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主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
   • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2016年8月4日（木）
• 場所： 先端研4号館4階セミナールーム
• 連絡先： 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）

10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-18:00	ツールの開発
17:30-18:00	今日のまとめ　（Skype 参加可）
18:00-20:30	有識者会議

内容

全体

• 積み残しタスク

山中

• 未テストの Version 0.3.1 を公開しました。（テストできていなかったり、Docker 対応ツールが動かなかったり、ワークフローが入っていなかったり、いろいろありますが、とりあえずスクリプト実行で環境構築できるようにはしてあるので、今後はスクリプトを改善していくという意図も込めて、とにかく公開しちゃえという感じです）
  • VM: http://download.pitagora-galaxy.org/data/release/Pitagora-Galaxy-0.3.1.ova
  • AMI: pitagora-galaxy-0.3.1 ami-3065a251
  • 構築手順: http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/%E6%A7%8B%E7%AF%89%E6%89%8B%E9%A0%86_0.3.x
  • 構築スクリプト: https://github.com/pitagora-galaxy/install-0.3.1
• Docker ジョブが実行されない問題、石井さんに対処策を教えて頂く

$ vi ~/galaxy/lib/galaxy/jobs/runners/__init__.py#L329 #compute_working_directory = job_wrapper.tool_working_directory compute_working_directory = job_wrapper.working_directory

大田

• Bridger を例に kot さんに 🐳 を解説しました
  • Bridger は昨日インストールに苦労していたので個人的にも大変助かりました :)
    • ついでに Docker hub に登録した
    • https://hub.docker.com/r/inutano/docker-bridger/
• 遺伝研スパコンのdockerテスト用ノードでコンテナテスト
  • UIDを指定せずにdockerを立ち上げるて -v でホストのファイルシステムをマウントすると root で読み書きができて本当に危険
  • テスト環境とはいえどげんかせんといかん
• ツールコンテナ化の打ち合わせ w/ 矢葺さん、那須野さん
  • アセンブラのコンテナ @ http://nucleotid.es を試してもらう
    • コンテナ内のツールを実行するための Proc / Run というファイルがバンドルされており親切だが柔軟ではない…
    • アセンブラはメモリが足りないとガンガン落ちるので厳しい
• コンテナテストデータを用意したりしてました

小寺

• いつもの備忘録メモ http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/KotMemo
• 前回参加は６月 http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Meetup_2016-06
• Bridger (de novo transcriptome assembler) の Docker 化
  • ほとんど大田さんにやってもらった https://gist.github.com/inutano/73c68a830787216bb2cdcbf665345857
  • 「試してみよう ツールのコンテナ化」を参考に bridger_docker.xml を作成 https://docs.google.com/document/d/1A1QPEFzpIxSO__cOw3dTQU5ofa2NhV3LMw7Fcf6mRNg/edit
• Docker の使い方の復習
  • Trinity RNAseq のDockerfileを使って復習 https://hub.docker.com/r/sglim2/trinityrnaseq-2.2.0/
  • build にめっちゃ時間かかった。できあがった Docker Image がめっちゃデカイ。サンプルデータも一緒にコンテナ化しているかららしい。

    [galaxy@localhost trinityrnaseq]$ sudo docker images     REPOSITORY                     TAG                 IMAGE ID            CREATED             VIRTUAL SIZE     `                         ``              eb1064154281        3 minutes ago       1.279 GB` `    maskot/bridger                 0.1.0               a8d2ce8c481a        4 hours ago         698.5 MB` `    maskot1977/bridger             0.1.0               a8d2ce8c481a        4 hours ago         698.5 MB` `    docker.io/sglim2/centos7       latest              27aa64419a72        33 hours ago        638 MB` `    docker.io/ubuntu               trusty              87d8afb341b5        12 days ago         187.9 MB` `    docker.io/maskot/hellogalaxy   latest              e146e00f19ed        5 months ago        196.6 MB`

池田

VM上の ubuntuの仮想マシンのroot の password を変更して思い出せなくなり、パスワードをリセット リセット方法は下記を参照

http://askubuntu.com/questions/24006/how-do-i-reset-a-lost-administrative-password

• Galaxy環境の微調整

ヘッダーの記述をGalaxy => Pitagora-Galaxyに変更

• 左上のタイトル(Analyze Data 以外)

> cd /home/galaxy/galaxy/static/scripts/layout > cp masthead.js masthead.js.bak > cat masthead.js.bak | sed -e 's/navbarBrandTitle.html("Galaxy “/navbarBrandTitle.html(”Pitagora-Galaxy "/' > masthead.js

• 左上のタイトル(Analyze Data)

> cd /home/galaxy/galaxy/static/scripts/bundled > mv libs.bundled.js  libs.bundled.js.bak > cat  libs.bundled.js.bak | sed -e 's/navbarBrandTitle.html("Galaxy “/navbarBrandTitle.html(”Pitagora-Galaxy "/' > libs.bundled.js

• Pitagora アイコン(Analyze Data)

> cd /home/galaxy/galaxy/static/images > mv galaxyIcon_noText.png galaxyIcon_noText.png.bak > wget http://download.pitagora-galaxy.org/data/resource/galaxyIcon_noText.png

• Pitagora アイコン(Analyze Data 以外)

不明

Favicon

> cd /home/galaxy/galaxy/static > mv favicon.ico favicon.ico.bak > wget http://download.pitagora-galaxy.org/data/resource/favicon.ico

• 自動起動設定部分(エラー部分はservice の記述ファイルのフォーマットに起因するもの。Galaxyの動作には影響しないので無修正)

>sudo systemctl enable apache2 apache2.service is not a native service, redirecting to systemd-sysv-install Executing /lib/systemd/systemd-sysv-install enable apache2 insserv: warning: script 'K01galaxy' missing LSB tags and overrides insserv: warning: script 'galaxy' missing LSB tags and overrides insserv: warning: script 'K01galaxy' missing LSB tags and overrides insserv: warning: script 'galaxy' missing LSB tags and overrides

• この環境を構築しているUbuntuのバージョン

> lsb_release -a No LSB modules are available. Distributor ID:    Ubuntu Description:   Ubuntu 16.04.1 LTS  Release:   16.04 Codename:  xenial

• VarDictインターフェイスの記述追加

VarDictJavaのためのインターフェイス設定

那須野

• 今日はMesos勉強会 http://connpass.com/event/36415/ 出席のため、18時頃までの作業予定です。
• 石井さんからの情報をきっかけに、Galaxy公式のDockerコンテナイメージを久しぶりにチェックしました。
  • https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable/
• ToolインストールのためにAnsible playbookを使用している模様。
  • https://github.com/galaxyproject/ansible-galaxy-tools/
• 可視化用のプラグインとして BioJS visualizations がインストールされる。
  • npm install biojs2galaxy
  • →この分野で広く普及しているものなんでしょうか？

鈴木

• メタゲノム解析用 Huttenhower_Lab_Workflows を更新。GraPhlAnのエラーを管理者にメールした。大田さんが問題解決。
• BioMaSのチュートリアルは無い。管理者曰く“It is being prepared a video tutorial, but right now is not available.”
• 遺伝子解析ダイニング　d_restaurant

望月

Genotype Imputation ワークフロー作成

• p-galaxy に bcftools 関連をインストール中。
• multi VCF ファイルに記載された集団に、3rd アリルがあるポジションをremove するperl を作ったので p-galaxy に入れようしている作業中。
• (今後のことを考えると Docker 化した方がいいのか悩むけど、今は気づかなかったことにしている…いつか思い出すかも。）