events

主旨

ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
- 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
- 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
- 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
- Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

日時： 2017年11月10日（金）
場所：国立情報学研究所 1903 会議室 (19階)
連絡先：山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）


10:00-18:00	ツールの開発
18:00-18:30	今日のまとめ　（Skype 参加可）

try の脆弱性対応、dockerツール起動のテスト
- ピタゴラの色々のテスト自動化したい、まなぶさん助けて
- やることを 0.4系構築手順のページに書いた http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/構築手順_0.4.x
DBCLS galaxy ローンチ中
- 雑にツールの移植ができるか試してみる
  - eduroamのポート制限でサーバに入れないのでなにもできませんでした＾ｑ＾
Platanus の galaxy tool 化
- toolshed, testtoolshed にはない模様
- docker hub にはあった
  - https://hub.docker.com/r/cmonjeau/platanus/
  - ちゃんと動くか試してみる
  - 動いた (assemble/scaffold/gap_close)
    - この資料の29ページ目にもあるDDBJパイプラインのパラメータを参考に与える、スレッド数とメモリ上限しか与えてないっぽいけど http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/bioinfo_ngs_sokushu_2016/1/20160720/20160720_kadota_20160712.pdf
    - これをベースに Platanus assemble, Platanus scaffold, Platanus gap_close の tool xml をそれぞれ書けばよさそう。
- Planemo で頑張るターン

CWL のコミッタになった
Emacs での CWL の編集サポート用関数を書いていた
- https://gist.github.com/tom-tan/31b6990e175dbdf4ae9120143c28f3dc
- 文脈を見て Docker image 名やフィールド名を補完して欲しい
CWL のリポジトリの改良アイデアを石井さんと相談していた
- User guide のサンプルは動作確認されているべき！
- Travis とかでテストされてほしい

Biohackerthon開発結果のpitagoraVM（ローカル）への移植と修正など
謎のエラーに遭遇？ “An error occurred　An error occurred while updating information with the server. Please contact a Galaxy administrator if the problem persists.”
分生までに作業を進めておく