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主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
   • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2017年8月2日（水）
• 場所： 東京工業大学 緑が丘キャンパス 緑が丘６号館２階 203ミーティングスペース (map)
• 連絡先： 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）

10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-18:00	ツールの開発
18:00-18:30	今日のまとめ　（Skype 参加可）

内容

全体

• 今年の目標 を振り返って進捗確認
• 積み残しタスク

山中

• Version 0.3.4（まずはクラウド版）を作成した
  • しかし、tool-data の .loc ファイルあたりちゃんと作成されてないかも、ということを示唆されたので確認中

大田

• データ転送ベンチマーク取ってた
  • なぜ遺伝研の外からDDBJのデータを取りに行くとこんなに遅いのか…
• これを見たあなたは今すぐBioHackathonに登録する http://2017.biohackathon.org/registration
• 11月中旬に CWL の co-founder の Michael Crusoe が香港に来るそうです、日本に来るチャンスあるかな？と言っていました、もし可能ならCWL啓蒙のセミナーとかしてもらうとよいのかな？

小寺

• 前回参加は６月 http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Meetup_2017-06
• 某研究予算で、某果実のトランスクリプトーム＋メタボローム解析を行う予定で、ヒアリング資料を準備

武井

• はじめよう Galaxy　公共サーバー編 及び 仮想マシン偏 実施
• 仮想マシン偏で「Download References」実施後、「Run workflow」実行するとReference　genomeがないよと言われて実行できない

末竹

• 引き続き，RNA-seq から発現量をビジュアライズするワークフローの構築．
• アセンブリは出来たため，それにマッピングするツールを考えている．
• STAR を考案されるが，Tool Shed にある STAR は何か使えないみたいだった．
• とりあえず，ローカルで STAR を試してみようかと考え，自分の環境を汚したくないため，仮想環境に BioLinux を導入してみた．
• BioLinux の GUI 環境を切るために色々やって時間が来た．

落合

• GalaxyのGetting Startedをやった
• 「不思議なチカラでbio-infoのイベントや勉強会の情報が集まるサイト」のプロトタイプをつくった
  • 8月中にはリリースしたい
  • 広告とか寄付で小銭儲けたい

那須野

• （自分用メモですみません…）
• マッピングツールの STAR について、入力データサイズやオプションの違いによる挙動を調査中。（ベンチマーク結果はElasticsearchへ蓄積）
  • STARがメモリを大量に使う原因はBAM出力結果のソート処理にあるらしい。 (30GB未満の環境だと起動時にエラーになる)
  • つまり、入力データサイズを大きくすると、この部分の処理に影響するのでメモリ消費量も増えると予想。
  • 今まであまり気にせずに –outSAMtype BAM SortedByCoordinate を指定していたが、 –outSAMtype BAM Unsorted によりソートせずに出力できる。
  • 後続ステップとして stringtie や cufflinks を実行する場合、Unsorted BAMを受け付けない可能性もある。（未検証）
  • 一般的には sorted BAM を使うことが多いらしい。

• STAR を HISAT2 に置き換えた場合のリソース消費についても調べておきたい。
  • HISAT2の出力形式はSAMのみなので、BAM変換が別途必要になる。
  • 現在利用している HISAT2 の Dockerイメージ limesbonn/hisat2 には samtools が含まれているようなので、hisat2 出力をパイプで samtools に渡すようにすればよいはず。

e.g.) hisat2 ... | samtools view -bS - | samtools sort - ht2result.sort.bam

• (余談) STAR (rgrnastar) を Galaxy ToolShed からインストールしようとすると、依存する star-2.5.2b という package がなぜか存在しないため動きません。

丹生

• 背景: 計算資源の再構成システムを実装中
  • 現在は Galaxy に手を入れて、ワークフローを対象に再構成システムを実装中
  • Galaxy にロックインされ始めている気がする
  • スクラッチでワークフローの実行エンジンを作る手があるが、ワークフローを GUI で編集できないと使ってもらえなさそう
• 動機: CWL 用のワークフローエディタがほしい
  • 既存 or 少ない手間で実装できれば嬉しい
    • 大田先生に [composer](https://github.com/rabix/composer) を教えてもらいました！これを使えばいい！

• CWL の可視化ツールなどを眺めていた
  • [cwlviewer](https://github.com/common-workflow-language/cwlviewer)
    • 可視化のみ。編集機能は全くない
  • [cwl-svg](https://github.com/rabix/cwl-svg)
    • ノードの追加やノードの移動などの単純な機能は既に実装してある
    • 可視化ツールなのでおそらく validation などは無し
  • Galaxy のワークフローエディタ
    • cwl を Galaxy のワークフロー形式に変換(import)する機能はある
    • cwl への出力機能はない
    • 大きい

石井

• イベントの勧誘
• Galaxy の Pull Request に対してコメント 4365
• その他