events

主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
   • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2017年10月12日（木）
• 場所： 理研 革新知能統合研究センター （日本橋）
• 連絡先： 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）

10:00-17:00	ツールの開発
17:00-17:30	今日のまとめ　（Skype 参加可）
18:30-20:00	イベント @ Oracle Cafe

内容

全体

• はじめての CWL
  • 15:00-16:00「はじめての CWL」を書く
    • みんなでドキュメントを書きます: https://docs.google.com/document/d/1txSsLIz81N2ZOHOlwdreSsCDEqprlmxFZ07z2FNmN9w/edit?usp=sharing
  • 16:00-16:15「はじめての CWL」を発表
• BH17 振り返り、成果まとめ（BH17 参加メンバー）

• 今年の目標 を振り返って進捗確認
• 積み残しタスク

山中

• Docker イメージキャッシュの置き場所 https://docs.docker.com/engine/admin/systemd/#runtime-directory-and-storage-driver

大田

• wiki が落ちまくるのいい加減なんとかしたい
  • GitHub wiki にまるっと全部移植するのは難しそうなのでとりあえず現環境を安定させたい
  • t2.micro に移行しました＼(^o^)／
• 乳酸菌学会誌 galaxy part 1 入稿!!!
• part 2 のための検証をやります
  • galaxy main で assemble pipeline がどこまでやれるか検証する
  • できればOK, できなければ「続きはpitagora VMで」という感じ
  • 門田研 寺田さんが検証してくださっているところ
• Galaxy に CWL 食わせる
  • manabu さんの vagrant を up したところで（イメージ落とすのに時間かかって）ギブアップ
  • todo: repos を common-workflow-language/galaxy に変更する
• はじめよう CWL
  • いい感じの内容が集まりました、みなさまありがとうございます
  • ブラッシュアップして次回ミートアップでのpublishを目指しましょう

末竹

• 自分の Docker Image の棚卸し的なのをしてた．
• DockerHub の automation build についての諸々．
  • https://qiita.com/sue_charo/items/a5e0cd3fe6d31443c536
• CWL について，調べたり質問を書いていた．

新海

• hachkerthonでやった内容の確認
  • ローカルのpitagora VMでの再現作業(suspended)

• wiki記述
  • メモ書き的な作業履歴も書いた方がいい？（検討）

http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Workflow_GATK4Beta

• はじめての CWLに初心者質問者側にて参加

石井

• vagrant で、galaxy 環境を立ち上げれるようん、レポジトリを作った vagrant-galaxy-development
• はじめての CWL のコマンドラインツール、ワークフロー部分を記述

丹生

• はじめての CWL の書けること・書けないことリストを書いていた
• Emacs 用の cwl-mode を書き始めていた

志波

• Galaxyのツールをちゃんと作る準備
  • Building Galaxy Tools Using Planemo を読んだ
• VM 0.3.4 内でDockerをちゃんと使いたい
  • VM上では名前解決ができない、$ dig google.com がエラー
    • どなたか対処方法をご存じですか？
  • /var/lib/docker/ を別の場所に移動
    • /etc/default/docker で DOCKER_OPTS=“-g /disk/reference/docker”
• CWLについて素朴な質問

池田

• 「はじめての CWL」を書く
• Pitagora-galaxy Version 0.3.3 を VMware Fusion Version 8.5.8上で利用する方法

https://drive.google.com/file/d/0B1SHqOAfx8z7UkI3amdyRG5JZ28/view?usp=sharing

那須野

• 「はじめての CWL」のレビューから参加。