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主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
   • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2016年2月26日（金）
• 場所： 国立情報学研究所（神保町）19F 1904
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）

10:00-10:15	主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-18:00	ツールの開発
18:00-18:30	今日のまとめ + 次回の日程調整　（Skype 参加可）
18:30-20:30	有識者会議

内容

全体

• 積み残しタスク
• Workshop の登録フォームができました！　http://goo.gl/forms/cyFfNqokOQ

山中

• 開発者向けの VM イメージ VM 0.3.1 Beta を作成
• ツールのコンテナ化 を図にしてみました
• 横山先生に Workshop お願い

大田

• MiGAP/MeGAP with 服部さん, 小笠原さん
  • それぞれのappのコンテナ化は完了している
  • BlastのDBについて
    • 既存のMiGAPではlocalblastを使っている
    • サイズがでかい (数百GB) ので，Web API を使う方向を検討すべし
  • MeGAPからピタゴラVM上でGalaxyツール化 (服部さん)

• DNApod with 望月さん
  • perl をベースコンテナに 自作perlスクリプトを動かすところを試す (望月さん)

• 遺伝研ツール群のGalaxyツール化
  • 15時からミーティング
    • 前回のまとめ
      • 遺伝研Galaxyで動いていた4つのワークフローをピタゴラVMに移植する
      • 正確には Galaxy でいうところの “ワークフロー” ではなく、ワークフローとして繋ぐことのできるツール群
      • 並木さんにお願いする開発方針
        • ピタゴラVM上にワークフローに必要な実行ファイルをインストール
        • Galaxyツール化に必要なラッパーXMLを書く
        • ラッパーXMLをtoolshedに登録する
    • 本日共有すべきこと
      • 現在の進捗(並木さん)
      • 課題と優先順位
      • 最終的な納品形態
        • ピタゴラVMを遺伝研から配布する
          • 4つのワークフローが全て実行できる状態
            • 実行ファイルはVMにインストール済み
            • ラッパーXMLはtoolshedに登録済み

• DBCLS Galaxy tool を移植する案件についてツール調査中

那須野

• Tool Shed リポジトリに、 http://hub.docker.com/u/nasuno に登録済みの Galaxy Tool コンテナを登録してみた。
  • NII Galaxyクラスタの Apache Aurora Job Runner で動作する版
  • => https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu/repos/nasuno/tophat2_aurora
• GalaxyサーバのDockerコンテナを提供する際の初期化手段について、石井さんの取り組みを聞いた。
  • adminユーザの登録、Pitagoraツールの追加などインストール後にすぐ使えるようになるまでの設定手順の自動化など

• • BioBlendなどで公式のAPIでやる→できないこともある
  • 直接DBさわる→簡単だがスマートでない
  • Seleniumなどで画面操作を再現する
  • などなど。。

• 石井さんに教えていただいたこれは参考になりそう。
  • https://github.com/BioDevOps/basicsetup/tree/environmentvalue-feature/files/default

小寺

• 前回参加は11月でした。http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Meetup_2015-11
• 思い出すためのメモ http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/KotMemo
• 「試してみよう ツールのコンテナ化」を参考に進めてみた。
  • 「$ sudo docker build -t ryotas/hellogalaxy hellogalaxy」をVM上でやるということを理解してなかったので、MacOSX上でやろうとして失敗した。
  • ブラウザで http://192.168.56.10:8080/ を確認。
  • ssh -l galaxy 192.168.56.10 を試みるも WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! というエラー
  • ~/.ssh/known_hosts から 192.168.56.10 の行を消して解決。
  • $ sudo docker push ryotas/hellodocker が実行できずに詰まる
• 天丼
• 「はじめよう ツール開発」のほうをやる。
  • 「Tool Shed にツールを登録する」の手前までやった。
• 「試してみよう ツールのコンテナ化」に戻る。
  • 「Tool Shed へ Docker 版のツールを登録」の手前までやった。
• ４月のワークショップの発表内容をぼんやり考え

中岡

• Microarray transcriptome 解析パイプライン (ほぼ構築済み) を Galaxy に実装する作業。Ilumina BeadChip (Human および Mouse の主要プラットフォームのみ対応予定) の normalization が未実装なので、本日作成予定。RNA-seq transcriptome 解析パイプラインと統合する。
  • Illumina BeadChip の NCBI 登録 (non-normalized.txt) を normalization する課題に取り組んだ。package “limma” の関数 read.ilmn() がエラーで動かないままだったので、マニュアルで non-normalized expression data を読み込み、package Biobase の ExpressionSet() を用いて ExpressionSet class に変換しなければならないことがわかった。Illumina BeadChip の公共データなど含めたデータは全て、normalized data したものを使う方がいい。
• Docker 経由で R と R Bioconductor package も含めてツールをインストールできるようにしたいが、完全についていけていない。まずは理解できるよう頑張る。
  • 全くできなかった。ピンチ。

服部

• PitagoraGalaxyにMiGAPとMeGAPをツール登録する予定だったが、小笠原研の奥田さんがDocker in Dockerを使ってGalaxyコンテナを立ててMiGAP前半のツール群の導入およびワークフローを作るところまでやってくださったので、非常に助かりました。
• 今後はMiGAPの残り部分の作成と、MeGAPのgalaxy追加を行う予定。

• BioconductorのDockerコンテナがあるみたいですね＞中岡さん
  • https://www.bioconductor.org/help/docker/