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主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って、次のバージョンのImageに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、Imageの管理者と共有する
   • 同時に、Wikiに加えるツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2015年04月23日（木）
• 場所： 先端研4号館4階セミナールーム
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンの使用を推奨）

10:00-10:15	主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-10:30	ピタゴラギャラクシーの更新報告
10:30-18:00	ピタゴラ装置の開発 （講堂接続確認：15:00-16:00）
18:00-18:30	今日のまとめ + 次回の日程調整　（Skype 参加可）

内容

前回振り返り

• Meetup 2015-04

山中

• VM 0.2.3 をリリースしました
• 会場の無線LANの設置作業

大田

• ワークショップでのトーク「データ取得ワークフロー by 大田」は「FANTOM5ワークフロー by 那須野さん」になりました
  • 内容について打ち合わせをしました。
  • wikiにワークフローの情報を載せました http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Workflow_CAGE_01

• ハンズオンについて
  • まず概要を説明する
    • 作ってる人たち
    • できること
    • どのように動いているか
  • デモを動かしてもらう
    • AWSのインスタンスを予めいくつか立てておいてそのURLにアクセスしてもらう
      • ユーザ登録をしてもらう
      • サンプルデータを読み込んでもらう
      • ワークフローを流してもらう
  • インストールをしてもらう
    • Virtualboxのインストール
    • ピタゴラのインストール
    • 起動してみる

• ワークショップの来場者アンケートつくってます
  • 聞いてみたいことがあれば教えてください

加藤

• 各ワークフロー図の修正と作成（ChipSeq 03, Valliant Calling02, BS-Seq, Cage）

芳村さん

• 発表スライドを作成
  • チェックをお願いします > オーガナイザーの皆様
  • 二階堂さんにも同時進行でチェックしてもらっております（一度見せているので、だいたいOKなはず）

新海さん

• ワークフローは載せないことになりました
• 発表スライドを作って頂いています！

那須野さん

• FANTOM5ワークフローの発表内容について大田さんと詰めました。私のほうでスライドを作成し、レビューしていただくことになっています。

長崎さん

• HLAツール移植用セット 準備しました。
• Tool Shedで上げられるように今後用意。
• ワークフロー図はもうチョイであげます。すみません。スライド準備し始めます。

斎藤さん

• 宿題で BS-Seq 01 がほとんど完成
• BS-Seq 01のWikiページに説明を追加
• 　BS-Seq 01のワークフロー図の下書きを作成
• AWS での大規模テストに使うデータについて検討。前に自分の論文で使用した Breast cancer と Normal breast の WGBS データを SRX062003, SRX062004 にする予定。サイズはヒトゲノム 30–40X くらい。
• commet　を大規模データへ適用するために必要なオプションを Galaxy の方では有効にしていなかったので、GUI から設定できるように tool を更新する必要がある。

参加者

• 山中（先端研）
• 大田（DBCLS）
• 加藤（理研IMS）
• 芳村さん（理研ACCC）
• 新海さん（産総研）
• 斎藤さん（産総研）
• 那須野さん
• 長崎さん（遺伝研）*Skype
• 鈴木さん