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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

   
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ　（Skype 参加可）
18:30-20:30 有識者会議

内容

全体
山中
大田

 [galaxy@localhost faqcs]$ sudo docker run -v `pwd`:/export bgruening/planemo lint /export/FaQCs_docker.xml  Linting tool /export/FaQCs_docker.xml  Failed linting  Applying linter tests... WARNING  .. WARNING: No tests found, most tools should define test cases.  .. WARNING: No valid test(s) found.  Applying linter stdio... CHECK  .. INFO: No stdio definition found, tool will determine an error from stderr.  Applying linter output... WARNING  .. WARNING: Tool data output doesn't define an output format.  .. INFO: 7 outputs found.  Applying linter inputs... CHECK  .. INFO: Found 18 input parameters.  Applying linter help... CHECK  .. CHECK: Tool contains help section.  .. CHECK: Help contains valid reStructuredText.  Applying linter general... CHECK  .. CHECK: Tool defines a version [1.3.3].  .. CHECK: Tool defines a name [Fastq QC].  .. CHECK: Tool defines an id [FaQCs_docker].  Applying linter command... CHECK  .. INFO: Tool contains a command.  Applying linter citations... WARNING  .. WARNING: No citations found, consider adding citations to your tool.

望月

 Genotype Imputation ワークフローは完了した。(docker 化はしていない)  docker 化していくために、遺伝研のgalaxy のバージョンをアップする。  galaxy の立ち上げはできたけど、ボタン類が表示されない。

 お知らせ：1月にPlant and Animal Genome Conference でポスター発表をしてきます。                 (http://www.intlpag.org)                  毎年、Galaxy, iPlant のセッションもあるので、Pitagora 様の宣伝も意味があるかと思います。                  何か宣伝用のフライヤーがあれば、配布します。ありますか？

新海

多分本来はそれでいいんだろうけど、自分でインデックスを作ってた場合は並び替えが必要な場合もある(PicardのReordersamで修正)。

中岡
那須野
池田

https://hub.docker.com/r/broadinstitute/genomes-in-the-cloud/tags/ 結局GATKそのものは古いバージョンのまま

galaxy@pitagora:~$ sudo docker run broadinstitute/genomes-in-the-cloud ls -alrt /task total 31604 -rwxr-xr-x  1 root root 18903709 Oct 28  2015 picard.jar -rwxr-xr-x  1 root root   671917 Oct 28  2015 verifyBamID -rwxr-xr-x  1 root root 12763805 Oct 28  2015 GenomeAnalysisTK-3.4-g3c929b0.jar  -rw-r--r--  1 root root      512 Oct 28  2015 Dockerfile

sudo docker run broadinstitute/genomes-in-the-cloud java -jar /task/GenomeAnalysisTK-3.4-g3c929b0.jar --version nightly-2015-07-31-g3c929b0

… Dockerで最新のものがダウンロード可能と考えたのはちょっと甘かった。

sudo docker pull limesbonn/hisat2

sudo docker run limesbonn/hisat2 /usr/local/bin/hisat2 --version /usr/local/bin/hisat2-align-s version 2.0.4  64-bit Built on fff5562e8198 Sun Jun  5 07:33:48 UTC 2016 Compiler: gcc version 4.8.4 (Ubuntu 4.8.4-2ubuntu1~14.04.3)  Options: -O3 -m64 -msse2 -funroll-loops -g3 -DPOPCNT_CAPABILITY Sizeof {int, long, long long, void*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}

hisat 2.0.4が既にコンテナ化されていた。

sudo docker pull nicholasbaro/vardict  sudo docker run nicholasbaro/vardict /opt/VarDictJava/VarDict/vardict

丹生

Error loading tool with path /Users/tanjo/repos/abyss/abyss-pe.xml Traceback (most recent call last):   File “/usr/local/Cellar/planemo/0.34.1/libexec/vendor/lib/python2.7/site-packages/galaxy/tools/loader_directory.py”, line 107, in _load_tools_from_path     tool_element = loader_func(possible_tool_file) ParseError: not well-formed (invalid token): line 2, column 50 Could not lint /Users/tanjo/repos/abyss/abyss-pe.xml due to malformed xml.

石井

残