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主旨

1. ツールやワークフローを持ち寄って仮想マシンに加える （図）
   • 実際には、加えるための手順を作って、仮想マシンの管理者と共有する
   • 同時に、Wiki に新しいツールやワークフローの説明を記載する
2. プロジェクトを改善するためのフィードバックを収集する
   • 解析プラットフォーム管理に役立つ技術ネタを共有する
   • Galaxy 以外のソフトウェアを扱っていく可能性について議論する

スケジュール

• 日時： 2018年3月7日（水）10:00 〜 19:00
• 場所： 理研 革新知能統合研究センター（日本橋）
• 連絡先： 山中 ryota.yamanaka [at] oracle.com, 大田 t.ohta [at] dbcls.rois.ac.jp
• Skype ID：pitagora-network（最新バージョンのSkypeの使用を推奨）

10:00-10:15	今日の作業確認
10:15-18:00	ツールの開発
18:00-18:30	今日のまとめ　（Skype 参加可）

内容

全体

• 昨年の目標 を振り返って進捗確認
• 積み残しタスク

大田

• BOSC/GCC に持っていくブツのための色々
  • やりたいこと
    • GalaxyやCWLでコンテナをがんがん動かすのでどれくらいリソースを食っているのか調べたい、ワークフローのステップごとなどで分析したい
  • やったこと
    • 那須野さんが telegraf->fluentd->elasticsearch の系を仕込んでくれた: https://github.com/nasunom/docker-metrics-collector
    • ELK/Telegraf/fluentd それぞれを別コンテナで自ホストで起動、他に走るコンテナのメトリクスを収集する
      • そのための docker-compose をこしらえた: https://github.com/inutano/docker-metrics-collector
  • できた
    • でもこれelasticsearchが結構メモリを食うよね…。

山中

• すみません、今日は作業できませんでした m(- -)m
• Pitagora Seminars の connpass グループ を作成しました
• 来月からリモート参加になりそうですが、もっと作業を進める所存です！

池田

• nextflowのudocker対応について
  • 既に実験的に対応がなされていた　(https://groups.google.com/forum/#!topic/nextflow/ZHag7dQhCN0)

nextflow.configに下記を記述で動作と記述があるが…

udocker.enabled = true
process.container = 'your/docker:image'

色々、問題有り。

丹生

• CWL でツール定義が書きにくかったり、実行するたびに結果が変わるなど、邪悪なツールが世の中には存在する
  • 撲滅するためのアンチパターン集の叩き台を作成した。
  • リンクは Slack に貼った
    • 誰でも編集可なので、がんがんアンチパターンを集積していきましょう！

新海

• GATK4辺りのパイプラインについてチェックその他の作業続き
  • GATK Haplotypecaller の移植
    • -stand_call_conf　とか無くなってる…
    • https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/9957/haplotypecaller-in-gatk4-vs-gatk3 辺りで3と4のhaplotypecallerのオプションの違いについて議論されていたっぽいのであとできちんとチェックしておくこと（宿題）

那須野

• 夕方から参加しました。
• 大田さんの Telegraf + Fluentd + Elasticsearch 構築作業の支援（？）
• Galaxy で Python 3.6 系のライブラリを使うツールを動かすための安易な解決策
  • 別にインストールしたpythonをツールの command 指定で書く←こちらで解決
  • conda をインストール
• Galaxy Tool XML のドキュメント記述用 Markup 書式は reStructuredText (RST) でした！

末竹

• 病み上がりかつ一週間ぶりのネット環境だったため，溜まっていた細々としたことを処理していたら時間がなくなりました。
• 今月末提出の ECCB 2018 に出す諸々のスクリプトやデータを整理していた。
• BOSC に出すアブストの草稿を少しまとめた。

浅井

• peaks2genesの記事を基にPCにて再確認、そして紹介しました。
• 以下のリンクの記事の翻訳を始めました。

http://galaxyproject.github.io/training-material/topics/assembly/tutorials/general-introduction/tutorial.html

鈴木

• Galaxyでmicrobiome解析
  • BMC Genomics. 2018; 19: 44. A-GAME (A GAlaxy suite for functional MEtagenomics)
  • ABRF 2017 The Galaxy platform for metaproteomic characterization of microbiomes
  • Sci Rep. 2016; 6: 23129. LEfSe, PICRUSt

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