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主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
   • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2016年1月28日（木）
• 場所： 先端研4号館4階セミナールーム
• 連絡先： 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）

10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-18:00	ツールの開発
17:30-18:00	今日のまとめ　（Skype 参加可）
18:00-18:30	GWT2016 第1回 実務者ミーティング　（Skype 参加可）
18:30-20:30	有識者会議

内容

全体

• 積み残しタスク

山中

• 新しい VM の作成開始
  • OS（Cent 6.6 > 7.2）/ Galaxy（最新）/ Docker 有、の VM を使って今後の（コンテナ化された）ツールを載せていきたいため
  • 今後、こちらにまとめます：構築手順_0.3.x
• ツール作成チュートリアル（作成予定）
  • HelloGalaxy ツールの作成、ToolShed への登録、コンテナ化、の一連の手順をまとめる
  • この絵 のシナリオを手順書にする予定
• ソーシャル基盤の導入
  • 掲示板 http://6209.teacup.com/pitagora/bbs （パスワードはお問い合わせください）
  • Skype グループ（参加ご希望の方はお問い合わせください）

大田

• DBCLS Galaxy のツールリスト (数が多いしこれはちょっと現メンテナに相談しなければ…)
  • Get data
    • DBCLS GGGenome
    • SADI Support tools
    • DBCLS TogoWS tools
    • DBCLS text mining tools
    • DBCLS DBsearch tools
    • DBCLS togo search tools using RDF
    • Semantic web tools
  • Send data
    • DBCLS twitter notifier
  • Text manipulation
    • add column tools
    • PFam Location
    • PDBJ Location
    • Generate Link
    • Generate RSS
  • Convert formats
    • TogoWS Convert
    • RDF Converter
  • DBCLS
    • Bookmarks
  • EMBOSS
    • (emboss tools)
• テスト用データのリストアップ
  • HumanのRNA-Seqで解析対象とすべきデータ一覧をつくります
• UGE docker のテスト
  • 遺伝研のDBCLSノード (というのがあります) で試そうとしました
    • しかし環境設定ができませんでした
      • UGE 8.3.2であればdocker対応している
        • dockerがインストールされているノードを検知し、dockerがどれくらいリソースを使っているかUGEが把握できる、という意味でdocker対応とのこと
      • しかしDockerのバージョンが1.8以降でなければUGEとの連携はできない
      • Docker 1.8 はRHEL7系でなければ動かない
      • RHEL7系だとLustreがマウントできないので共有ファイルシステムが使えない <-いまここ
    • 詰んだ

新海

• Galaxy の GUI によるテストを作成中（Admin でログインできているかどうかを確認する部分）

新海

• 仕事が立て込んでおり出席できませんでした。すみません。次回までにはもう少し準備した上で参加したいと思っています…。

那須野

• 大田さんにリストアップしていただいたコンテナ化すべきツールについての調査メモを掲示板経由で共有しました。
• コンテナ化の手順/方針を一通り確認済みで、registration が必要な GATK と annovar 以外は特に問題は無さそう。
• Slack Team https://pitagora-galaxy.slack.com を確保しました。