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主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
   • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2016年7月8日（金）
• 場所： 先端研4号館4階セミナールーム
• 連絡先： 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）

10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-18:00	ツールの開発
17:30-18:00	今日のまとめ　（Skype 参加可）
18:00-20:30	有識者会議

内容

全体

• 積み残しタスク

山中

• 引き続き 構築手順 0.3.x を進めています
• 第5回生命医薬情報学連合大会 （9/29-10/1）の BoF 相談させてください。

大田

• 情報数理バイオ矢葺さんと打ち合わせ
  • 以下がコンテナ化完了、テストデータで実行します => テストデータ選定中, これぞというデータがあれば教えてください
  • abyss
  • docker-a5-miseq
  • idba
  • megahit
  • meraculous2-docker
  • minia
  • sga
  • soap-denovo
  • spades
  • sparse-assembler
  • velvet
  • velvet-optimiser
  • BWA・samtools → GATK・Picard → Annovar
  • Bowtie2・samtools → GATK・Picard → Annovar
  • LAST・samtools → GATK・Picard → Annovar
  • Tophat2 → Cufflinks（cufflinksコマンドでFPKMを出すところまで）
  • STAR → Cufflinks（同上）
  • HiSAT2 → Cufflinks（同上）
  • Tophat2 → eXpress
  • STAR → eXpress
  • HiSAT2 → eXpress
  • Tophat2 → StringTie
  • STAR → StringTie
  • HiSAT2 → StringTie
• annovarをダウンロードしたり
• 中岡さんと次回🐳の作業をします

中岡

18:00 〜電気通信大学＠調布で会議なので、それまで滞在・作業予定です。

鈴木

• 微生物(細菌・ウイルス)解析用の公共Galaxyサーバーのチュートリアル作成。
  • Orione（微生物NGS解析）のGalaxyサーバーが2015年から復旧しない。チュートリアル Orione-live-supplement
  • VirAmp（ウイルス ゲノム アセンブリ）のチュートリアル VirAmp_Workflows 作成の続き。Galaxyサーバーが非常に遅いので管理者にメールした。
  • Huttenhower Lab（メタゲノム・機能ゲノム解析）のチュートリアル Huttenhower_Lab_Workflows を新規作成。bioBakeryのダウンロードに長時間を要するので中断。
  • BioMaS (Bioinformatic analysis of Metagenomic AmpliconS)のGalaxyサーバーに登録できないので管理者にメールした。“User registration is disabled. Please contact your local Galaxy administrator for an account.”

池田

• Ubuntu上にpitagoraの導入の続き

Linux pitagora 4.4.0-28-generic #47-Ubuntu SMP Fri Jun 24 10:09:13 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

mysqlとgalaxyがsockで接続できないエラーが発生

>sudo apt show mysql-server-core-5.7 Package: mysql-server-core-5.7 Version: 5.7.12-0ubuntu1.1 ...

Ubuntu 上でインストールされるmysqlのsocketの場所が ‘/var/run/mysqld/mysqld.sock’

galaxy が利用するソケット ‘/var/lib/mysql/mysql.sock’

galaxyのコンフィグファイルを修正して調整するため

~/galaxyconfig/galaxy.iniを書換

   #database_connection = mysql://galaxy:galaxy@localhost:3306/galaxy?unix_socket=/var/lib/mysql/mysql.sock    database_connection = mysql://galaxy:galaxy@localhost:3306/galaxy?unix_socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock

• VarDictをUbuntu版pitagoraに導入

2016-05と基本的には同様の作業を行う

openjdk-9では、VarDictのmake を実行するgradeがjavaのバージョン判定に失敗するのでopenjdk-8を導入の事

mkdir ~/galaxy/tools/vardict git clone --recursive https://github.com/AstraZeneca-NGS/VarDictJava.git sudo apt install openjdk-8-jdk-headless cd VarDictJata ./gradlew clean installApp source ~/galaxy/.venv/bin/activate pip install planemo planemo tool_init --force \      --id 'vardictjava' \      --name 'VarDictJava' \      --requirement vardectjava \      --example_command './VarDictJava/build/install/VarDict/bin/VarDict -G 1.ref -f $af_thr -N $sample_name -b 1.bam -z -c 1 -S 2 -E 3 -g 4 1.bed | ./VarDictJava/VarDictJava/teststrandbias.R | ./VarDictJava/VarDict/var2vcf_valid.pl -N $sample_name -E -f $af_thr' \      --example_input 1.ref \      --example_input 1.bam \      --example_input 1.bed \      --example_output 2.fasta \      --help_from_command '~/work/VarDictJava/build/install/VarDict/bin/VarDict -H'

planemoを利用して、toolのインターフェィスを記述するxmlを作成後、結局xmlを手書きで編集する必要がある。

xmlを修正する毎に、galaxyを再起動するのが煩雑。もう少し容易に確認するてだては無いか?

• Admin ユーザーで、Admin > Reload Tools みたいなのがあるかと思いますが、GUI なので面倒です。これに対応する API はなさそう…（山中）

那須野

• Galaxyでのジョブメトリクス、デバッグ・トレース情報取得方法について調査中。
  • ユーザ/管理者/ツール開発者のそれぞれの目的に応じてほしい情報は異なるはず。
  • https://wiki.galaxyproject.org/Admin/Config/JobMetrics
  • https://github.com/galaxyproject/galaxy/blob/dev/lib/galaxy/jobs/metrics/instrumenters/__init__.py
    • Job Metrics InstrumentPlugin のBaseクラス
    • 分散実行環境のメトリクスを収集する場合にも、このフレームワークでPluginを書けばよい？
  • Common Workflow Language 対応 Galaxy
    • http://www.commonwl.org/
    • https://github.com/common-workflow-language/galaxy/
    • CWLで書いたWorkflow記述に実行時メトリクス情報を付加できるような仕組みがあると役に立つかも(by 大田さん)
• KubernetesJobRunner（いつの間にか増えていたのを今日気がついたのでメモ）
  • https://github.com/galaxyproject/galaxy/blob/dev/lib/galaxy/jobs/runners/kubernetes.py
  • Google Cloud上に作ったクラスタへGalaxyジョブを投げられるようになると面白いかも。

石井

• Galaxyのオフィシャルdockerイメージを使うときには外部スケジューラにも“galaxy”ユーザがいないと使えないよ！
• Galaxyコンテナ内でGalaxyの実行ユーザを変更するには？修正が必要なのか、何かしらの実行引数を与えるべきか
• Slurmに接続するために必要なこと

望月

Genotype imputation workflow こちらのスライドの続き。(http://www.slideshare.net/TakakoMochizuki1/biohackathon2016-63160040)

Beagle というimputation tool を使っているが、human 用に開発されているため、植物のcultivarに適用すると ヘテロを多く予測しすぎる傾向があるため、解析ワークフローと私の精度検証用のプログラムをgalaxy に組み込んで、 分生あたりで発表するデータと解析ツールを同時並行で開発中ですが、、、、まだまだ先行きは長いそう…orz