主旨
- ツールやワークフローを持ち寄って、次のバージョンのImageに加える （図）
- 実際には、加えるための手順を作って、Imageの管理者と共有する
- 同時に、Wikiに加えるツールやワークフローの説明を記載する
- プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
- 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
- Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する
スケジュール
- 日時： 2015年06月19日（金）注意：日時が変更になりました！（6月1日記載）
- 場所： 先端研4号館4階ユーティリティルーム＆セミナールーム
- Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）
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| 10:00-10:15 |
主旨のリマインド + 今日の作業確認 |
| 10:15-10:30 |
ピタゴラギャラクシーの更新報告 |
| 10:30-18:00 |
ピタゴラ装置の開発 |
| 18:00-18:30 |
今日のまとめ + 次回の日程調整 （Skype 参加可） |
| 18:30-22:00 |
ビール |
内容
全員
PITAGORA: Portable and Interactive Technology Alliance for Galaxy-based Open-source Reproducible Agent
山中
- GCC の発表資料を皆様にレビュー頂く
- ワークフローのテスト方法（＝異なる環境におけるベンチマーク方法）をまとめる
- FTP 設定（早く対応したいけど、わりと面倒な気がする）
大田
- 7月の会のポスターの材料作ってます
- 会
- NGS現場の会
- Galaxy Community Conference (Norwich, UK)
- ISMB/ECCB 2015 (Dublin, Ireland)
- 現状
那須野
- NIIのクラウド基盤上に構築中の Galaxy on Aurora/Mesos 環境の利用方法などを説明させていただきました。
- DockerコンテナとしてPitagora-Galaxyを構築してみたものの、いくつかのツールについてインストールが失敗している状況。
- Overlay Cloudでのゲノム解析環境を今後も検証していくにあたって、一般的なNGS解析ツールにおけるデータのI/Oパターンを大田さん、小澤さんと議論しながら整理。
- 山中さんのFTP設定は vsftpd + pam_mysql で動くことを確認。
小寺
- すみません今日は参加できなくなりました
- 非モデル生物のRNA-seq
中岡
- 柿添くんとシミュレーション作業の議論 (進めた)
- revise 論文のシミュレーションコード修正と論文修正 (進めた)
- RNA-seq 解析ツールに検出力 (statistical power) と limma/voom を用いた解析手法の実装とテスト (進めた)
新海
- 調達版の動作をほぼ確認したのでピタゴラへの移行作業を始める
池田
VMware への対応
Pitagora Galaxy 0.2.2の ova ファイルについては、依然インポート不能。
ovftool を利用してエラーの解析をすすめる
/Applications/VMware\ OVF\ Tool/ovftool --machineOutput --X:logFile=ovftool.log --lax Pitagora_0.2.2.ova test.localized
現状のエラーのタイプ
- Network(Missing child element)
- Unsupported element: Description
- Unsupported element: InstanceId
- Unsupported element: ResourceType
14,39,47,56,65,74,83,92 行でエラーが発生
解析作業を継続
V 0.1.6では、Network, SATAの設定を調整後は下記2種類のエラーのみであった。
- RedHat_64(id: 80) is not supported on the selected host.
- Unsupported hardware family: virtualbox-2.2
小澤
- 初めて参加させて頂きました。
- KVMに対応できないか？vmdkの対応が必要
- pitagoraとはなにか聞く
- その他
長崎
- HLAツールをtool shed移植始めてますが、孤軍奮闘中です。
