主旨
- ツールやワークフローを持ち寄って、次のバージョンのImageに加える (図)
- 実際には、加えるための手順を作って、Imageの管理者と共有する
- 同時に、Wikiに加えるツールやワークフローの説明を記載する
- プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
- 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
- Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する
Skype接続
:* SkypeID:pitagora-network
:* 最新バージョンの使用を推奨
スケジュール
- 日時: 2015年01月08日(木)
- 場所: 先端研4号館4階セミナールーム
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10:00-10:15 |
主旨のリマインド + 今日の作業確認 |
10:15-10:30 |
ピタゴラギャラクシー(0.1.6)の更新報告 |
10:30-17:00 |
ピタゴラ装置の開発 |
17:30-18:00 |
クラウド利用に関するディスカッション (参加希望者のみ) |
18:00-18:30 |
今日のまとめ + 次回の日程調整 (スカイプ参加可) |
18:30-22:00 |
さらなる開発 + ピザ |
内容
- 遺伝研のアセンブルワークフローをピタゴラに載せる
- Trinity2BlastP 等、確認のみ
- 次回までにChIP-seqワークフローを確認(大田さん)
- HLAはまだ。OpenIDのツール?
- NIAS のマーカー周りのツール、伊藤さん?(要確認)
- DBCLSのGalaxyツールの移植(大田さん)→ 今日は手付かず
- GitHubにピタゴラGalaxyのWorkflowのJSONファイルを置く場所を作った(大田さん)
- PythonからGalaxy APIで新規ユーザーを作成(石井さん) → 完了
- Sailfishツールを使ったワークフロー作成(芳村さん) → 完了
- SailfishのGalaxyツールを作る?(RNA-seqの発現定量ツール)
- このワークフローは公開できる?
- VMWare Fusionで動かす手順作成(池田さん) → 完了
- ストレージ:SATAからSCSIに変更が必要(VMを変更すべき)
- ネットワーク:Host Only Adaptor のIP構成とNICの順序(簡単)
- IPが変わってしまうと動かないツール(File Browser)がある(要修正ー山中)
参加者
- 山中(先端研)
- 大田(DBCLS)
- 加藤(理研IMS)
- 芳村さん(理研BiT)
- 石井さん(理研BiT)
- 池田さん
- 長崎さん(遺伝研)wrap-upのみ
- 内田さん