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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

   
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ　（Skype 参加可）
18:30-20:30 有識者会議

内容

全体
山中
大田
池田

-t     Indicate to remove duplicated reads. Only one pair with same start positions will be kept System Message: WARNING/2 (`, line 68)` `Option list ends without a blank line; unexpected unindent.` `-th `` Threads count. -V `` The lowest frequency in normal sample allowed for a putative somatic mutations. Default to 0.05 -v VCF format output -VS `<STRICT | LENIENT | SILENT>` How strict to be when reading a SAM or BAM.`

上記で発生するエラー Option list ends without a blank line; unexpected unindent. は

-T `                          Trim bases after [INT] bases in the reads` `-t                                Indicate to remove duplicated reads.  Only one pair with same start positions will be kept` `-th ``                         Threads count.` `-V ``                         The lowest frequency in normal sample allowed for a putative somatic mutations.  Default to 0.05` `-v                                VCF format output` `-VS `<STRICT | LENIENT | SILENT>`   How strict to be when reading a SAM or BAM.` `                                  STRICT   - throw an exception if something looks wrong.` `                                  LENIENT  - Emit warnings but keep going if possible.` `                                  SILENT   - Like LENIENT, only don't emit warning messages.` `                                  Default: LENIENT` `-X ``                          Extension of bp to look for mismatches after insersion or deletion.  Default to 3 bp, or only calls when they're within 3 bp.` `-x ``                          The number of nucleotide to extend for each segment, default: 0` `-y` `-Z ``                       For downsampling fraction.  e.g. 0.7 means roughly 70% downsampling.  Default: No downsampling.  Use with caution. The downsampling will be random and non-reproducible.` `-z <0/1>                          Indicate wehther is zero-based cooridates, as IGV does.  Default: 1 for BED file or amplicon BED file. Use 0 to turn it off. When use -R option, it's set to 0`

上記の通りStructured textとしては問題は無い。 回避策として、エラー発生ヶ所の前後に改行を置くことでエラーは回避される。

エラーは次のような場合に発生している。

詳細は不明

那須野

   conda_prefix = /opt/miniconda2    conda_auto_install = True

鈴木

今年の目標

https://docs.google.com/document/d/162X8s7kEEdZ5i5QBSDJyknsgW673b81p4WuFmklQaBU/edit?usp=sharing