主旨
- ツールやワークフローを持ち寄って、次のバージョンのImageに加える (図)
- 実際には、加えるための手順を作って、Imageの管理者と共有する
- 同時に、Wikiに加えるツールやワークフローの説明を記載する
- プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
- 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
- Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する
スケジュール
- 日時: 2015年03月26日(木)
- 場所: 先端研4号館4階セミナールーム
- Skype ID:pitagora-network(最新バージョンの使用を推奨)
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10:00-10:15 |
主旨のリマインド + 今日の作業確認 |
10:15-10:30 |
ピタゴラギャラクシーの更新報告 |
10:30-18:00 |
ピタゴラ装置の開発 (講堂接続確認:15:00-16:00) |
18:00-18:30 |
今日のまとめ + 次回の日程調整 (Skype 参加可) |
内容
前回振り返り
山中
- Variant Calling(w/ 新海さん)
- ワークフロー化する部分を決定 Admin Variant Calling 01
- これからやること
- いただいた Wrapper を Tool Shed に登録
- GATK を取ってきて、いただいた Wrapper を動作確認
- GATK を取ってくる Dependency Package を作る?
- テストデータを新海さんに用意してもらう
- Sailfish(w/ 芳村さん)
- Sailfish の Dependency をつくった Admin RNA-seq 02
- これからやること
- 芳村さんの Wrapper に Dependency Package を参照させる
- 芳村さんの Wrapper を Tool Shed に登録
- 芳村さんの Workflow を動作確認
- テストデータを芳村さんに用意してもらう
- ChIP-seq(w/ 仲木さん)
- Sicer をインストール、動作未確認、これに従ってやる
- モチーフロゴを表示する JavaScript いつか作れたら嬉しい
中岡
- 前回から現在まで: 公共データから時系列 FASTQ データを取得して Tophat/bowtie2 で bam を作成
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前回から現在まで: bam2readcount |
edgeR |
enrichment / PPI / heatmap / time-course plot visualization のあたりの script を連動させ、実際に Galaxy 上で動くことを確認する作業を行った。 |
- read count ファイル群をアップロードして、zip に固めて処理する方針にしている。その script を除いて、全て完成して動作確認を行った。
- 加藤さんに workflow の作成をして頂いた。
- Galaxy とは少々話がずれるが、理研 IMS で、RNA-seq/ChIP-seq 用 webpage (RefDIC) 開発者である土方さん、当時のラボボスの小原先生に RefDIC 仕様の公開は OK であるという了承をもらったので、芳村さんとお話したときに RIKEN 和光の cloud でもし活用・参考にして頂く分には問題ないということになった。
- 今後やること: workflow の解説を記載、Tool dependencies の記載 (個人用 Evernote に書いているので、基本はその記事を転用する)、パワーポイントプレゼンテーション資料の作成、ToolShed repository を介した software の登録
加藤
- wikiのTopページのダウンロードアイコン変更
- ワークフロー図関連
- レイアウト:幅は800px固定、2段組にして、左にテキスト、右にフロー図(幅400px)で変更していく(作業中)
- メタ情報については、各ワークフロー図作成後に修正して掲載。現段階では削除。
- 長崎さんに情報提供のご依頼
- 芳村さんにページ更新依頼
- 講堂レイアウトの確認(配置図案作成)
- 初期登録者に懇親会の参加確認メール
新海
- 今後の作業内容について情報交換と確認
- まずは調達版galaxyをきちんと動かせるよう調整を続ける
長崎
https://p-galaxy.ddbj.nig.ac.jp/workflow/list_published のHLA2 Workflow (alpha)
途中終了のバグとれてるかチェック中。
テスト用データ場所>> https://sites.google.com/a/g.nig.ac.jp/p-galaxy-help/home/howto/hosomichi-hla-analysis-tools#TOC-K-0328_S66_L001_R1_001.fastq-forward-and-K-0328_S66_L001_R2_001.fastq-reverse-
参加者
- 山中(先端研)
- 加藤(理研IMS)
- 新海さん(産総研)
- 中岡さん(理研IMS)
- 長崎さん(遺伝研)
- 仲木さん(先端研)