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主旨

ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
- 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
- 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
- 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
- Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

日時： 2015年12月25日（金）
場所：慶応湘南藤沢キャンパス「IIJハウス」21. ν(ニュー)棟
アクセス：「湘南台」駅または「辻堂」駅よりバスで「慶応大学本館前」
宿泊： 24日泊はゲストハウスが利用できます（25日は泊まれません）
連絡先：山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp
Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）


10:00-10:15	主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-18:00	ツールの開発
17:30-18:00	今日のまとめ + 次回の日程調整　（Skype 参加可）
18:00-22:00	有識者会議

15:00-16:00 にワークショップのキックオフ・ミーティングを予定しています
16:30-17:30 に Pitagora-Galaxy の紹介のためのセミナーを予定しています

内容

全体

積み残しタスク

山中

Pitagora VM の起動からテストワークフローの実行までのチュートリアルの作成
- （夕方にセミナーの枠を戴いたのでこの機にもう少しちゃんと作成しておきたい） >> Get_Started に作成しました
来春のワークショップの大枠（テーマや講演者、それまでに何を作成するか）の検討
- キックオフ・ミーティングでアイディアを収集。詳細は GWT2016_Plan に記載
RNA-seq (Tophat-Cufflinks) ワークフローの Docker 版の作成
- Tophat に倣って、Cufflinks 他のコンテナを作成、これらをラップする Galaxy ツールを作成する

大田

夕方のセミナーの準備
- https://www.dropbox.com/s/a124xrh61jtun6z/pg_sfc_seminar_20151225.pdf?dl=0
来春のワークショップの大枠を議論
テスト用データのリストアップをしたい
- 各ワークフローを実行する際に手頃なデータ
- サイズ別
- 生物種別
UGEでのDocker実行テスト
- NIGスパコンが準備できたらやる
  - まだ連絡がこない
- GalaxyのバックエンドとしてUGE系のクラスタを据えたときにdockerがスムーズに実行できるのか

那須野

NII Galaxy環境（Mesos/Auroraクラスタ）の移行
- 現在の環境をSINET L2VPNの同一Subnetに接続されたノード群(NII+北大のインタークラウド)に移行する。
コンテナ化されたツールのメトリクス自動収集機構
- ツール実行中のコンテナ内の「プロセス単位」での各種リソース使用状況を記録・分析することにより、ツールの詳細な特性把握ができるようにする。
- この情報に基づいて、分散実行する際の効率的なコンテナ配置・資源割り当てなどをツール毎にモデル化してみる予定。
- TopHat2に関してはpidstat, sysdig を用いて振る舞いを分析してみた。
Pitagora Galaxy ワークフローに含まれるツールのコンテナ化

池田

rnastar の 2-pass対応に向けて調査

鈴木

細菌叢解析ワークフロー MISSISSIPPI, Orione, BioMaS, Huttenhower Lab

Galaxy ツールを作る

Galaxyでデータの暗号化
- Galaxy Development List Archive - secure Galaxy with SSL
- FTP file upload to Galaxy via SFTP? - SEQanswers

新海

まずは前回のやり掛けの作業（pitagora上でのGATKまわりの調整）を把握
細かなバグ取り等の対応