主旨
- ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
- 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
- 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
- プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
- 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
- Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する
スケジュール
- 日時： 2017年5月10日（水）
- 場所： 先端研4号館4階セミナールーム
- 連絡先： 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
- Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）
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| 10:00-10:15 |
今日の作業確認 |
| 10:15-17:00 |
ツールの開発 |
| 17:00-17:30 |
今日のまとめ （Skype 参加可） |
併催イベント
Meetup 後、市民講座「オープンデータを分析する 〜 微生物ゲノム編」にて Galaxy を紹介します。
内容
全体
山中
大田
- FaQCs を Galaxy にインストールする
- 門田さんに頼まれている原稿で使う
- インストールスクリプトを作ったけど、WindowsだとVirtualboxのコンソールからインストールするのはしんどい
- Rがdependenciesに入っているのでtoolshedに入れたくない
- docker でやりたいが 0.3系 VM for Windows はまだ表に出ていない
- 0.3系VM for Windows を作ろうということになった ←結論
- 現場の会のハンズオンについて
- アドリブでやります
- Galaxy の概要 (おおた), Public Galaxy Server について (すずき)
- Terraform で CWL を AWS 上に Launch する件について
丹生
- mulled を dockerhub や、自分のリポジトリの docker image にも対応させたい
- 再構成システムに関する今後の方針について議論
末竹
- 実際、自分が Galaxy で何をやるかの確認
- 自身の卒論のテーマは『二次代謝生合成系遺伝子の転写解析』
- それらのフローを Galaxy 内で構築したい
- 自分が使うツール群の Docker コンテナの用意を行った
- Alpine とか使ってなるべく軽い Docker Image の用意を行いたかったが、相性とかあってめんどくさかった
- ツールを Galaxy 内で使えるようにしたいが、Tool Shed や Planemo は割りと沼みたいだから避けたい
- 自分で仮想環境を立ててそこでフローを構築してもいいが、それだと Galaxy じゃなくていいじゃんってなる
- ツールの xml ラッパーを書いて、Pitagola の方にツールを登録して貰い、Pitagola 内でワークフローを書く
那須野
- Galaxyによる動的再構成アーキテクチャーについて、大田さん、丹生さんと議論。
- Galaxy の DB スキーマの調査
鈴木
- Prepared presentation to citizen scientist on metagenomics and the metasub Paris project.
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