主旨
- ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
- 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
- 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
- プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
- 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
- Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する
スケジュール
- 日時： 2017年4月5日（水）
- 場所： 先端研4号館4階セミナールーム
- 連絡先： 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
- Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）
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| 10:00-10:15 |
今日の作業確認 |
| 10:15-18:00 |
ツールの開発 |
| 18:00-18:30 |
今日のまとめ （Skype 参加可） |
| 18:30-20:30 |
有識者会議 |
内容
全体
山中
- 先月の GAMe まで頑張ったので、今日は Galaxy 関連作業はなし
- GCC 2017 の口頭発表締切は 4/15 です
- Reproducible Analytics 勉強会（仮称）の内容を考える
- Apache Zeppelin について少し書いた
大田
- Bridger の 🐳 がちゃんとビルドされてないぽいのでdebugします
- ウェブサイト棚卸し & 整理
- wiki.pitagora-galaxy.org と www.pitagora-galaxy.org の情報を整理します
- github pages に移行しておしゃれな感じにしたい
- download.pitagora-galaxy.org を S3 ベースに変更したい
小寺
石井
- planemo 0.40.0 のイメージを作成中
- 大田さんに、バイオインフォマティクスのツールのメトリクスの取り方についてきいた
望月
- NIG スパコン docker in docker galaxy で docker ツールが引き続き動作しない。
- pitagora VM galaxy と同じ設定をしたが、それでも動作しないため、NIG 環境構築をしてくださった方に質問のメールをしている。
- 私のツール群としては docker 化を切り捨てる？悩んでいます。
- Fastq file の QV フィルタツール (Trimmomatic-0.36) が、tool shed 上のものが動作しないので、自作している。
末竹
- RNA-seq で得られた fastq ファイルを Bringer を使ってアセンブルし、配列の中にどれがどの Pfam ドメインを持っているかを HMMER を用いて同定し、結果をビジュアライズするワークフローを作成中
- docker の勉強をした
- Bringer のdocker コンテナを作成した
- docker コンテナを作成する際、dockerfile を書くが、結局 make して出たエラーのライブラリを apt-get するだけだから、dockerfile を自動生成することが出来るのではないか
- docker コンテナを galaxy に登録する際、input,output のラッパーを書かないといけないが、これを GUI のプルダウンメニューでファイルの形式を指定して、docker Hub のID を入れるだけでラッパーを生成してくれるように出来ないか
- Workflow Bridger <– ここに書いていきませんか（山中）
那須野
- wrap up から参加しました！
- cwltool by terraform @AWS
- Galaxy の ジョブ実行先 Dockerホストを動的に決めるためのフレームワークとしてのJobRunner実装
武井
- GalaxyのVMをインストール
- Docker file作成～pushまでを実施
- ZeppelinからDocker呼ぶところを検討
コピー用
