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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wikiに新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

   
10:00-10:15 主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-10:30 コミュニティ仮想マシンの更新報告
10:30-18:00 タゴラ装置の開発
18:00-18:30 今日のまとめ + 次回の日程調整 (Skype 参加可)
18:30-20:30 有識者会議

内容

山中

$ python ~/galaxy-dist/scripts/api/install_tool_shed_repositories.py -a 126a89c98a5d1a2c234edf2651024a03 -l http://localhost:8080 \    -u https://toolshed.g2.bx.psu.edu/ -n cufflinks -o devteam -r 5346d5eea8b1 --panel-section-name RNA-seq --repository-deps --tool-deps Response -------- /api/tool_shed_repositories/36ddb788a0f14eb3  name: cufflinks  status: Installed  tool_shed_status: {u'latest_installable_revision': u'True', u'revision_update': u'False', u'revision_upgrade': u'False', u'repository_deprecated': u'False'}  deleted: False  ctx_rev: 8  error_message:  dist_to_shed: False  tool_shed: toolshed.g2.bx.psu.edu  installed_changeset_revision: 64698e16f4a6  uninstalled: False  owner: devteam  changeset_revision: 64698e16f4a6  id: 36ddb788a0f14eb3  includes_datatypes: False

大田
那須野
鈴木
池田

         [Unit]          Description=Galaxy process          After=mysql.service          [Service]          ExecStart=/home/galaxy/galaxy-dist/run.sh --daemon          ExecStop=/home/galaxy/galaxy-dist/run.sh --stop          Type=simple          User=galaxy          Group=galaxy          [Install]          WantedBy=multi-user.target

$ vi /home/galaxy/galaxy-dist/static/scripts/galaxy.masthead.js このファイルのjavascriptに埋め込まれているタイトルの部分

         <span id="brand"> Galaxy ‘+b+’</span></a>

         <span id="brand"> Pitagora-Galaxy ‘+b+'</span></a>

に変更

         mkfs.xfs /dev/sdb          mkfs.xfs /dev/sdc

/etc/fstabを編集するために、blkidコマンドでUUIDを取得しこの情報を利用して/etc/fstabにディスク設定を追加

         UUID=8e096e27-44d6-4e6e-8eea-da308811c5d2 /disk/reference         xfs     defaults        0 0          UUID=2e79410f-1804-4b03-841e-744e666cf062 /disk/database          xfs     defaults        0 0

新海