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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

   
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
17:30-18:00 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:00-20:30 有識者会議

内容

全体
山中
大田
小寺
池田

基本パッケージ、python2.7.11、galaxy, pitagora-galaxy, docker, pycryptoのインストール, mysqlのイニシャライズ

 fab -u galaxy -p XXXX --host=192.168.184.138 config_pre

システム環境の設定

 fab -u galaxy -p XXXX --host=192.168.184.138 config_system

(ロゴの変更部等は時間切れで未実装)

インストールしているライブラリは下記

base_packages = [    'build-essential', 'checkinstall',  # Gnu's essential tool to build    # build-essential contains 'libc6-dev', 'dpkg-dev', 'g++', 'gcc', 'make'    'sqlite3', 'libsqlite3-dev', 'zlib1g', 'zlib1g-dev',    'libbz2-1.0', 'bzip2-doc', 'libbz2-dev',    'libssl-dev', 'libssl-doc',    'ncurses-doc', 'libncurses-dev', 'libncursesw5-dev',    'libtinfo-dev',    'mysql-client', 'libmysqlclient-dev',    'acpid',    'libreadline-gplv2-dev', 'tk-dev', 'libgdbm-dev',    'git', 'vsftpd', 'vim', 'wget',    'php7.0', 'php7.0-mbstring',    'php-mysql',    'default-jre', 'gfortran',    'patch',    'apt-transport-https', 'ca-certificates',    # Following file should be modified as linux-image-extra-$(uname -r)    'linux-image-extra-4.4.0-21-generic', ]

Docker のインストール部分

def _sudo(items):    # base module for apt-get install    sudo('apt-get update')    for item in items:        sudo('apt-get install {}'.format(item)) docker_packages = [     # install docker package     'docker-engine',  ] def install_docker():    sudo('apt-key adv --keyserver hkp://p80.pool.sks-keyservers.net:80 --recv-keys 58118E89F3A912897C070ADBF76221572C52609D')    sudo('echo deb https://apt.dockerproject.org/repo ubuntu-xenial main > /etc/apt/sources.list.d/docker.list')    sudo('apt-get update')    _sudo(docker_packages)    sudo('apt-get purge lxc-docker')    sudo('apt-cache policy docker-engine')