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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

   
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ (Skype 参加可)
18:30-20:30 有識者会議

内容

全体
山中
大田
石井

docker galaxy stable のコンテナが、aufs(多分、overlay)を使っているdockerだと起動できない問題について、報告をした。WORKAROUNDも作って、それが動くことも報告した。

望月

遺伝研スパコンの切り出し環境で構築している docker in docker galaxy に DNApod のツールを入れて、環境確認を行った。 Reference Database 置き場など、遺伝研所内で検討する課題を見つけた。 動作検証が、ポケット wifi からだとできなかったので、今日はここまで。

Tool Shed にあった、HiSat2, Cufflinks, StringTie をロードして、そのまま、使用できるのかを確認中。 ToolShed の StringTie (ver. 1.2.3) 2016-07-13 (最新は、ver.1.3.3)で 開発がとまってしまっているし、インポートできない。 ポケットwifi だからか?

丹生

Galaxy の mulled (Docker image を動的に pull して実行する)機能を biocontainer 以外でも使いたい。

那須野
池田

GAMe 2017 - Galaxy Australasia Meeting 2017で発表されていたMorin lab(Ryan Morin, Simon Fraser University, Canada)のcancer 解析galaxyを利用

>docker pull morinlab/cancergenomicsgalaxy:0.1

Docker CE: Version 17.03.0-ce-mac2 (15654) を利用

PPAP(仮) Workflow: 作成 cut, paste を利用

末竹

勉強させていただきます。

鈴木

https://new.galaxyproject.org/public-galaxy-servers/MetaDP.png

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