主旨
- ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
- 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
- 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
- プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
- 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
- Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する
スケジュール
- 日時： 2017年12月4日（月）
- 場所： ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 教室 (柏ラボ: http://dbcls.rois.ac.jp/access)
- 連絡先： 山中 yamanaka [at] genome.rcast.u-tokyo.ac.jp, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
- Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）
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| 10:00-17:00 |
ツールの開発 |
| 13:30-14:45 |
分生フォーラムの予行 |
| 15:00-17:00 |
VCPによるGalaxyデプロイハンズオン |
| 18:30-19:00 |
今日のまとめ （Skype 参加可） |
内容
分生フォーラムの予行 13:30〜
「統合データ解析環境 Galaxy を使った再現可能なデータ解析」
こちらの内容です http://www.aeplan.co.jp/conbio2017/japanese/program/forums.html
VCPによるGalaxyデプロイハンズオン 15:00〜
VCP (Virtual Cloud Provider) はNIIが開発しているソフトウェアで、 Dockerコンテナを利用してクラウドでのアプリケーション環境構築を支援します。 本ハンズオンでは、VCPの機能や簡単な操作方法について説明するとともに、 Jupyter NotebookベースのGalaxy環境構築手順書をもとに、 AWS上にGalaxyのフロントエンドとバッチキューイングシステムで構成される Galaxy実行環境を構築していきます。
全体
山中
- 分生に向けてフレンドリーなスライドを作りました
- Advent Calendar ひとつめ書きました
大田
- Platanous の tool conf を書く
- DBCLS galaxy のセットアップを完了させたい
丹生
- ConBio2017 用の資料作成
- VCP ハンズオン
- マージされてない PR に ping を打った
- inlined tool definition は殺す
那須野
- VCPハンズオンにご参加いただいた皆様、ありがとうございました！
- 分生のスライド作成しました。
- Galaxy Adventカレンダーは未 (12/18)
鈴木
新海
- スライドの準備とかしてました
- 分生までにもう少し修正等しておきます
池田
石井
- CWL ユーザガイドに関しての問題があるところについて、プルリクエスト、issueを立てた。
- ハンズオン参加
- Galaxy Advent Calendarの、参加者を募集して、全部うめることができた。
- Galaxy と CWL 連携について、ドキュメントがあるか、gitterで問い合わせ中
諸橋
ようこそ！
宮本
ようこそ！
浅井
ようこそ！
白瀧
ようこそ！
竹房
ようこそ！
羽鳥
ようこそ！
政谷
ようこそ！
