events

主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

   
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ　（Skype 参加可）
18:30-20:30 有識者会議

内容

全体
山中
大田
那須野

 Host target-host-via-aws    HostName target-host    User ssh-account    Port target-host-ssh-port    IdentityFile authentication-identity-file-path    ProxyCommand ssh -W %h:%p -p 443 EC2-public-IP    Localforward (以降、略)

 database_connection = mysql://galaxy:galaxy@172.17.0.2:3306/galaxy

 Traceback (most recent call last):   File “/usr/local/bin/cufflinks_wrapper.py”, line 9, in  `    from galaxy.datatypes.util.gff_util import parse_gff_attributes, gff_attributes_to_str` `  File `“`/usr/local/galaxy/lib/galaxy/datatypes/util/gff_util.py`”`, line 7, in ` `    eggs.require( `“`bx-python`”` )` `  File `“`/usr/local/galaxy/lib/galaxy/eggs/__init__.py`”`, line 493, in require` `    raise EggNotFetchable( str( [ egg.name for egg in e.eggs ] ) )` ` galaxy.eggs.EggNotFetchable: ['bx_python']`

鈴木
望月
池田

念のため、現在利用中のVersion Check

>pip show planemo Name: planemo Version: 0.35.0 Summary: Command-line utilities to assist in building tools for the Galaxy project (http://galaxyproject.org/). Home-page: https://github.com/galaxyproject/planemo Author: Galaxy Project and Community Author-email: jmchilton@gmail.com License: AFL Location: /home/galaxy/galaxy-python/install/lib/python2.7/site-packages Requires: glob2, BeautifulSoup4, ephemeris, configparser, gxformat2, Click, jinja2, docutils, six, virtualenv, html5lib, aenum, galaxy-lib, pyaml, cwltool,   bioblend, lxml, pyyaml

一連の操作はplanemoのマニュアルに準拠して実施。 https://planemo.readthedocs.io/en/latest/writing_standalone.html

VarDictJavaを実行するための vardictjava.xml を作成 planemo lingでxmlファイルの問題を検証 (xml中にtest と citationsの記述が無いとFailed lintingとなる。)

>planemo lint Applying linter tests... WARNING .. WARNING: No tests found, most tools should define test cases. .. WARNING: No valid test(s) found. ... ... Applying linter citations... WARNING .. WARNING: No citations found, consider adding citations to your tool. Failed linting

(ただし、test も citations もlintでは記述の有無のみを確認しているだけなので、とりあえず追記)

作成したツールが正常に動作するか planemo serverで確認 作業ディレクトリに test-dataディレクトリが存在しないと planemo server を実行時に文句を言われる。

planemo couldn't find a target test-data directory, you should likely create a test-data directory or pass an explicit path using --test_data.

>mkdir test-data

planemo serveコマンドを実行する事で port 9090でサーバーが起動するので ssh port forwardingでVritual Machineに接続しておくと良い

(ホストマシンからVMへの接続: VMWare を利用) >ssh -L 9090:localhost:9090 galaxy@192.168.184.138  

> planemo serve

... ... Starting server in PID 3211. serving on http://127.0.0.1:9090

なかなか良いかも。

小寺
石井