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主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って、次のバージョンのImageに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、Imageの管理者と共有する
   • 同時に、Wikiに加えるツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

Skype接続

:* SkypeID：pitagora-network

:* 最新バージョンの使用を推奨

スケジュール

• 日時： 2015年02月09日（月）
• 場所： 先端研4号館4階セミナールーム(10:00-16:00) ＆ ユーティリティー室(16:00-22:00)

10:00-10:15	主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-10:30	ピタゴラギャラクシー（0.1.6）の更新報告
10:30-18:00	ピタゴラ装置の開発
18:00-18:30	今日のまとめ + 次回の日程調整　（スカイプ参加可）
18:30-22:00	さらなる開発 + ピザ

内容

• Workshop
  • 他にどなたに講演頂けるか？　長崎さん？　ナベさん？
  • どなたに参加頂けるか？　NIAS？　お誘い合わせください m(- -)m
  • 統合TVに撮ってもらうことになったので、OKかNGか決めておいてください

• 参考
  • http://bit.ly/gxypagxxiiislides

• Variant Calling ワークフローの内容調整（池田さん、新海さん、山中）
  • GATKのライセンス調査、バージョンによって異なる？
    • おそらく 1.x 系は再配布してOKか。本家は 1.4 を tool dependency で再配布している
    • 3.x 系はXMLのみ配布して、本体は再配布しないでユーザーがインストールすればよい
    • コマンドラインで？インストールツールを作る？
    • Local ToolShed で配布する？Local ToolShed の起動試験（池田)
    • GATK は Java なので展開するだけではある、ref_download ツール同様に作ってみるか
  • Variant Calling ツールの動作確認中（新海さん）

• はじめての方向け ピタゴラミートアップのガイドラインを書きました (大田)
  • http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Events

• Pitagora-VMにFANTOM5 CAGE-Analysisのワークフローを入れようとしています (大田)
  • delveというmappingソフトがないのでツールを作らないといけないっぽい。
    • dockerでやれないか？ => centosのバージョン (6.5) が古くてdockerが入らなかった
      • 6.6以上でないとだめ https://docs.docker.com/installation/centos/
      • 次のPitagoraのバージョンは 6.6 (6.xの最終) にしましょう！
  • 地道にやります

• VMWare Fusionで動かす手順作成 修正（池田)
  • 手順は次の通りです。 [](/File:Pitagora_Galaxy_0.1.6_on_VmwareFusion.pdf "wikilink")
    • Network の追加
    • eth3の設定ファイルをVirtual Machineに追加して外部のネットワークを参照可能とする。(ToolShed等の利用のため)

• 3月5日勉強会でピタゴラ使う（大田）
  • 資料アップしてください！
  • Windows も試しておく（大田、山中）

• データをホストしてくれませんか？（山中）
  • DBCLS？遺伝研？情報研？訊いてみてください（大田）
  • Public Server の運用をどうするか、現在はテスト用の Crush & Build 環境（山中）
  • できれば、Public Serverも運用してもらいたい
    • 情報研の人に来ていただきましょう！（大田）

• バージョン 0.1.7 を公開しました（山中）
  • ツールのバージョンアップ （filebrowserなど動かなかったものもあったので）
  • SATA >> SCSI

• 2GB以上のデータの場合はHTTPでなくFTPでアップロードする必要がある、どうやったら簡単になるか（山中）
  • これがあります（内田さんありがとうございます） https://wiki.galaxyproject.org/FTPUpload

• Revision と Version のヒモ付（石井）
  • ワークフローの中には Version が書いてある。ユーザーはこれを見るだろう
  • しかし、API (bioblend) では Version ではなく Revision でしかツールを取ってこれない
  • そこで、Version から Revision を取ってくる Python スクリプトを作成
  • Revision レベルで Reproducibility が必要なのでは？
  • なぜ、Version (ユーザー側) と Revision (管理者側) がヒモ付できないか設計思想を確認したい

参加者

• 山中（先端研）
• 大田（DBCLS）
• 加藤（理研IMS）
• 石井さん（理研BiT）
• 新海さん（産総研）
• 仲木さん（先端研）
• 池田さん（Percipere）
• 内田さん