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主旨

  1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
    • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
    • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
  2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
    • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
    • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

   
10:00-10:15 今日の作業確認
10:15-18:00 ツールの開発
18:00-18:30 今日のまとめ　（Skype 参加可）

内容

全体
山中
大田
鈴木
池田

目的: Pitagora-galaxy ツールdocker化の促進

Pitagora-galaxyのツールとしてdocker化したコンテナをルート権限が無いシステム上で利用する方法の模索

丹生さんが紹介してくれた下記のデータを元にシートを作成 awesome-containers

ドッカー関連データシート

上記を検討した結果、udockerの活用を検討

システムのルート権限が無くDockerが標準でインストールできない環境でも udockerを利用すればdockerイメージを流用可能

udocker psは動作しているコンテナでは無く、展開されたディスクイメージのリストとなっている。

 (.udocker) -bash-4.2$ udocker ps  CONTAINER ID                         P M NAMES              IMAGE  23821eea-1d44-3ce0-817f-5b0004b9b218 . W ['rh7']            rhel7:latest  fb390c8d-8b41-3761-8468-c85420a4f56c . W ['samtools']       biocontainers/samtools:latest  6f083991-651b-3963-84fe-dfbae73363f7 . W ['r']              bioconductor/devel_core2:latest  1aa2a1c6-9d32-3a54-868c-957b302714fd . W                    centos:latest  018753fe-f7ab-3a2d-900e-fe02992c93d8 . W                    centos:latest  92c47f1f-f678-3c89-a0a2-afc5495d5c1e . W ['cufflinks']      stevelee/cufflinks:latest  3cf6cf15-219f-366c-b8af-920238d0ab88 . W ['gatk4']          broadinstitute/gatk:latest  0cc5dd54-000a-3918-8b19-00f7e7032389 . W ['cent']           centos:latest

プロセスを実行時は実system上のアプリケーションで有ることに注意が必要。

志波
那須野
丹生