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主旨
ツールやワークフローを持ち寄って、次のバージョンのImageに加える
(図)
実際には、加えるための手順を作って、Imageの管理者と共有する
同時に、Wikiに加えるツールやワークフローの説明を記載する
プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する
スケジュール
日時: 2015年04月09日(木)
場所: 先端研4号館4階セミナールーム
Skype ID:pitagora-network(
最新バージョンのSkype
の使用を推奨)
10:00-10:15
主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-10:30
ピ
タゴラギャラクシーの更新報告
10:30-18:00
ピ
タゴラ装置の開発
18:00-18:30
今日のまとめ + 次回の日程調整
(Skype 参加可)
18:30-22:00
さらなる開発 +
ピ
ザ
内容
前回振り返り
Meetup Mini 2015-03
山中
Pitagora VM 0.2.2 のリリース
Variant Calling 01 用のツールのインストール(
ここにある通り
、まずは picard, snpsift そして GATK)
ChIP-seq のため、Sicer インストール、変換フロー作成
データ移行どうする問題 > 理研クラウドでもこれは当面サポートしない
ヒストリーのインポート・エクスポート方法を今後、検討・共有したい
Tool Shed の古い Revision を削除する方法を調べたい
講堂のネットワーク確認(Gbitスイッチングハブ必要、ネットワーク確認依頼中)
大田
ピタゴラを情報研のクラウド基盤の上で動かすのはどうか?という話をしてきました
ユーザが確実に見込めるしホットな分野だよねとのコメント
クラウドの上でピが動く、以上のチャレンジングな要素がほしい
アイディア募集します
ワークショップでの発表をどうするか
SRAからデータを探す -> .sraをDLする -> Galaxyにimportする -> SRA toolkit で fastq-dump する
ここまでいけば完璧だけど sra.dbcls.jp/search をgalaxyに移植するのは時間的に厳しそう?
案1 諦めてimportとdumpだけにする
案2 fakeのツールをつくっておいてfull featuredはcoming soonにする
案3 寿命を削って実装する
作りかけのサーバサイド/elasticsearchを完成させる (3日くらい?)
SRAのメタデータをストアしてRESTful APIでファイルパスを返す的
galaxyの方のUIを書く
Galaxy Community Conference で発表したい
abstract締め切りが口頭発表は明日、ポスターは5/1
加藤
芳村さんのワークフローの動作確認(時間測定)
芳村さんのワークフロー図修正
http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Workflow_RNA-seq_02
Chip-seq02のワークフロー図作成
http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Workflow_ChIP-seq_02
ワークショップ登録完了案内
食堂案内ページ
作成 -> ページ作成後に案内メールに記載して送る
芳村さん
VM 0.2.2 で動作確認、Wiki確認、今後スライド作成(山中代筆)
池田さん
Version 0.2.1のovaを利用してVMware Fusionへのインポート(失敗)
GATK 3.3を利用したtoolのバグ対応
当面はhg19を利用した設定に固定とする
新海さん
山中さんと今後の方針について打ち合わせ
業者版については設定ファイル等に修正を加えた結果、現状、一部ツールでgalaxy上での動作を確認
那須野さん
NII横山教授のプロジェクトで、FANTOM5パイプライン(基礎解析部分のみ)の再現環境構築に取り組んでいる。
ひとまず、GalaxyとMesos/Auroraを接続して動かせるレベルになったので、デモを見ていただく。
現状の課題や今後の展開などに関してPitagora-Galaxyプロジェクトとの間で情報共有しておきたい。
内田さん
-
仲木さん
-
長崎さん
私生活がグチャグチャだったのでアレですが、ワークフロー用図準備中です。ちょっとお時間ください。
参加者
山中(先端研)
大田(DBCLS)
加藤(理研IMS)
芳村さん(理研ACCC)
新海さん(産総研)
那須野さん
池田さん
内田さん
長崎さん(遺伝研)*Skype