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主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
   • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2016年3月24日（木）
• 場所： 国立情報学研究所（神保町）19F 1901
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）

10:00-10:15	主旨のリマインド + 今日の作業確認
10:15-18:00	ツールの開発
18:00-18:30	今日のまとめ + 次回の日程調整　（Skype 参加可）
18:30-20:30	有識者会議

内容

全体

• 積み残しタスク

山中

• VM 0.3.1 Beta2 の作成
  • VM 0.3.1 Beta は samtools がないので BAM がアップできない問題がある。完成次第、開発している皆様に配布予定
  • 手順はこのページのここ以降： 手順
  • 情報研のネットワーク環境ではツールまとめの作業が難しい（今後注意したい）
• ツールまとめ作業開始
  • Docker 化が必要なもの／そうでないものをまとめて、完成したものから追加していく：こちら
• Cufflinks の Docker バージョン XML 作成
  • Docker イメージは那須野さんのもの

大田

• 那須野さんにtophatベンチマーク用のデータ渡したりとか
  • Illumina bodymap
    • http://sra.dbcls.jp/search/view/ERP000546
  • length=100bp以上のやつ
    • http://sra.dbcls.jp/search/view/SRP007461
    • http://sra.dbcls.jp/search/view/SRP011042
• DBCLS Galaxy 移行準備
  • ツールリスト
    • http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/DBCLS_Galaxy
• TogoTV Pitagora-Galaxy の使い方上映
  • 上映した
• ワークショップの案内をMLに投げるよ
  • 今から投げます

小寺

• http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/KotMemo
• VM が立ち上がらない。
  • VM中にPitagora-Galaxy-0.2.3 が４つ、Pitagora-Galaxy-0.3.1-Beta が１つ入ってる。そのうちのPitagora-Galaxy-0.2.3 ２つが「保存」になっているが立ち上がらず（下図参照）、残り３つは空っぽ。
  • スクショ http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/images/c/ca/%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%83%E3%83%88_0028-03-24_10.26.08.png
  • 対応策：「保存状態を破棄」してから立ち上げ直した。たぶん解決。
  • と思ったけど Admin を見ようと思ったらエラー。
  • 結局最初から入れ直すことにする。
• http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Versions からVersion 0.2.4をダウンロード
• Trinity と RSEM とTransDecoder を入れようとする。ToolShedにたくさん選択肢がある場合、何を基準に選べば良いの？
  • スクショ http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/images/5/57/%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%83%E3%83%88_0028-03-24_11.58.36.png
  • スクショ http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/images/6/65/%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%83%E3%83%88_0028-03-24_12.21.48.png
  • スクショ http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/images/e/ef/%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%83%E3%83%88_0028-03-24_12.35.06.png
  • ターミナルで tail -f ~/galaxy-dist/paster.log を見ないと進行が分からないのはちょっとしんどいな。
  • biomonika さんの trinityrnaseq を入れて、bash_profile の path をいじると簡単に動作した。

鈴木

• 微生物（細菌・ウイルス）解析用の外部サーバー
  • メタゲノム MISSISSIPPI
  • 微生物NGS Orione
  • BioMaS (Bioinformatic analysis of Metagenomic AmpliconS)
  • BISTRO
  • メタゲノム Huttenhower Lab
  • MBAC Metabiome Portal
  • ウイルスのアセンブリ VirAmp
  • ファージのアノテーション Center for Phage Technology (CPT) Galaxy Server

望月

• DNApod ワークフローの公開までの流れを山中さんと決めた。 *NIG で作っているVM イメージはNIGから公開していい。 *DNApod ワークフローをピタゴラ galaxy で公開して頂くために、git hub / docker hub / toolshed の登録をする。 *山中さんテスト用＋ユーザへの提供用にサンプルデータを用意し、マニュアルへの記載。

*DNApod ワークフローのツール群の一部 (docker 化が終わっているもの)をgit hub / docker hub / toolshed の登録した。 **一つ、なぜか動かないツールがあった。ネットワーク？？？家で試してみる。

新海

• 山中さんと今後の方針について打ち合わせ
• 久々なのでとりあえず状況の再確認から入る
• 要確認http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Admin_Variant_Calling_01

池田

• 構築手順 0.3.xを用いたVMの作成
  • VM環境　VMWare Fusion Version 8.1.0

• 手順書に若干の問題
  • docker, docker-registry がインストールされない
  • 次のファイルが無い~/install/galaxy.ini

上記の手順に基づくpython fabfile.py の作成

• ホストシステム上からVMにコマンドを発行することで、一連の作業を自動化