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主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
   • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2017年3月9日（木）
• 場所： 暫定、以下のとおりです
  • 10:00-13:00 向かいのタリーズ・コーヒー
  • 13:00-19:00 情報・システム研究機構 URAステーション 会議室（城山トラストタワー33階 http://ura.rois.ac.jp/aboutus/access/ ）
    • 1階エレベーターホール前で守衛さんに身分証ないし名刺を提示する必要があります。その後、エレベーターで33階へどうぞ。部屋に入れない場合は大田までご連絡ください。
• 連絡先： 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）

10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-18:00	ツールの開発
18:00-18:30	今日のまとめ　（Skype 参加可）
18:30-20:30	有識者会議

内容

全体

• 今年の目標 を振り返って進捗確認
  • VM アップデート（山中、大田、那須野、池田）
    • 0.3.3 GitHub Repository 整理しています（わりと順調）試すとかやってほしい
    • Win 版がない
  • ドキュメント整備（大田）
    • 表ページを GitHub Pages に移行する（未）
  • 公共サーバー公開（大田）
    • サーバーは準備完了、Galaxy 等インストールは未
    • DBCLS Galaxy のデータ移行どうする？（意外と使われている）
  • 論文を書く（大田、鈴木）
    • 未（どういう論文にするか？査読つき？）
    • Reproducible Analysis を達成するための要件をまとめる？
    • 一部、実現しました（VM だけ / Galaxy だけでいいか？）
  • 初心者勉強会（山中）
    • 5/10 水 を予定
    • Galaxy の一般的な使い方（PPAP 的な？）4月の Meetup で決定する
    • Galaxy 以外の ReX Tools も: Zeppelin, …
  • 学会関連（山中）
    • GAMe はいろいろ発表できた、次回の GAMe Tokyo の可能性もあり
    • GCC？
    • 国内学会は未定
  • Contribution（石井）
    • いつまで続くかはわからない
  • ポッドキャストする（石井）
    • 未
  • おかねをかせぐ（山中）
    • グラント申請（未検討）
• 積み残しタスク

山中

• Galaxy 関連
  • 先月の GAMe まで頑張ったので、今日は Galaxy 関連作業はなし
  • GCC 2017 の口頭発表締切は 4/15 です
• その他
  • Enterprise Reproducible Analytics（ERA）勉強会（仮称）の内容を考える
  • Apache Zeppelin

大田

• 色々のワークフローの CWL ファイルをIMSBioの矢葺さんが作ってくれました
  • https://github.com/pitagora-galaxy/cwl
  • HiSAT のワークフローがおかしいよと通報があったので修正する (todo)
• STAR/RSEM のワークフローを大量に流す
  • CWL でやりたい
    • Galaxy に突っ込んで流してみたい
  • 突っ込むデータをリストアップしていた
    • DDBJのディスク障害でリストの検証ができない。。

石井

docker galaxy stable のコンテナが、aufs(多分、overlay)を使っているdockerだと起動できない問題について、報告をした。WORKAROUNDも作って、それが動くことも報告した。

望月

遺伝研スパコンの切り出し環境で構築している docker in docker galaxy に DNApod のツールを入れて、環境確認を行った。 Reference Database 置き場など、遺伝研所内で検討する課題を見つけた。 動作検証が、ポケット wifi からだとできなかったので、今日はここまで。

Tool Shed にあった、HiSat2, Cufflinks, StringTie をロードして、そのまま、使用できるのかを確認中。 ToolShed の StringTie (ver. 1.2.3) 2016-07-13 (最新は、ver.1.3.3)で 開発がとまってしまっているし、インポートできない。 ポケットwifi だからか？

丹生

Galaxy の mulled (Docker image を動的に pull して実行する)機能を biocontainer 以外でも使いたい。

• lib/galaxy/tools/deps/container_resolvers/{mulled.py,explicit.py} に関連ソースがある
  • explicit.ExplicitContainerResolver には pull する機能はなさそう
  • mulled.{CachedMulledContainerResolver, MulledContainerResolver, BuildMulledContainerResolver} が pull して実行する ContainerResolver
    • コンストラクタの namespace を変えることで、biocontainer 以外のリポジトリを参照可能
    • Docker レジストリサーバーは quay.io がハードコートされている (mulled.MulledContainerResolver)
• 適切な ContainerResolver を選択するのは lib/galaxy/tools/deps/container.py にある ContainerRegistry#__default_containers_resolvers
  • quay.io 以外を参照できる ContainerResolver を作成 -> __default_containers_resolvers に作成した Resolver を追加するのが手っ取り早そう

那須野

• Galaxy Job Runner の Dynamic Destination Mapping の必要があって調べていたところ、以下のようなツールを発見。
  • https://github.com/phac-nml/dynamic-tool-destination
  • 通常は lib/galaxy/jobs/rules/destinations.py を自由に実装すればよいらしい。

池田

GAMe 2017 - Galaxy Australasia Meeting 2017で発表されていたMorin lab(Ryan Morin, Simon Fraser University, Canada)のcancer 解析galaxyを利用

>docker pull morinlab/cancergenomicsgalaxy:0.1

Docker CE: Version 17.03.0-ce-mac2 (15654) を利用

PPAP(仮) Workflow: 作成 cut, paste を利用

末竹

勉強させていただきます。

鈴木

• リード配列が入手可能なゲノム配列のリストを取得したい
• GAMe_2017: “Using Galaxy for Microbial Research Consortium”で発表した微生物研究ワークフローQIIME-Galaxyを国際会議で紹介したい
  • 2017 7/18-20 MetaSUB @ スウェーデンのストックホルム
  • 2017 7/21–25 ISMB/ECCB 2017 @ チェコ共和国のプラハ
• 公共Galaxyサーバー
  • 16S rRNA微生物群集OTUデータからSupport vector machine (SVM)で疾病リスク予測 MetaDP: a comprehensive web server for disease prediction of 16S rRNA metagenomic datasets

https://new.galaxyproject.org/public-galaxy-servers/MetaDP.png

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