主旨
- ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える (図)
- 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
- 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
- プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
- 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
- Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する
スケジュール
- 日時: 2017年7月5日(水)
- 場所: 情報・システム研究機構 URAステーション 会議室(城山トラストタワー33階 http://ura.rois.ac.jp/aboutus/access/ )
- 1階エレベーターホール前で守衛さんに身分証ないし名刺を提示する必要があります。
- その後、エレベーターで33階へどうぞ。部屋に入れない場合は大田までご連絡ください。
- 連絡先: 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
- Skype ID:pitagora-network(最新バージョンのSkypeの使用を推奨)
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10:00-10:15 |
今日の作業確認 |
10:15-18:00 |
ツールの開発 |
18:00-18:30 |
今日のまとめ (Skype 参加可) |
内容
全体
議論
山中
- Pitagora Galaxy のインストールスクリプトのバージョン管理方法変更
- Version 0.3.x の x については GitHub のタグで管理することにしました
- Version 0.4 系についての議論 >> 構築手順_0.4.x
- qiime の Galaxy ツールが ToolShed にあがったと思ったら Error
- 古いヒストリーデータの削除スクリプト作成 >> できなかったので次回持越し
大田
- 分生フォーラムの要旨
- FaQCs のバグ取り
- sudo を打つとエラーになる件のPR
- CWL in 64 seconds の翻訳お手伝い
那須野
- bgruening/galaxy-stableコンテナで、Galaxy + SLURMクラスタの構築手順を検証中。
- galaxy-stable コンテナには Ubuntu パッケージとして SLURM が含まれているが、SLURMノード単体のコンテナが欲しい場合は以下を docker build すればよい。
/test/slurm/Dockerfile
- SLURMクラスタ内のホスト名解決には、Consul(コンテナ)にDNSサービスをさせることにした。
docker run -d -e 'CONSUL_ALLOW_PRIVILEGED_PORTS=' consul agent -server -bootstrap -dns-port=53 -recursor=8.8.8.8
- ツール定義、リファレンスデータなどをEBSボリュームに固めて、クラスタ開始時に共有FSにマウントして使う方針に。
- 入力データの投入方法については、当面は Web UI or FTP でアップロードするしかないか。
- [TODO] SLURMの各計算ノード環境にいくつかのツールをインストールしておく必要がある(Dockerコンテナ型ツールに限定したほうがよいかも)
石井
丹生
- cwltool のリリースプロセスを考えていた (cwltool PR #403))
- 現在はリリース作業は心温まる手作業、テストは Jenkins と Travis、Jenkins が Dockerhub に push
- 問題点
- Jenkins のテストスクリプトなどは PR が出せない
- Dockerhub に latest タグしかない
- 最終目標: ローカルでタグを打つ -> Github に push -> (Dockerhub にタグ付きイメージを push, pip にパッケージを upload) まで自動でやりたい
- 最初の一歩: Travis からタグ付き Docker イメージを Dockerhub に push できるようにする
- TODO: 後で .travis.yml 修正して PR 送る
- CWL in 64 seconds の翻訳お手伝い
志波
田中