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主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って、次のバージョンのImageに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、Imageの管理者と共有する
   • 同時に、Wikiに加えるツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2015年03月10日（火）
• 場所： 先端研4号館4階セミナールーム
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンの使用を推奨）

10:00-10:15	主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-10:30	ピタゴラギャラクシー（0.2.1）の更新報告
10:30-18:00	ピタゴラ装置の開発
18:00-18:30	今日のまとめ + 次回の日程調整　（Skype 参加可）
18:30-22:00	さらなる開発 + ピザ

内容

前回振り返り

• Meetup Mini 2015-02

山中

• 芳村さんにお願い - Admin_RNA-seq_02に記載の通り。
• 講堂のキャパを確認（定員を決めておく必要があるか）
  • 定員100名、ハンズオンは何名までいけるか（電源タップ・Wifi）
• fastq-dump ツール & dependency package の作成（w/ 大田さん）
  • sra_toolkit の wrapper は使えるものがある。
  • dependency_package がないので、作って、wrapper 作成者に連絡する（山中）
• Tool Shed からインストールするとエラーが出るワークフロー（RNA-seq 01 v002）
  • ファイルから Import Workflow することにする
• Version 0.2.1 を作成した。これからテストする。
  • http://download.pitagora-galaxy.org/data/release/Pitagora-Galaxy-0.2.1.ova

大田

• アスケード那須野さんから情報研での Galaxy on Virtual Cloud Provider についての進捗を聞く
  • FANTOM5 のワークフローを構築中
  • 問題点
    • 分散実行について、ツール内部で分散する vs 大量のサンプルを捌くためジョブを並列実行する
      • ニーズ的には後者。トータルで実行が早くなるよう組み合わせる必要有り
    • GPGPUやOpenMPなどのハードに依存するツールについてどうするか？
      • 今のところ優先度は低い
• ワークショップ告知用のメール文面が完成
  • 現場の会，bioinformatics-jpに、これから送ります
• NCBI SRA Toolkitをピタゴラにインストールしてみる
  • そのものずばりのパッケージがある
    • https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repository/preview_tools_in_changeset?repository_id=8282e20cd374b88f&changeset_revision=16f96ab0196b
  • dependencies の sra_toolkit というツールがそもそも存在しないぽい
  • 自前でsra toolkitを入れたら動いた
    • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
  • SRA toolkitのバイナリをインストールするだけのGalaxyツールを作る (やまなか・おおた)
• SRAの検索システムをGalaxyに埋め込む
  • Local File Browserと同じ仕組みでSRAのファイルをインポート
  • galaxyからツール起動時にpost -> サーバ側でgalaxyのURLを受け取る -> I/F上でボタンクリック等でURLに向けてpostを返す
  • 実装中

池田

• GATK登録ツールの作成
  • ユーザーがそれぞれに入手したGATKをPitagora Galaxyにアップロードする機能の提供
    • 問題発生 バイナリファイルのハンドリングに障害
    • bz2 が自動展開された後、0x0d,0x0a => 0x0d に自動変換されているため…
    • 対応策検討中
    • 暫定的に \*.tar.bz2 形式のファイルをuuencodeしてアップロード => Pitagora-galaxyでuudecodeとする

加藤

• ワークショップページの更新
  • http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Galaxy_Workshop_Tokyo_2015
  • https://wiki.galaxyproject.org/Events/Tokyo2015

• ワークフロー図
  • 池田さん、新海さん、中岡さんに情報提供依頼
    • 新海さんから今日いただいた情報を元に次回までに作成予定
    • 中岡さんと3/12に打ち合わせして作成予定
  • 芳村さんにページの更新依頼

新海

• 発表対象になるワークフローと次回に向けてやっておくことの確認

参加者

• 山中（先端研）
• 大田（DBCLS）
• 加藤（理研IMS）
• 新海さん（産総研）
• 池田さん（Percipere）
• 内田さん
• 那須野さん
• 長崎さん（遺伝研） *Skype
• 石井さん（理研ACCC） *Skype
• 芳村さん（理研ACCC） *Skype
• 癸生川さん（Illumina） *Skype