL=(ALL)       ALL
%wheel  ALL=(ALL)       NOPASSWD: ALL
# usermod -G wheel galaxy

SELinux 無効化

$ sudo  vi /etc/selinux/config
SELINUX=disabled
$ sudo reboot
$ getenforce
Disabled

Firewall 停止

$ sudo chkconfig iptables off
$ sudo chkconfig ip6tables off
$ sudo chkconfig --list
$ sudo reboot

パッケージ追加

$ sudo yum install -y \    vim wget gcc sqlite-devel zlib-devel bzip2-devel openssl-devel git vsftpd mysql-server \    php php-mbstring php-mysql java gcc-c++ gcc-gfortran

Galaxy 用の Python インストール

# exit
$ mkdir galaxy-python
$ cd galaxy-python
$ wget http://www.python.org/ftp/python/2.7.9/Python-2.7.9.tgz
$ mkdir install
$ tar xvzf Python-2.7.9.tgz
$ cd Python-2.7.9
$ ./configure --prefix=/home/galaxy/galaxy-python/install
$ make
$ make install

$ which python
/usr/bin/python
$ cd
$ .bash_profile
export PATH=$HOME/galaxy-python/install/bin:$PATH
export PYTHONPATH=$HOME/galaxy-python/install/lib/python2.7/site-packages
$ source .bash_profile
$ which python
~/galaxy-python/install/bin/python
$ python --version
Python 2.7.9

$ cd ~/galaxy-python
$ wget "https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py"
$ python get-pip.py

Galaxy のインストール

$ pip install mercurial

$ cd ~ $ hg clone https://bitbucket.org/galaxy/galaxy-dist/

$ cd galaxy-dist $ ./run.sh

$ tail -f paster.log    ..    .. serving on 0.0.0.0:8080 view at http://127.0.0.1:8080

$ cd ~ $ git clone https://github.com/pitagora-galaxy/install.git

$ cp ~/install/galaxy.ini ~/galaxy-dist/config/

（元々の方法）

$ cd ~/galaxy-dist/config $ cp galaxy.ini.sample galaxy.ini $ vi galaxy.ini host = 0.0.0.0 admin_users = admin@pitagora-galaxy.org tool_dependency_dir = ../tool_dependency allow_user_dataset_purge = True

$ sudo cp ~/install/galaxy-init.sh /etc/init.d/galaxy $ sudo chmod 755 /etc/init.d/galaxy

各サービスの起動と初期設定

$ sudo service httpd start $ sudo service mysqld start $ sudo service galaxy start

$ sudo chkconfig galaxy on $ sudo chkconfig httpd on $ sudo chkconfig mysqld on $ sudo chkconfig --list galaxy     0:off   1:off   2:on    3:on    4:on    5:on    6:off httpd      0:off   1:off   2:on    3:on    4:on    5:on    6:off mysqld 0:off   1:off   2:on    3:on    4:on    5:on    6:off

MySQL の初期設定

$ sudo mysql
mysql> SET PASSWORD FOR root@localhost=PASSWORD('galaxy');
              Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
mysql> exit

# mysql -u root ERROR 1045 (28000): Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: NO)

# mysql -u root -p Enter password: ... Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the current input statement. mysql>

phpMyAdmin のインストール

$ sudo chown galaxy:galaxy /var/www/html $ cd /var/www/html/ $ wget http://... $ tar xvzf phpMyAdmin-4.0.10.8-all-languages.tar.gz $ mv phpMyAdmin-4.0.10.8-all-languages phpmyadmin $ mkdir phpmyadmin/config $ chmod 777 phpmyadmin/config

$ mv phpmyadmin/config/config.inc.php phpmyadmin/config.inc.php $ rmdir phpmyadmin/config

Galaxy のデータベースを MySQL に変更

$ mysql -u root -pgalaxy mysql> CREATE DATABASE galaxy DEFAULT CHARACTER SET utf8; mysql> CREATE USER 'galaxy'@'localhost' IDENTIFIED BY 'galaxy'; mysql> GRANT ALL ON galaxy.* TO 'galaxy'@'localhost';

$ mysql -u galaxy -pgalaxy -D galaxy

$ vi ~/galaxy-dist/config/galaxy.ini #database_connection = sqlite:///./database/universe.sqlite?isolation_level=IMMEDIATE database_connection = mysql://galaxy:galaxy@localhost:3306/galaxy?unix_socket=/var/lib/mysql/mysql.sock

#database_engine_option_pool_recycle = -1 database_engine_option_pool_recycle = 7200

$ ~/galaxy-restart.sh

タイトルとアイコンの変更

$ vi ~/galaxy-dist/static/scripts/galaxy.masthead.js ' Pitagora-Galaxy ' + brand_text + '' +

$ vi ~/galaxy-dist/templates/webapps/galaxy/base_panels.mako <%def name=“title()”>Pitagora-Galaxy</%def>

$ cd ~/galaxy-dist/static $ rm favicon.ico $ wget http://download.pitagora-galaxy.org/data/resource/favicon.ico

$ cd ~/galaxy-dist/static/images $ rm galaxyIcon_noText.png $ wget http://download.pitagora-galaxy.org/data/resource/galaxyIcon_noText.png

ディスク追加

$ sudo mkfs -t ext4 /dev/sdb $ sudo mkfs -t ext4 /dev/sdc $ sudo mkdir -p /disk/reference $ sudo mkdir -p /disk/database $ sudo vi /etc/fstab /dev/sdb /disk/reference ext4 defaults 0 0 /dev/sdc /disk/database  ext4 defaults 0 0 $ sudo mount -a $ sudo chown galaxy:galaxy /disk/reference $ sudo chown galaxy:galaxy /disk/database

$ cd ~/galaxy-dist $ cp -r database/* /disk/database $ mv database database_bak $ ln -s /disk/database

Tool Shed レポジトリのインストール

$ sh ~/install/install-tools.sh

リファレンス・データのパスを設定

$ cp ~/install/config/tool_data_table_conf.xml ~/galaxy-dist/config/ $ cp ~/install/tool-data/*.loc ~/galaxy-dist/tool-data/

filebrowser本体のインストール

$ cd /var/www/html
$ git clone https://github.com/pitagora-galaxy/filebrowser
$ cd filebrowser
$ mysql -u root -pgalaxy
mysql> source sql/setup.sql
mysql> source sql/sample.sql
mysql> GRANT ALL ON filebrowser_03.* TO 'galaxy'@'localhost';
mysql> exit