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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

   
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
17:30-18:00 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:00-20:30 有識者会議

内容

全体
山中

$ vi ~/galaxy/lib/galaxy/jobs/runners/__init__.py#L329 #compute_working_directory = job_wrapper.tool_working_directory compute_working_directory = job_wrapper.working_directory

大田
小寺

    [galaxy@localhost trinityrnaseq]$ sudo docker images     REPOSITORY                     TAG                 IMAGE ID            CREATED             VIRTUAL SIZE     `                         ``              eb1064154281        3 minutes ago       1.279 GB` `    maskot/bridger                 0.1.0               a8d2ce8c481a        4 hours ago         698.5 MB` `    maskot1977/bridger             0.1.0               a8d2ce8c481a        4 hours ago         698.5 MB` `    docker.io/sglim2/centos7       latest              27aa64419a72        33 hours ago        638 MB` `    docker.io/ubuntu               trusty              87d8afb341b5        12 days ago         187.9 MB` `    docker.io/maskot/hellogalaxy   latest              e146e00f19ed        5 months ago        196.6 MB`

池田

VM上の ubuntuの仮想マシンのroot の password を変更して思い出せなくなり、パスワードをリセット リセット方法は下記を参照

http://askubuntu.com/questions/24006/how-do-i-reset-a-lost-administrative-password

ヘッダーの記述をGalaxy => Pitagora-Galaxyに変更

> cd /home/galaxy/galaxy/static/scripts/layout > cp masthead.js masthead.js.bak > cat masthead.js.bak | sed -e 's/navbarBrandTitle.html("Galaxy /navbarBrandTitle.html(Pitagora-Galaxy "/' > masthead.js

> cd /home/galaxy/galaxy/static/scripts/bundled > mv libs.bundled.js  libs.bundled.js.bak > cat  libs.bundled.js.bak | sed -e 's/navbarBrandTitle.html("Galaxy /navbarBrandTitle.html(Pitagora-Galaxy "/' > libs.bundled.js

> cd /home/galaxy/galaxy/static/images > mv galaxyIcon_noText.png galaxyIcon_noText.png.bak > wget http://download.pitagora-galaxy.org/data/resource/galaxyIcon_noText.png

不明

Favicon

> cd /home/galaxy/galaxy/static > mv favicon.ico favicon.ico.bak > wget http://download.pitagora-galaxy.org/data/resource/favicon.ico

>sudo systemctl enable apache2 apache2.service is not a native service, redirecting to systemd-sysv-install Executing /lib/systemd/systemd-sysv-install enable apache2 insserv: warning: script 'K01galaxy' missing LSB tags and overrides insserv: warning: script 'galaxy' missing LSB tags and overrides insserv: warning: script 'K01galaxy' missing LSB tags and overrides insserv: warning: script 'galaxy' missing LSB tags and overrides

> lsb_release -a No LSB modules are available. Distributor ID:    Ubuntu Description:   Ubuntu 16.04.1 LTS  Release:   16.04 Codename:  xenial

VarDictJavaのためのインターフェイス設定

那須野
鈴木
望月

Genotype Imputation ワークフロー作成